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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pim | ||||||
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タイトル | Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD, apo form | ||||||
![]() | Histidine-specific methyltransferase EgtD | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis. 著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD 著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35517.172 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18% w/v PEG8000, 20% w/v glycerol, 0.08 M MES, pH 6.3, 0.16 M magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月22日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→41.62 Å / Num. obs: 74530 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 21.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 1036396 / Scaling rejects: 194 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.56 Å2 / Biso mean: 28.1481 Å2 / Biso min: 4.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→41.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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