[日本語] English
万見
- PDB-4poz: Fab fragment of Der p 1 specific antibody 10B9 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4poz
タイトルFab fragment of Der p 1 specific antibody 10B9
要素
  • heavy chain of Fab fragment of 10B9 antibody
  • light chain of Fab fragment of 10B9 antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / allergy
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Osinski, T. / Majorek, K.A. / Pomes, A. / Offermann, L.R. / Osinski, S. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Der p 1-Antibody Complexes and Comparison with Complexes of Proteins or Peptides with Monoclonal Antibodies.
著者: Osinski, T. / Pomes, A. / Majorek, K.A. / Glesner, J. / Offermann, L.R. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: light chain of Fab fragment of 10B9 antibody
D: heavy chain of Fab fragment of 10B9 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4162
ポリマ－47,4162
非ポリマー00
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.020, 121.829, 55.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: 抗体 light chain of Fab fragment of 10B9 antibody


分子量: 23280.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): HYBRIDOMA
#2: 抗体 heavy chain of Fab fragment of 10B9 antibody


分子量: 24135.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): HYBRIDOMA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium citrate, 15% w/v PEG 6000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 45773 / Num. obs: 45773 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.633 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVT

3rvt


解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20587 2318 5.1 %RANDOM
Rwork0.16878 ---
obs0.17065 43428 98.94 %-
all-43428 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.238 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0 Å2
2---1.04 Å2-0 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 0 445 3736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.9524736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.79137242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0665445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66424.211133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44215553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2881.1711756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2881.171755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9031.7472209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8341.9322210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5091.4191702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4121.5341702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6662.1982527
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.60312.3814096
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.35311.3423884
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 167 -
Rwork0.254 3057 -
obs--95.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2874-0.2231-0.76951.1682-0.00131.57260.0322-0.10640.04950.06850.0104-0.071-0.03840.021-0.04250.01050.0099-0.01740.1039-0.01070.087713.85-31.139-18.301
22.4318-0.29110.19471.4417-0.4680.8929-0.0383-0.06790.02980.1478-0.01680.09750.03850.00620.05510.0387-0.0020.0030.1185-0.00660.0927-20.819-20.656-9.418
32.082-1.50420.51372.0412-0.52280.53840.06940.1690.2433-0.1482-0.1619-0.33790.02320.05810.09240.01340.01680.02440.08360.01210.154214.716-11.999-28.884
41.46040.4749-0.2291.6339-0.34231.95030.1267-0.26630.0490.2594-0.0590.0888-0.0578-0.0584-0.06770.0435-0.02240.01010.1198-0.00450.1279-11.433-7.676-9.65
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2C109 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4D123 - 222

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る