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- PDB-4p9g: Structure of the 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase from Alca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9g
タイトルStructure of the 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase from Alcaligenes sp.
要素2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / cupin-fold / iron-binding / carbonate
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase / 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ChrR-like cupin domain / ChrR Cupin-like domain / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Keegan, R. / Lebedev, A. / Erskine, P. / Guo, J. / Wood, S.P. / Hopper, D.J. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase from Alcaligenes sp. 4HAP
著者: Keegan, R. / Lebedev, A. / Erskine, P. / Guo, J. / Wood, S.P. / Hopper, D.J. / Rigby, S.E.J. / Cooper, J.B.
履歴
登録2014年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8984
ポリマ－22,6901
非ポリマー2083
水2,126118
1
A: 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
ヘテロ分子

A: 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7978
ポリマ－45,3812
非ポリマー4166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3660 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.557, 82.557, 114.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase


分子量: 22690.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal portion could not be defined in the electron density map.
由来: (組換発現) Alcaligenes sp. (バクテリア) / 遺伝子: dad / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9REI7, 2,4'-dihydroxyacetophenone dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: Needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: protein concentration = 5 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM beta-mercaptoethanol. Chymotrypsin was added in a 1:50 mass-ratio prior to setting up hanging-drop ...詳細: Protein solution: protein concentration = 5 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM beta-mercaptoethanol. Chymotrypsin was added in a 1:50 mass-ratio prior to setting up hanging-drop crystallisation trials. Well solution: 10 % w/v PEG 1k and 10 % PEG 10k (Molecular Dimensions Structure Screen 2, condition 46).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→57 Å / Num. obs: 10549 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 49.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
BALBES位相決定
MOLREP位相決定
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ebr, 2oq1, 3bal, 3cjx

3ebr

2oq1

3bal

3cjx


解像度: 2.2→71.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.732 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21758 512 4.9 %RANDOM
Rwork0.17342 ---
obs0.17564 10021 86.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å2-0.35 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.05 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→71.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1234 0 11 118 1363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.921783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.775153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01822.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.20115189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9561510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 18 -
Rwork0.243 339 -
obs--43.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2114 Å / Origin y: 20.6134 Å / Origin z: 5.8224 Å
111213212223313233
T0.0217 Å20.0036 Å2-0.0023 Å2-0.0205 Å20.015 Å2--0.0141 Å2
L0.4367 °20.1227 °2-0.1783 °2-0.2933 °2-0.046 °2--0.7827 °2
S0.0256 Å °0.0104 Å °0.0146 Å °-0.005 Å °0.0345 Å °0.0216 Å °-0.0069 Å °-0.0437 Å °-0.0601 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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