PDB-4p2q: Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c2/I-Ek

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p2q

タイトル

Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c2/I-Ek

要素

(5cc7 T-cell receptor ...) x 2
5c2 peptide
H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
MHC class II E-beta-k

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / peptide-MHC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Birnbaum, M.E. / Ozkan, E. / Garcia, K.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Deconstructing the Peptide-MHC Specificity of T Cell Recognition.
著者: Birnbaum, M.E. / Mendoza, J.L. / Sethi, D.K. / Dong, S. / Glanville, J. / Dobbins, J. / Ozkan, E. / Davis, M.M. / Wucherpfennig, K.W. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2014年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.8	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4p2q.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p2q_validation.pdf.gz	611.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p2q_full_validation.pdf.gz	646.5 KB	表示
XML形式データ	4p2q_validation.xml.gz	105.7 KB	表示
CIF形式データ	4p2q_validation.cif.gz	143.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4p2oC 4p2rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p2r-3 1zgl-2 4p2o-d 5c8j-2 1zgl-4 3o6f-2 4z7v-1 6p1j-2 4r4n-4 5ks9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)

登録構造単位

A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

B: MHC class II E-beta-k

C: 5c2 peptide

D: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

E: 5cc7 T-cell receptor beta chain

F: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

G: MHC class II E-beta-k

H: 5c2 peptide

I: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

J: 5cc7 T-cell receptor beta chain

K: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

L: MHC class II E-beta-k

M: 5c2 peptide

N: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

O: 5cc7 T-cell receptor beta chain

P: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

Q: MHC class II E-beta-k

R: 5c2 peptide

S: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

T: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

409 kDa, 20 ポリマー
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1

A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

B: MHC class II E-beta-k

C: 5c2 peptide

D: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

E: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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2

F: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

G: MHC class II E-beta-k

H: 5c2 peptide

I: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

J: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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3

K: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

L: MHC class II E-beta-k

M: 5c2 peptide

N: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

O: 5cc7 T-cell receptor beta chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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4

P: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

Q: MHC class II E-beta-k

R: 5c2 peptide

S: 5cc7 T-cell receptor alpha chain

T: 5cc7 T-cell receptor beta chain

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
102 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	262.900, 102.210, 214.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS DETERINED BY SURFACE PLASMA RESONANCE

-
タンパク質 , 2種, 8分子 AFKPBGLQ

#1: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain 分子量: 23618.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04224
#2: タンパク質	MHC class II E-beta-k 分子量: 24433.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Eb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31163

-
5cc7 T-cell receptor ... , 2種, 8分子 DINSEJOT

#4: タンパク質	5cc7 T-cell receptor alpha chain 分子量: 22765.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質	5cc7 T-cell receptor beta chain 分子量: 29647.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 9分子 CHMR

#3: タンパク質・ペプチド

5c2 peptide

分子量: 1477.622 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M potassium citrate, 18% PEG 3350, 4% tert-butanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月18日
放射	モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→39.63 Å / Num. obs: 84684 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.98 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→39.63 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	4232	5 %
R_work	0.1881	-	-
obs	0.1905	84684	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25597	0	70	0	25667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	26344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	35766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.996	9428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	3877
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4717

