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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p46 | ||||||||||||
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Title | J809.B5 Y31A TCR bound to IAb3K | ||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR MHCII | ||||||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of T cell differentiation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of T cell differentiation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / response to type II interferon / antigen processing and presentation / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / toxic substance binding / PD-1 signaling / negative regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / complement activation, classical pathway / antigen binding / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / adaptive immune response / lysosome / early endosome / blood microparticle / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() Synthetic Construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Stadinski, B.D. / Huseby, E.S. / Trenh, P. / Stern, L.J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Effect of CDR3 Sequences and Distal V Gene Residues in Regulating TCR-MHC Contacts and Ligand Specificity. Authors: Stadinski, B.D. / Trenh, P. / Duke, B. / Huseby, P.G. / Li, G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4p23C ![]() 4p5tC ![]() 3rdtS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20242.615 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 27-205 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 25094.973 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 30-218 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synthetic Construct (others), (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: H2-Ab1, H2-iabeta / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 22277.682 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Va2.8 Y31A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 26685.523 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 / Details: 100mM NaCitrate, 100mM NaCacodylate, 8% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.86→44 Å / Num. obs: 27043 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 0.965 / Net I/av σ(I): 11.589 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 180378 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3RDT Resolution: 2.851→41.937 Å / FOM work R set: 0.8058 / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / Phase error: 26.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 173.08 Å2 / Biso mean: 60.05 Å2 / Biso min: 21.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.851→41.937 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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