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- PDB-4p5i: Crystal structure of the chemokine binding protein from orf virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5i
タイトルCrystal structure of the chemokine binding protein from orf virus
要素Chemokine binding protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HOST CHEMOKINES / SECRETED / CYTOKINE
機能・相同性Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / identical protein binding / Chemokine binding protein
機能・相同性情報
生物種Orf virus (オルフウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Counago, R.M. / Krause, K.L.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
New Zealand Synchrotron Group Limited ニュージーランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of Orf Virus Chemokine Binding Protein in Complex with Host Chemokines Reveal Clues to Broad Binding Specificity.
著者: Counago, R.M. / Knapp, K.M. / Nakatani, Y. / Fleming, S.B. / Corbett, M. / Wise, L.M. / Mercer, A.A. / Krause, K.L.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemokine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2253
ポリマ－29,5801
非ポリマー6462
水3,135174
1
A: Chemokine binding protein
ヘテロ分子

A: Chemokine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4516
ポリマ－59,1602
非ポリマー1,2914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3890 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.250, 76.250, 281.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Chemokine binding protein


分子量: 29579.768 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 株: NZ2 / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2F862
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRYSTALLIZATION DROPLETS CONSISTED OF 3 UL ORFV CKBP (12 MG ML-1 IN 20 MM HEPES PH 7.0, 1 MM DTT) PLUS 3.0 UL OF A SOLUTION CONTAINING 100 MM L-ARG IN 1.8 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC PH 7.0, ...詳細: CRYSTALLIZATION DROPLETS CONSISTED OF 3 UL ORFV CKBP (12 MG ML-1 IN 20 MM HEPES PH 7.0, 1 MM DTT) PLUS 3.0 UL OF A SOLUTION CONTAINING 100 MM L-ARG IN 1.8 M AMMONIUM CITRATE TRIBASIC PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9541, 1.0346, 1.0403, 1.0267
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH SAGITTALLY BENT 2ND CRYSTAL
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95411
21.03461
31.04031
41.02671
反射解像度: 2.1→38.286 Å / Num. obs: 29375 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 29.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_934)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→38.28 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 782 3.25 %
Rwork0.206 --
obs0.207 24048 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.78 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0654 Å20 Å2-0 Å2
2--1.0654 Å20 Å2
3----2.1309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 42 174 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2192632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.07745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.3910.32141290.26583759X-RAY DIFFRACTION99
2.391-2.57550.32211350.2483752X-RAY DIFFRACTION100
2.5755-2.83460.23911230.21913828X-RAY DIFFRACTION100
2.8346-3.24460.24141230.19993847X-RAY DIFFRACTION100
3.2446-4.08720.19461460.17963895X-RAY DIFFRACTION100
4.0872-38.29150.21161260.1994185X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18880.05170.13790.28650.12240.1324-0.1032-0.11510.45950.1479-0.1820.5362-0.0388-0.4937-0.01050.34750.1089-0.07790.4368-0.02570.4649-0.328838.58112.7758
20.32510.00310.40280.12470.05390.59210.21560.174-0.2436-0.05120.1188-0.01670.28710.24040.69120.1980.0684-0.06690.1631-0.00980.156421.126322.110114.7324
30.4649-0.05250.03140.48150.39320.3360.11780.1538-0.16110.0265-0.0630.10980.26450.0386-0.13210.12030.0679-0.04950.14080.00220.105918.017723.42215.499
40.8144-0.0805-0.09780.31060.31310.3004-0.06620.4398-0.02230.0468-0.1076-0.10650.1120.2523-0.43870.1930.0761-0.07640.14250.00840.157517.587622.91976.5144
50.1080.0218-0.07850.1470.06040.101-0.10380.1437-0.0113-0.056-0.1140.25090.16330.0076-0.27370.25120.0876-0.08870.2387-0.0330.214410.906315.36495.702
60.18490.0065-0.49440.5557-0.10241.70620.15940.2433-0.2859-0.07940.01680.40720.3987-0.83350.09980.1591-0.026-0.16760.0826-0.06140.20046.882819.890410.5842
70.40720.18530.22440.09360.10670.12250.1128-0.01760.1604-0.077-0.17930.1038-0.1618-0.0749-0.08630.13610.00940.0080.09760.01590.133214.848232.082621.86
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:26)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 27:65)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 66:116)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 117:159)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 160:200)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 201:254)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 255:270)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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