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3376	0.4012	127	0.3677	2376	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3376-3.3768	0.3833	131	0.3099	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3768-3.418	0.3009	134	0.2862	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.418-3.4612	0.3182	124	0.3089	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4612-3.5068	0.2903	154	0.2717	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5068-3.5548	0.3241	142	0.2612	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5548-3.6055	0.3226	144	0.2641	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6055-3.6593	0.3431	104	0.2633	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6593-3.7164	0.3537	118	0.2892	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7164-3.7773	0.2591	140	0.2306	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7773-3.8424	0.296	144	0.209	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8424-3.9122	0.2691	153	0.2212	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9122-3.9874	0.2577	141	0.2065	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9874-4.0687	0.2368	145	0.1876	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0687-4.1571	0.2302	157	0.184	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1571-4.2537	0.2088	144	0.173	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2537-4.3599	0.2683	132	0.1583	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3599-4.4776	0.1582	166	0.1424	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4776-4.6092	0.162	110	0.1278	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6092-4.7578	0.1764	152	0.1285	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7578-4.9275	0.1906	150	0.1316	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9275-5.1244	0.1256	117	0.1344	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1244-5.3571	0.1967	164	0.1443	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3571-5.6388	0.2217	153	0.1576	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6388-5.991	0.2464	152	0.1826	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
5.991-6.4517	0.2515	145	0.1871	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4517-7.0976	0.2482	145	0.1794	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0976-8.117	0.2177	157	0.1699	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
8.117-10.1978	0.2275	143	0.1637	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
10.1978-39.6766	0.2561	144	0.224	2781	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1191	1.7289	-0.7502	2.9124	0.176	2.4047	0.2389	-0.2764	-0.2374	-0.1032	-0.2238	0.4227	0.1163	0.3054	0.145	0.6328	0.0999	0.0672	0.4335	0.0987	0.582	61.2102	-8.4862	255.6182
2	7.5332	2.3738	-0.3804	6.1326	-1.8143	3.1466	-0.1256	0.9198	-1.0939	-0.8256	0.1375	-0.7635	0.064	-0.3395	-0.0169	0.7347	0.0987	0.0356	0.6373	-0.1973	0.7924	59.0428	-15.3801	246.4415
3	2.2474	-1.5212	-1.9437	5.26	2.4005	2.1331	-0.2093	0.1118	0.6475	-0.3497	0.215	-1.0158	-0.8377	0.1128	0.0731	0.6025	0.0089	0.011	0.6527	0.1035	0.6956	71.8248	2.7101	255.6918
4	2.1653	-0.8968	0.3729	2.4295	0.2659	1.2932	-0.0871	-0.1945	-0.975	-0.1926	0.0415	0.1823	0.1304	0.1599	-0.0264	0.7245	0.1665	0.1594	0.5432	0.1042	1.2426	71.5572	-23.7714	259.5542
5	3.6089	0.448	0.5053	4.6088	1.4365	2.3279	0.279	-0.58	-1.2147	0.1295	-0.4025	-1.2725	0.2246	-0.1206	-0.1391	0.7171	0.1869	0.1288	0.6737	0.11	1.3392	79.3396	-27.8461	264.0998
6	3.0727	2.6337	0.2102	3.2513	-0.2007	1.9754	-0.8104	-0.6204	0.2212	0.1199	0.433	-0.0674	-0.1561	0.2583	0.1715	0.6367	0.07	-0.0155	0.3982	0.124	0.6832	65.0679	-3.2829	260.1246
7	0.7327	-1.4099	-0.2881	1.9665	0.2878	2.3082	0.0484	-0.5204	0.2913	0.3014	0.0325	0.6586	-0.1498	-0.0775	-0.022	0.7612	0.1255	0.0702	0.4423	0.0778	0.8022	55.9837	2.0984	263.4983
8	4.9225	0.3591	-0.08	0.6398	-1.5087	3.1871	-0.1614	0.062	0.2836	0.1948	0.3174	0.172	-0.4482	0.0019	0.1243	0.7618	0.1683	-0.0104	0.5191	0.08	0.8335	54.6429	10.5556	257.0927
9	0.5927	-1.5089	-0.2224	4.5393	-1.4295	2.7406	-0.1637	-0.0758	-0.9776	-0.4296	0.3012	0.6597	0.0189	-0.6863	-0.2212	0.7258	-0.0362	-0.031	0.4365	0.0785	1.197	46.693	-16.6908	253.6571
10	3.5911	-0.7689	1.0844	4.6595	2.0114	1.3492	-0.4102	-1.332	-2.2585	1.4441	-1.8299	-0.2048	1.3681	0.9776	-0.3466	1.2864	0.6569	0.2165	-0.566	1.2547	2.0534	57.6447	-37.7772	268.7671
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54	2.9722	-0.0025	1.5319	2.2383	-0.2256	1.5496	-0.0438	0.2751	-0.2199	-0.2708	0.4458	-0.2017	0.3825	-0.4856	-0.3407	0.8644	0.0839	-0.2673	0.8752	-0.1043	1.3923	-4.1829	-17.014	261.7613
55	4.0325	-0.9509	-1.4219	0.9379	0.419	2.4637	0.0401	0.2355	0.8476	0.262	0.9913	-0.7213	1.7884	-0.5555	-0.8994	1.072	-0.0217	-0.5412	1.0983	0.1681	1.8178	-13.6069	-22.0875	264.8178
56	4.4812	-2.3564	-1.3586	1.1024	0.6631	3.2496	-0.1348	-0.1852	-1.4723	0.2211	-0.0491	0.5796	0.492	-0.1417	0.0602	1.1595	0.0095	-0.2441	0.8571	0.1855	1.9605	-8.785	-24.6271	268.1267
57	1.2057	-0.1249	1.5854	-0.0587	-0.0259	1.924	0.1425	-0.3941	0.1178	-0.5738	0.68	0.5924	0.7971	-0.6379	-0.5528	0.7934	0.0028	-0.3543	1.1439	-0.1304	2.4169	-26.3346	-8.3527	260.5329
58	1.5117	0.4297	0.2644	0.1585	-0.1588	0.9332	-0.6175	-0.0349	-1.0025	-1.5902	0.6064	0.7482	0.397	-1.1304	-0.0946	1.5366	-0.1192	-0.1778	1.3215	-0.4771	1.5105	-10.169	-31.6992	238.7323
59	1.6699	-0.6519	-1.8182	0.854	0.6307	3.0958	-0.061	0.1993	-0.4669	-0.1345	0.8928	0.5311	1.9451	-0.1382	-0.6013	1.4986	0.0002	-0.6944	1.3973	-0.4378	2.2056	-18.4358	-26.124	248.8717
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61	1.3268	0.8976	2.0016	8.8336	4.0256	6.4929	0.6547	0.713	-0.3669	-0.1919	-0.3104	-0.0628	0.9694	-0.2868	0.2475	1.2913	0.0832	-0.3607	1.2241	-0.3543	1.998	-16.0283	-27.254	247.5468
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66	2.0347	-0.8121	0.847	0.5768	0.3159	1.1103	1.103	0.4154	0.5474	-0.81	0.1962	-0.8123	0.3681	0.6191	-0.6749	1.659	0.4831	-0.0141	1.7503	-0.3041	1.7309	3.6456	-22.3952	233.7764
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71	6.4105	3.8303	2.5448	8.4354	2.4711	1.2507	-0.1105	1.149	-0.4711	-0.3196	0.04	0.9898	0.1223	-0.1366	-0.0312	0.8611	0.0753	-0.1148	1.086	0.2662	1.0421	16.9273	-14.3632	283.1126
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73	4.83	1.2639	4.1695	1.821	1.7963	4.1813	0.1478	-1.5947	-0.8233	0.1623	-0.3375	-0.1079	-0.3881	0.0128	0.0453	1.2559	-0.0084	0.2483	1.5906	0.4062	0.986	24.5634	-8.9416	311.1028
74	1.5409	-0.9548	0.6377	2.148	0.7827	1.1112	-0.9262	-0.1685	0.7272	0.3354	-0.3125	-1.1707	0.2105	-0.8203	0.1063	1.8576	0.2062	0.0384	1.8781	-0.0674	1.0837	17.8236	-10.9794	332.355
