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- PDB-4p5t: 14.C6 TCR complexed with MHC class II I-Ab/3K peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5t
タイトル14.C6 TCR complexed with MHC class II I-Ab/3K peptide
要素
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • Human nkt tcr beta chain
  • TRA protein
  • protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / immune receptor / Ig-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.263 Å
データ登録者Trenh, P. / Stadinski, B. / Huseby, E.S. / Stern, L.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of HealthR01-DK095077 米国
National Institutes of HealthR01-AI-38996 米国
National Institutes of HealthT32-AI-007349 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2014
タイトル: Effect of CDR3 Sequences and Distal V Gene Residues in Regulating TCR-MHC Contacts and Ligand Specificity.
著者: Stadinski, B.D. / Trenh, P. / Duke, B. / Huseby, P.G. / Li, G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S.
履歴
登録2014年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRA protein
B: Human nkt tcr beta chain
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
E: TRA protein
F: Human nkt tcr beta chain
G: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
H: protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,5038
ポリマ－191,5038
非ポリマー00
水00
1
A: TRA protein
B: Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1872
ポリマ－50,1872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5652
ポリマ－45,5652
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
3
E: TRA protein
F: Human nkt tcr beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1872
ポリマ－50,1872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
H: protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5652
ポリマ－45,5652
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.007, 74.142, 259.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and ((resseq 1:85))) or (chain D and ((resseq -26:94)))
21(chain G and ((resseq 1:85))) or (chain H and ((resseq -26:94)))
12(chain C and ((resseq 86:300)))
22(chain G and ((resseq 86:300)))
13(chain D and ((resseq 95:300)))
23(chain H and ((resseq 95:300)))
14(chain A and ((resseq 0:110))) or (chain B and ((resseq 0:110)))
24(chain E and ((resseq 0:110))) or (chain F and ((resseq 0:110)))
15(chain A and ((resseq 111:500)))
25(chain E and ((resseq 111:500)))
16(chain B and ((resseq 111:500)))
26(chain F and ((resseq 111:500)))

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILE(chain C and ((resseq 1:85))) or (chain D and ((resseq -26:94)))CC01
21ILEILEILEILE(chain G and ((resseq 1:85))) or (chain H and ((resseq -26:94)))GG01
12ILEILEILEILE(chain C and ((resseq 86:300)))CC01
22ILEILEILEILE(chain G and ((resseq 86:300)))GG01
13PHEPHEPHEPHE(chain D and ((resseq 95:300)))DD-251
23PHEPHEPHEPHE(chain H and ((resseq 95:300)))HH-251
14GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resseq 0:110))) or (chain B and ((resseq 0:110)))AA12
24GLNGLNGLNGLN(chain E and ((resseq 2:110))) or (chain F and ((resseq 2:110)))EE23
15GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resseq 111:500)))AA12
25GLNGLNGLNGLN(chain E and ((resseq 111:500)))EE23
16ALAALAALAALA(chain B and ((resseq 111:500)))BB12
26ALAALAALAALA(chain F and ((resseq 111:500)))FF12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999889, 0.002487, -0.014665), (-0.004468, 0.890161, 0.455625), (0.014187, 0.45564, -0.890051)-2.72864, 26.994801, -113.047997
2given(-0.999982, -0.003743, -0.004653), (-0.005449, 0.890694, 0.454571), (0.002443, 0.454588, -0.890698)-1.95339, 26.8573, -113.269997
3given(-0.999989, -6.41439, -0.004653), (0.002085, 0.884716, 0.466126), (-0.004095, 0.46613, -0.884707)-1.15265, 27.923, -112.904999
4given(-0.996138, 0.066941, -0.05682), (0.033572, 0.888324, 0.457989), (0.081133, 0.454313, -0.88714)-7.37682, 26.994301, -113.191002
5given(-0.972269, 0.172708, -0.157687), (0.096747, 0.910892, 0.401142), (0.212916, 0.374762, -0.902341)-22.315701, 18.7353, -116.149002
6given(-0.97627, 0.166714, -0.138218), (0.091124, 0.895237, 0.436173), (0.196454, 0.413228, -0.889184)-19.4205, 23.7596, -114.869003
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: 抗体 TRA protein


分子量: 23183.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Human nkt tcr beta chain


分子量: 27002.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20597.957 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 27-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14434
#4: タンパク質 protein of 3K peptide (FEAQKAKANKAVD),Linker region - GGGGSLVPRGSGGGG,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量: 24966.844 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 30-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14483

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM sodium cacodylate, 200mM sodium citrate, 10% PEG 4000, 0.5% n-octyl-beta-D-glucoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月9日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 39106 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 12.92
反射 シェル解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.09 Å48.79 Å
Translation3.09 Å48.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Coot0.7.1モデル構築
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3RDT

3rdt


解像度: 3.263→47.051 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 1956 5.01 %Random selection
Rwork0.1863 37124 --
obs0.1888 39080 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.3 Å2 / Biso mean: 65.3614 Å2 / Biso min: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.263→47.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12366 0 0 0 12366
残基数----1608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66617377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0724324
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1493X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.562
12G1493X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.562
21C720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.549
22G720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.549
31D743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.629
32H743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.629
41A1660X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.76
42E1660X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.76
51A576X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
52E576X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
61B892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
62F892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2631-3.34470.29371250.22312609273497
3.3447-3.43510.27021340.19342612274698
3.4351-3.53610.24161430.19042648279199
3.5361-3.65020.28441210.18292607272899
3.6502-3.78060.25411500.19342606275699
3.7806-3.93190.24721590.1832642280199
3.9319-4.11080.2081560.172649280599
4.1108-4.32740.21851290.16682628275799
4.3274-4.59830.2071380.15632634277299
4.5983-4.95290.19611220.16112681280399
4.9529-5.45070.23371550.18162641279699
5.4507-6.23790.26851280.215427182846100
6.2379-7.85320.23921510.22172672282399
7.8532-47.05590.22521450.20322777292299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6034-0.1967-0.81440.47630.00170.98840.10070.2623-0.0225-0.038-0.0632-0.11520.00490.1554-0.01220.2478-0.0084-0.09240.2974-0.02330.280715.8926-11.6083-42.327
22.14390.2594-1.38530.3943-0.20291.29080.12380.4668-0.12830.06690.02750.0696-0.1316-0.2909-0.09690.42290.018-0.00840.88350.20410.5277-17.2984-2.1554-80.7023
30.7464-0.0571-0.64621.0931-0.0831.2989-0.0582-0.1249-0.03070.14580.0225-0.0112-0.05030.09450.02960.3081-0.0095-0.15730.08150.01230.2987-21.2823-7.61760.2131
41.26090.3123-1.20740.8544-0.51151.2050.14450.0755-0.0658-0.0988-0.0897-0.3473-0.21890.041-0.06350.79260.00050.25110.91980.05680.714222.185818.6789-114.5873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' ) or (chain 'D' )C0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'H' ) or (chain 'G' )H0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' ) or (chain 'B' )A0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'E' ) or (chain 'F' )E0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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