PDB-4pim: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD, apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pim

タイトル

Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD, apo form

要素

Histidine-specific methyltransferase EgtD

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine

機能・相同性

機能・相同性情報

: / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis.
著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pim.cif.gz	375.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pim.ent.gz	312.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pinC 4pioC 4pipC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fnt-2 4pep-d 1psn-d 3pep-d 3lhg-d 3cms-d 1lf4-d 3gyy-1 6in9-2 3f9q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine-specific methyltransferase EgtD

B: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.812, 75.500, 138.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidine-specific methyltransferase EgtD / Histidine-alpha-N-methyltransferase 分子量: 35517.172 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL 参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18% w/v PEG8000, 20% w/v glycerol, 0.08 M MES, pH 6.3, 0.16 M magnesium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月22日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→41.62 Å / Num. obs: 74530 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 1036396 / Scaling rejects: 194

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.75-1.78	14.6	1.269	2.5	57910	3977	0.342	95.8
9.09-41.62	13	0.048	45.4	8234	633	0.013	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.17	データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→41.62 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	3746	5.03 %
R_work	0.1564	70730	-
obs	0.1579	74476	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.56 Å² / B_iso mean: 28.1481 Å² / B_iso min: 4.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→41.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4941	0	14	834	5789
B_iso mean	-	-	40.42	39.16	-
残基数	-	-	-	-	645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	6957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.106	1854

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7722	0.2654	139	0.2288	2530	2669	96
1.7722-1.7955	0.2695	144	0.2242	2585	2729	96
1.7955-1.8201	0.2458	123	0.2134	2508	2631	96
1.8201-1.8461	0.2425	131	0.2059	2589	2720	96
1.8461-1.8736	0.205	133	0.1865	2537	2670	96
1.8736-1.9029	0.2087	122	0.1828	2585	2707	96
1.9029-1.9341	0.2404	134	0.1737	2590	2724	96
1.9341-1.9675	0.2422	137	0.1749	2557	2694	96
1.9675-2.0033	0.2096	129	0.1676	2603	2732	96
2.0033-2.0418	0.183	134	0.1597	2571	2705	96
2.0418-2.0835	0.1747	127	0.1504	2601	2728	97
2.0835-2.1288	0.1749	159	0.1513	2553	2712	97
2.1288-2.1783	0.1789	146	0.1487	2605	2751	97
2.1783-2.2328	0.1978	118	0.147	2611	2729	97
2.2328-2.2931	0.1723	141	0.1423	2605	2746	97
2.2931-2.3606	0.1987	152	0.1382	2598	2750	97
2.3606-2.4368	0.1704	147	0.1448	2612	2759	97
2.4368-2.5239	0.1941	130	0.1478	2623	2753	98
2.5239-2.6249	0.1945	160	0.1457	2592	2752	98
2.6249-2.7444	0.1747	150	0.1537	2654	2804	98
2.7444-2.8891	0.1867	138	0.1491	2660	2798	98
2.8891-3.07	0.1887	152	0.1538	2623	2775	98
3.07-3.307	0.1949	130	0.149	2685	2815	98
3.307-3.6397	0.1672	133	0.1456	2699	2832	98
3.6397-4.1662	0.1812	149	0.1361	2731	2880	99
4.1662-5.2479	0.1422	130	0.1339	2745	2875	99
5.2479-48.736	0.1961	158	0.2065	2878	3036	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.004	-0.0075	-0.0147	0.0103	0.0154	0.0147	0.056	-0.0854	0.0312	0.0597	-0.0399	-0.0339	0.0161	0.0913	0	0.2151	-0.029	-0.0354	0.2113	0.0096	0.1954	9.8356	13.9656	26.7693
2	0.0026	0.0016	0.0005	0.0017	0.0027	0.0027	0.0258	-0.0231	-0.0357	-0.0038	-0.0025	-0.0036	-0.0387	0.0347	0	0.1797	0.0003	-0.0188	0.1889	0.0441	0.1946	18.5388	27.2526	8.5892
3	0.01	-0.008	0.0048	0.0102	0.0028	0.0123	0.0581	0.0965	0.0204	-0.0321	0.0365	-0.0387	0.0568	0.0585	-0	0.1655	-0.0381	-0.0057	0.2546	-0.003	0.1491	23.4247	28.718	20.1177
4	0.0423	0.0217	-0.0101	0.05	-0.0041	0.0681	0.0315	-0.0305	0.004	0.0242	0.0143	0.0947	0.0046	-0.0262	0.1127	0.0661	-0.0068	-0.0145	0.0554	0.0255	0.0555	4.2322	16.8622	17.0831
5	0.0185	-0.0076	0.0038	0.0039	0.0098	0.0325	-0.0763	0.0059	-0.0197	-0.1075	0.0359	-0.0278	0.0166	0.0151	0	0.1927	-0.0334	-0.0255	0.1871	0.0307	0.2111	28.8926	-5.7259	10.0793
6	0.0043	0.0034	-0.0037	0.0081	0.0011	0.0054	-0.0104	0.001	0.0374	-0.0269	0.026	0.0344	-0.0243	0.008	0.0061	0.1558	0.0088	-0.0381	0.2022	0.0438	0.1892	43.6873	1.4928	24.9543
7	0.0249	-0.0314	0.0214	0.0419	-0.0322	0.0266	-0.0247	-0.0285	0.0229	0.0745	0.0119	-0.0283	-0.02	-0.0128	-0.0209	0.0756	-0.0211	-0.0315	0.0419	0.0799	0.0199	45.1789	5.201	13.3818
8	-0	-0.0004	-0.0001	0.0061	0.0003	0.0014	0.0147	0.0105	0.025	-0.0296	-0.0276	-0.0088	0.0234	-0.0094	0	0.2008	0.0065	-0.0253	0.1682	0.0132	0.1822	44.2443	-10.7662	15.7953
9	0.111	0.0115	-0.0869	0.0536	-0.0127	0.1567	-0.0875	-0.0258	-0.0578	-0.0481	0.0335	0.065	0.1235	-0.0803	-0.1748	0.0029	-0.0012	-0.0749	0.053	0.056	0.0426	26.7459	-12.2632	20.6229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 57 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 90 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 145 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 321 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 57 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 58 through 90 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 91 through 145 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 146 through 182 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 183 through 321 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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