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- PDB-3bal: Crystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobac... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bal | ||||||
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Title | Crystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobacter johnsonii | ||||||
![]() | Acetylacetone-cleaving enzyme | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / JELLY ROLL / TETRAMER / Dioxygenase / Iron / Metal-binding | ||||||
Function / homology | ![]() acetylacetone-cleaving enzyme / acetylacetone-cleaving enzyme activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stranzl, G.R. / Wagner, U.G. / Straganz, G. / Steiner, W. / Kratky, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobacter johnsonii Authors: Stranzl, G.R. / Wagner, U.G. / Straganz, G. / Steiner, W. / Kratky, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 133.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 104.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 448 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16621.279 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ACETYLACETONE DIOXYGENASE / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1M Tris HCl, 40% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Av σ(I) over netI: 13.1 / Number: 104251 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.15 / D res high: 1.95 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 36543 / % possible obs: 96.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.95→25 Å / Num. obs: 37241 / % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.113 / Num. unique all: 2245 / Χ2: 0.613 / % possible all: 88.2 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 1.9 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.39 / Reflection: 36273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0 / FOM acentric: 0 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 0 / Reflection centric: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Bsol: 49.042 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.486 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→25 Å
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Refine LS restraints |
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Xplor file |
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