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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q4y | ||||||
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| タイトル | Crystal structure of Coxsackievirus A24v soaked with Disialyllacto-N-tetraose (DSLNT) | ||||||
要素 | (Coxsackievirus capsid protein ...) x 4 | ||||||
キーワード | VIRUS / Coxsackievirus A24v | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Zocher, G. / Stehle, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014タイトル: A sialic Acid binding site in a human picornavirus. 著者: Zocher, G. / Mistry, N. / Frank, M. / Hahnlein-Schick, I. / Ekstrom, J.O. / Arnberg, N. / Stehle, T. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4q4y.cif.gz | 202.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4q4y.ent.gz | 156.5 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4q4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 4q4y_validation.pdf.gz | 788.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 4q4y_full_validation.pdf.gz | 807.9 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 4q4y_validation.xml.gz | 46.1 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 4q4y_validation.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q4y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | x 60![]()
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| 3 | x 5![]()
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| 4 | x 6![]()
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| 5 | ![]()
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| 6 | x 15![]()
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| 単位格子 |
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| 対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-Coxsackievirus capsid protein ... , 4種, 4分子 1234
| #1: タンパク質 | 分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)参照: UniProt: V9VEF3 |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)参照: UniProt: V9VEF3 |
| #3: タンパク質 | 分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)参照: UniProt: V9VEF3 |
| #4: タンパク質 | 分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)参照: UniProt: V9VEF3 |
-糖 , 1種, 1分子 
| #5: 糖 | ChemComp-SIA / |
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-非ポリマー , 6種, 809分子 










| #6: 化合物 | | #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 化合物 | ChemComp-MYR / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
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-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日 |
| 放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.88→49.78 Å / Num. all: 1626655 / Num. obs: 1552490 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 2.084 / SU ML: 0.058 / ESU R: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 24.39 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.78 Å
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| 拘束条件 |
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Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
X線回折
引用






















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