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- PDB-4h3k: Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3k
タイトルCrystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7
要素
  • Hexapeptide
  • RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
  • Symplekin
キーワードHYDROLASE / Heat repeat / phosphatase / RNA polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / nuclear stress granule / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / nuclear stress granule / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / bicellular tight junction / negative regulation of protein binding / mRNA processing / cytoskeleton / cell adhesion / nuclear body / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant ...Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Response regulator / Helix non-globular / Special / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Symplekin / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xiang, K. / Tong, L.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: An unexpected binding mode for a Pol II CTD peptide phosphorylated at Ser7 in the active site of the CTD phosphatase Ssu72.
著者: Xiang, K. / Manley, J.L. / Tong, L.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symplekin
B: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
D: Symplekin
E: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
F: Hexapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2216
ポリマ－130,1275
非ポリマー951
水2,036113
1
A: Symplekin
B: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5013
ポリマ－64,4062
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
2
D: Symplekin
E: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
F: Hexapeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7213
ポリマ－65,7213
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
3
B: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
ヘテロ分子

A: Symplekin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5013
ポリマ－64,4062
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
4
D: Symplekin

E: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
F: Hexapeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7213
ポリマ－65,7213
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.583, 97.364, 105.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Symplekin


分子量: 39646.957 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 30-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYMPK, SPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92797
#2: タンパク質 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72 / CTD phosphatase SSU72


分子量: 24758.787 Da / 分子数: 2 / Mutation: C12S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSU72, HSPC182, PNAS-120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NP77, protein-serine/threonine phosphatase
#3: タンパク質・ペプチド Hexapeptide


分子量: 1315.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月21日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 91319 / Num. obs: 88854 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2→2.108 Å / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.617 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23295 4376 5 %RANDOM
Rwork0.19676 ---
all0.19857 86668 --
obs0.19857 83323 96.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å20.5 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8129 0 5 113 8247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228279
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.97511216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37651011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.59524.949396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4915.0291550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4971555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8571.55091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67928294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93633188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8514.52922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 579 -
Rwork0.225 11256 -
obs--88.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8519-0.382-0.02230.798-0.06250.31320.02440.00280.08660.00720.0353-0.0253-0.0055-0.0152-0.05970.0108-0.01640.00050.04040.01310.0246-26.010614.1912-11.2862
20.64690.4427-0.22141.80070.62541.083-0.15190.0984-0.0872-0.03130.04770.04640.1221-0.04380.10420.0627-0.02250.03950.0411-0.01280.0275-25.6761-16.7927-12.1075
30.1923-0.15340.13641.7122-0.26970.489-0.03250.00120.0178-0.0225-0.0452-0.13030.00630.02540.07770.0269-0.00110.00110.04990.00920.0182-1.4371-11.661739.9592
41.21210.3919-0.27631.38070.20430.35020.0254-0.06440.1112-0.0574-0.018-0.0685-0.06380.0411-0.00750.0615-0.00460.01190.0325-0.00190.03031.342518.53740.3197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3D30 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4E5 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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