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万見
- PDB-4q0d: Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0d
タイトルCrystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP, methotrexate and 2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-methyl-phenyl-L-glutamic acid.
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / bifunctional enzyme / transferase / oxidoreductase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2XB / METHOTREXATE / Chem-NDP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.449 Å
データ登録者Kumar, V.P. / Anderson, K.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structural studies provide clues for analog design of specific inhibitors of Cryptosporidium hominis thymidylate synthase-dihydrofolate reductase.
著者: Kumar, V.P. / Cisneros, J.A. / Frey, K.M. / Castellanos-Gonzalez, A. / Wang, Y. / Gangjee, A. / White, A.C. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
履歴
登録2014年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,01025
ポリマ－301,3135
非ポリマー9,69720
水00
1
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,40410
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,8798
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area38610 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,40410
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,8798
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area38640 Å2
手法PISA
3
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,40410
ポリマ－120,5252
非ポリマー3,8798
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area14100 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area38680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.611, 115.031, 217.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )
21chain B and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )
31chain C and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )
41chain D and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )
51chain E and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLNGLNchain A and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )AB3 - 1783 - 178
12LEULEUVALVALchain A and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )AB193 - 521193 - 521
21GLUGLUGLNGLNchain B and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )BC3 - 1783 - 178
22LEULEUVALVALchain B and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )BC193 - 521193 - 521
31GLUGLUGLNGLNchain C and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )CD3 - 1783 - 178
32LEULEUVALVALchain C and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )CD193 - 521193 - 521
41GLUGLUGLNGLNchain D and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )DE3 - 1783 - 178
42LEULEUVALVALchain D and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )DE193 - 521193 - 521
51GLUGLUGLNGLNchain E and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )EA3 - 1783 - 178
52LEULEUVALVALchain E and (resseq 3:178 or resseq 193:521 )EA193 - 521193 - 521

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase


分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: Chro.40506, TS-DHFR / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PA414
参照: UniProt: Q5CGA3, thymidylate synthase, dihydrofolate reductase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-2XB / N-{4-[(2-amino-4-hydroxy-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzoyl}-L-glutamic acid / N-[4-(2-アミノ-4-オキソ-4,7-ジヒドロ-3H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-5-イルメチル)ベンゾイル(以下略)


分子量: 413.384 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5O6
#5: 化合物
ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% (w/v) PEG 6000, 60 mM ammonium sulfate, 200 mM lithium sulfate, and 100 mM Tris pH 8.0. ChTS-DHFR enzyme (approximately 7 mg/ml) with 1 mM NADPH, 1 mM FdUMP, 1 mM methotrexate and 0.5 mM ...詳細: 12% (w/v) PEG 6000, 60 mM ammonium sulfate, 200 mM lithium sulfate, and 100 mM Tris pH 8.0. ChTS-DHFR enzyme (approximately 7 mg/ml) with 1 mM NADPH, 1 mM FdUMP, 1 mM methotrexate and 0.5 mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月7日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled crystal monochromator with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. all: 209383 / Num. obs: 62866 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 75.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.45-3.5130.465185.6
3.51-3.573.10.426187.9
3.57-3.643.20.412191.4
3.64-3.723.20.371191.5
3.72-3.83.30.317191.1
3.8-3.893.30.293191.8
3.89-3.983.30.281191
3.98-4.093.30.24190.7
4.09-4.213.30.189191
4.21-4.353.30.17190.9
4.35-4.53.40.152189.8
4.5-4.683.40.139190.5
4.68-4.893.40.133190.1
4.89-5.153.40.126189.8
5.15-5.473.40.128189.7
5.47-5.93.40.125190.5
5.9-6.493.40.111189.6
6.49-7.433.30.089190.9
7.43-9.353.30.069195.7
9.35-503.60.065199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4KY8

4ky8


解像度: 3.449→48.941 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2021 3.22 %
Rwork0.2173 --
obs0.2181 62823 90.23 %
all-62823 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.449→48.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20685 0 660 0 21345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67629635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9078240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0273130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033770
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4095X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.134
12B4095X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.134
13C4099X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.194
14D4099X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.156
15E4099X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4486-3.53480.34511070.30873695X-RAY DIFFRACTION78
3.5348-3.63030.34061410.29164283X-RAY DIFFRACTION89
3.6303-3.73710.32761500.28774394X-RAY DIFFRACTION92
3.7371-3.85770.26871360.25874370X-RAY DIFFRACTION91
3.8577-3.99550.25381500.2594363X-RAY DIFFRACTION91
3.9955-4.15540.22741510.23054347X-RAY DIFFRACTION91
4.1554-4.34440.23531340.20824360X-RAY DIFFRACTION91
4.3444-4.57330.20961530.19834287X-RAY DIFFRACTION90
4.5733-4.85960.20511530.19194361X-RAY DIFFRACTION90
4.8596-5.23440.23191440.19184313X-RAY DIFFRACTION90
5.2344-5.76040.26411530.21154338X-RAY DIFFRACTION90
5.7604-6.59220.24881480.21674323X-RAY DIFFRACTION90
6.5922-8.2990.20681420.20034483X-RAY DIFFRACTION92
8.299-48.94640.2151590.17844885X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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