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- PDB-4p5k: Structural Basis of Chronic Beryllium Disease: Bridging the Gap B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5k
タイトルStructural Basis of Chronic Beryllium Disease: Bridging the Gap Between Allergy and Autoimmunity
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
  • RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / complex / HLA / Chronic Beryllium Disease / allergy / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane ...MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen DP beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Clayton, G.M. / Wang, Y. / Crawford, F. / Novikov, A. / Wimberly, B.T. / Kieft, J.S. / Falta, M.T. / Bowerman, N.A. / Marrack, P. / Fontenot, A.P. ...Clayton, G.M. / Wang, Y. / Crawford, F. / Novikov, A. / Wimberly, B.T. / Kieft, J.S. / Falta, M.T. / Bowerman, N.A. / Marrack, P. / Fontenot, A.P. / Dai, S. / Kappler, J.W.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structural basis of chronic beryllium disease: linking allergic hypersensitivity and autoimmunity.
著者: Clayton, G.M. / Wang, Y. / Crawford, F. / Novikov, A. / Wimberly, B.T. / Kieft, J.S. / Falta, M.T. / Bowerman, N.A. / Marrack, P. / Fontenot, A.P. / Dai, S. / Kappler, J.W.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
E: RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1814
ポリマ－91,1814
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－45,5912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
E: RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5912
ポリマ－45,5912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.779, 68.738, 71.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain / DP(W3) / DP(W4) / HLA-SB alpha chain / MHC class II DP3-alpha / MHC class II DPA1


分子量: 21169.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 32-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1, HLA-DP1A, HLASB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20036
#2: タンパク質 RAS peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain


分子量: 24421.178 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5EP54, UniProt: P04440*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 316 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2 M ammonium formate and 25 % PEG 4000 in 0.1 M HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.99
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26282 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 18.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→44.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 33.305 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1243 5.1 %RANDOM
Rwork0.2213 23043 --
obs0.2245 24286 91.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.56 Å2 / Biso mean: 31.144 Å2 / Biso min: 7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.04 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→44.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6222 0 1 0 6223
Biso mean--79.63 --
残基数----758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.9288706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5995750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09724.444360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.84151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3781538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.53784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18526146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73232616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8994.52560
LS精密化 シェル解像度: 2.591→2.658 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 39 -
Rwork0.311 724 -
all-763 -
obs--39.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.991-1.0432-0.38881.7754-0.25810.90570.0285-0.01640.0348-0.061-0.18270.05540.0653-0.0390.15420.06560.01210.00090.1976-0.02050.087222.054-30.4426-18.1314
21.57080.2573-0.92783.41390.71391.50960.0621-0.4779-0.05030.2191-0.139-0.1742-0.0230.40110.07690.0439-0.0553-0.06340.25750.10050.109232.8812-28.1655-5.3167
31.84510.90590.09312.3842-0.24520.2289-0.0724-0.02940.01220.06540.07180.18960.0462-0.08980.00060.1006-0.01450.00210.16180.00580.091731.2423-2.1799-39.9001
41.039-0.5823-0.34343.52250.61041.319-0.14880.08220.0640.05490.1521-0.06650.16160.1901-0.00330.03610.0026-0.01690.11160.03050.043845.9597-2.2451-47.5694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4E3 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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