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- PDB-4htl: Lmo2764 protein, a putative N-acetylmannosamine kinase, from List... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4htl
タイトルLmo2764 protein, a putative N-acetylmannosamine kinase, from Listeria monocytogenes
要素Beta-glucoside kinase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / sugar kinase / ROK family / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucoside kinase / beta-glucoside kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucoside kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Mack, J. / Endres, M. / Salazar, J. / Zhang, W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Lmo2764 protein, a putative N-acetylmannosamine kinase, from Listeria monocytogenes.
著者: Osipiuk, J. / Mack, J. / Endres, M. / Salazar, J. / Zhang, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8862
ポリマ－32,8241
非ポリマー621
水5,693316
1
A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子

A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7724
ポリマ－65,6482
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
2
A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子

A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子

A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子

A: Beta-glucoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5448
ポリマ－131,2964
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.694, 121.989, 153.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

21A-429-

HOH

31A-553-

HOH

詳細dimer based on PISA

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucoside kinase


分子量: 32824.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: bglK, lmo2764 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y3R9, beta-glucoside kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→35.9 Å / Num. all: 49631 / Num. obs: 49631 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 4.171 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.64-1.674.80.6052.124030.83196.7
1.67-1.75.70.54624180.85598.3
1.7-1.736.10.47324420.96798.7
1.73-1.776.40.4124481.05198.7
1.77-1.816.80.35424291.20898.9
1.81-1.857.20.30924771.40199.4
1.85-1.897.90.26124491.65299.4
1.89-1.9480.22824691.91199.6
1.94-280.20124982.32299.8
2-2.0780.16924592.806100
2.07-2.148.20.14725153.22599.9
2.14-2.238.10.13524613.781100
2.23-2.338.20.12325064.312100
2.33-2.458.20.11824824.792100
2.45-2.68.10.10524935.428100
2.6-2.880.09625076.199100
2.8-3.0980.08525157.172100
3.09-3.537.70.07225297.958100
3.53-4.457.60.06225438.471100
4.45-507.50.065258812.09198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.64→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU B: 2.53 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1686 2509 5.1 %RANDOM
Rwork0.1277 ---
all0.1298 49630 --
obs0.1298 49630 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.97 Å2 / Biso mean: 29.3068 Å2 / Biso min: 11.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2237 0 4 316 2557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.963308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9834011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4885328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59624.138116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13515416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9961515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.81934063
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.649590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.49654222
LS精密化 シェル解像度: 1.641→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 170 -
Rwork0.301 3035 -
all-3205 -
obs-3205 90.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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