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- PDB-4pbx: Crystal structure of the six N-terminal domains of human receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pbx
タイトルCrystal structure of the six N-terminal domains of human receptor protein tyrosine phosphatase sigma
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
キーワードHYDROLASE / Signaling protein / Synapse Cell signalling Cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / Signaling by NTRK3 (TRKC) / trans-synaptic signaling / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development ...negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / Signaling by NTRK3 (TRKC) / trans-synaptic signaling / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / negative regulation of axon extension / Synaptic adhesion-like molecules / corpus callosum development / negative regulation of interferon-beta production / heparan sulfate proteoglycan binding / spinal cord development / phosphoprotein phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / ECM proteoglycans / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / cerebellum development / protein tyrosine phosphatase activity / hippocampus development / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / negative regulation of neuron projection development / presynaptic membrane / heparin binding / growth cone / perikaryon / receptor complex / axon / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. ...Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Coles, C.H. / Mitakidis, N. / Zhang, P. / Elegheert, J. / Lu, W. / Stoker, A.W. / Nakagawa, T. / Craig, A.M. / Jones, E.Y. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0700232 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G9900061 英国
Cancer Research UKA10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
Wellcome TrustDPhil Studentship for N.M. 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for extracellular cis and trans RPTP sigma signal competition in synaptogenesis.
著者: Coles, C.H. / Mitakidis, N. / Zhang, P. / Elegheert, J. / Lu, W. / Stoker, A.W. / Nakagawa, T. / Craig, A.M. / Jones, E.Y. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2014年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7863
ポリマ－64,3441
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.780, 198.780, 132.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S / R-PTP-S / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase sigma / R-PTP-sigma


分子量: 64344.035 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 30-588 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRS / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13332, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
構成要素の詳細The sample sequence matches to isoform 6 of UniProt Q13332

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.04 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 % PEG 400, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M potassium chloride, 0.05 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→99.4 Å / Num. obs: 25619 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YD3, 2YD4, 2YD9, 2DJU

2yd3

2yd4

2yd9

2dju


解像度: 3.15→172.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 42.451 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26497 1309 5.1 %RANDOM
Rwork0.23406 ---
obs0.23562 24310 94.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 120.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å2-0 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→172.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 28 0 4408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.976145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66739762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9455567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67824.308195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84315735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6751533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6576.0442271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6586.0442270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9099.0652837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9099.0652838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3956.1572238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3956.1572238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5259.183308
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.51546.4774655
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.51546.4764655
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 103 -
Rwork0.371 1755 -
obs--94.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.1702 Å / Origin y: 60.3787 Å / Origin z: -30.8847 Å
111213212223313233
T0.4833 Å20.0295 Å20.0798 Å2-0.8713 Å2-0.023 Å2--0.2999 Å2
L3.1688 °2-1.04 °2-1.3555 °2-0.6741 °20.4551 °2--0.5899 °2
S-0.4109 Å °-1.0887 Å °-0.6658 Å °0.2066 Å °0.1649 Å °0.2342 Å °0.1954 Å °0.5149 Å °0.246 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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