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- PDB-4q4y: Crystal structure of Coxsackievirus A24v soaked with Disialyllact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q4y
タイトルCrystal structure of Coxsackievirus A24v soaked with Disialyllacto-N-tetraose (DSLNT)
要素(Coxsackievirus capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / Coxsackievirus A24v
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / MYRISTIC ACID / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Zocher, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: A sialic Acid binding site in a human picornavirus.
著者: Zocher, G. / Mistry, N. / Frank, M. / Hahnlein-Schick, I. / Ekstrom, J.O. / Arnberg, N. / Stehle, T.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Coxsackievirus capsid protein VP1
2: Coxsackievirus capsid protein VP2
3: Coxsackievirus capsid protein VP3
4: Coxsackievirus capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,39921
ポリマ－98,1534
非ポリマー1,24717
水14,286793
1
1: Coxsackievirus capsid protein VP1
2: Coxsackievirus capsid protein VP2
3: Coxsackievirus capsid protein VP3
4: Coxsackievirus capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,963,9661260
ポリマ－5,889,154240
非ポリマー74,8111020
水4,324240
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
1: Coxsackievirus capsid protein VP1
2: Coxsackievirus capsid protein VP2
3: Coxsackievirus capsid protein VP3
4: Coxsackievirus capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 497 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,997105
ポリマ－490,76320
非ポリマー6,23485
水36020
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
1: Coxsackievirus capsid protein VP1
2: Coxsackievirus capsid protein VP2
3: Coxsackievirus capsid protein VP3
4: Coxsackievirus capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 596 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,397126
ポリマ－588,91524
非ポリマー7,481102
水43224
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: Coxsackievirus capsid protein VP1
2: Coxsackievirus capsid protein VP2
3: Coxsackievirus capsid protein VP3
4: Coxsackievirus capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.49 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,490,991315
ポリマ－1,472,28960
非ポリマー18,703255
水1,08160
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation15
単位格子
Length a, b, c (Å)304.479, 365.298, 366.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.498519, -0.809142, 0.311076), (0.811357, 0.309153, -0.49611), (0.305254, 0.499713, 0.810621)167.0274, 92.88348, -102.83194
3generate(-0.307408, -0.499119, 0.810173), (0.501664, -0.808478, -0.307727), (0.8086, 0.311837, 0.498923)141.47572, 309.97922, -87.99769
4generate(-0.307274, 0.498841, 0.810395), (-0.502244, -0.808341, 0.307143), (0.808291, -0.312639, 0.498922)-40.87979, 350.85114, 26.11822
5generate(0.497648, 0.809893, 0.310514), (-0.811376, 0.308114, 0.496724), (0.306619, -0.499137, 0.810461)-128.32106, 159.5112, 79.25271
6generate(0.307175, -0.499527, 0.81001), (-0.498242, -0.809599, -0.310329), (0.810801, -0.308256, -0.497574)48.31558, 463.20743, 206.82339
7generate(0.000744, -0.001057, 0.999999), (-0.999999, 0.000909, 0.000745), (-0.000909, -0.999999, -0.001056)-31.00996, 334.4855, 366.38333
8generate(0.305506, 0.50132, 0.809534), (-0.500458, 0.807822, -0.311394), (-0.810066, -0.310005, 0.497684)-133.95535, 168.66525, 272.35361
9generate(0.809299, 0.309822, 0.499045), (0.307819, 0.499896, -0.809538), (-0.500283, 0.808774, 0.309196)-118.96106, 192.96585, 55.03659
10generate(0.809031, -0.310094, 0.49931), (0.308318, -0.49935, -0.809685), (0.500409, 0.809006, -0.308382)-5.73815, 375.3884, 15.71982
11generate(-0.501479, 0.808411, 0.308205), (-0.809274, -0.312339, -0.497513), (-0.305931, -0.498914, 0.810858)24.71889, 453.83295, 171.81325
12generate(0.500963, 0.808436, -0.308978), (-0.809592, 0.311539, -0.497497), (-0.305936, 0.499374, 0.810573)-15.14831, 339.95844, -10.40609
13generate(0.809669, -0.309922, -0.498382), (-0.306237, 0.501318, -0.809258), (0.500655, 0.807854, 0.310993)176.57463, 285.89584, -97.89156
14generate(-0.000737, -1, -0.000535), (-0.002148, 0.000536, -0.999998), (0.999997, -0.000736, -0.002149)335.21591, 366.44211, 31.63875
15generate(-0.810162, -0.310498, 0.497221), (-0.30446, -0.501953, -0.809535), (0.50094, -0.807239, 0.312129)241.69281, 468.78473, 196.64314

-
要素

-
Coxsackievirus capsid protein ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 Coxsackievirus capsid protein VP1


分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: V9VEF3
#2: タンパク質 Coxsackievirus capsid protein VP2


分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: V9VEF3
#3: タンパク質 Coxsackievirus capsid protein VP3


分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: V9VEF3
#4: タンパク質 Coxsackievirus capsid protein VP4


分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: V9VEF3

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 809分子

#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→49.78 Å / Num. all: 1626655 / Num. obs: 1552490 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ISPyBデータ収集
PYMOLモデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PYMOL位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 2.084 / SU ML: 0.058 / ESU R: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.15652 --
obs0.15652 1552477 95.44 %
all-1626655 -
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6523 0 56 793 7372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.026835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.9559310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73314438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9055859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10323.857293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.519151052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3511535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6386.033381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6366.0273380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0577.5954207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0917.9424208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5776.6563454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6116.9333451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7558.5535090
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.61113.7648246
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.21913.4387812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.928 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.312 86502 -
Rfree-0 -
obs--72.25 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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