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万見
- PDB-5h7u: NMR structure of eIF3 36-163 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h7u
タイトルNMR structure of eIF3 36-163
要素Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
キーワードTRANSLATION / initiation factor / eukaryotic initiation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Nagata, T. / Obayashi, E.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
KAKENHI15H01634 日本
KAKENHI26440026 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular Landscape of the Ribosome Pre-initiation Complex during mRNA Scanning: Structural Role for eIF3c and Its Control by eIF5.
著者: Obayashi, E. / Luna, R.E. / Nagata, T. / Martin-Marcos, P. / Hiraishi, H. / Singh, C.R. / Erzberger, J.P. / Zhang, F. / Arthanari, H. / Morris, J. / Pellarin, R. / Moore, C. / Harmon, I. / ...著者: Obayashi, E. / Luna, R.E. / Nagata, T. / Martin-Marcos, P. / Hiraishi, H. / Singh, C.R. / Erzberger, J.P. / Zhang, F. / Arthanari, H. / Morris, J. / Pellarin, R. / Moore, C. / Harmon, I. / Papadopoulos, E. / Yoshida, H. / Nasr, M.L. / Unzai, S. / Thompson, B. / Aube, E. / Hustak, S. / Stengel, F. / Dagraca, E. / Ananbandam, A. / Gao, P. / Urano, T. / Hinnebusch, A.G. / Wagner, G. / Asano, K.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5981
ポリマ－14,5981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport ...eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport protein NIP1 / Translation initiation factor eIF3 / p93 subunit


分子量: 14598.317 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NIP1, YMR309C, YM9924.01C, YM9952.11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CA)CO
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic23D C(CO)NH
171isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic12D 1H-13C HSQC
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic23D (H)CCH-COSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] eIF3c 36-163, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMeIF3c 36-163[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
試料状態イオン強度: 170 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
KUJIRA0.98Naohiro Kobayashichemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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