75	0.7444	0.0362	0.6849	3.2823	-0.7146	0.9704	-0.1034	-0.2149	-0.5266	1.2518	0.3983	-1.4691	0.071	-1.3011	0.0526	1.8834	0.0537	0.2186	1.4015	0.0524	1.3956	23.8408	-19.6988	321.4547
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79	1.4071	1.2209	1.2021	1.319	-0.4846	3.8152	0.1947	-0.6752	-0.8261	0.4155	-0.0567	0.3801	0.1029	-0.5797	-0.112	1.1548	-0.1183	0.0705	1.6835	0.5985	1.6294	-7.8732	-21.7286	300.6135
80	1.5277	0.5684	-0.3403	4.4338	-0.2771	2.3518	-0.2367	-0.5667	0.4482	0.9732	1.1476	0.9959	-0.0059	-0.7323	-0.4784	1.6167	0.1575	0.2237	1.4802	0.1533	1.0334	9.9733	-9.1006	326.04
81	4.0468	2.4639	0.125	2.4217	-1.4963	1.7045	-0.0564	-0.926	0.2714	0.6035	0.1347	1.003	0.0179	-1.0732	-0.3501	1.4708	0.1131	0.3843	1.7766	0.3745	1.0894	2.6457	-11.962	324.5709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 154 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 18 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 19 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 97 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 98 through 122 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 123 through 154 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 155 through 177 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 178 through 189 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid -3 through 11 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 0 through 101 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 102 through 115 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 116 through 198 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 0 through 123 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 124 through 244 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 1 through 76 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 77 through 87 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 88 through 180 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 3 through 18 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 19 through 32 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 33 through 64 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 65 through 77 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 78 through 132 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 133 through 189 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid -3 through 11 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 0 through 115 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'I' and (resid 116 through 198 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'J' and (resid 0 through 123 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'J' and (resid 124 through 244 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'K' and (resid 1 through 55 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'K' and (resid 56 through 87 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'K' and (resid 88 through 153 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'K' and (resid 154 through 180 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'L' and (resid 3 through 18 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'L' and (resid 19 through 51 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 52 through 64 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 65 through 77 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 78 through 88 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 89 through 122 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resid 123 through 132 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resid 133 through 144 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 145 through 177 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 178 through 189 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'M' and (resid -3 through 10 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'N' and (resid 0 through 101 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'N' and (resid 102 through 134 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'N' and (resid 135 through 198 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'O' and (resid 3 through 123 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'O' and (resid 124 through 244 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'P' and (resid 2 through 14 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'P' and (resid 15 through 26 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'P' and (resid 27 through 76 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'P' and (resid 77 through 87 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'P' and (resid 88 through 102 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'P' and (resid 103 through 123 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'P' and (resid 124 through 134 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'P' and (resid 135 through 166 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'P' and (resid 167 through 180 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'Q' and (resid 3 through 32 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'Q' and (resid 33 through 64 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'Q' and (resid 65 through 132 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'Q' and (resid 133 through 189 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'R' and (resid -3 through 10 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'S' and (resid 0 through 36 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'S' and (resid 37 through 48 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'S' and (resid 49 through 63 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'S' and (resid 64 through 73 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'S' and (resid 74 through 101 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'S' and (resid 102 through 115 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'S' and (resid 116 through 134 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'S' and (resid 135 through 149 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'S' and (resid 150 through 164 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'S' and (resid 165 through 183 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'S' and (resid 184 through 198 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'T' and (resid 3 through 123 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'T' and (resid 124 through 161 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'T' and (resid 162 through 244 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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