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- PDB-4ov8: Crystal Structure of the TMH1-lock mutant of the mature form of p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ov8
タイトルCrystal Structure of the TMH1-lock mutant of the mature form of pleurotolysin B
要素Pleurotolysin B
キーワードTOXIN / TMH1-lock / MACPF domain / pore-forming protein / Pleurtolysin A component
機能・相同性Pleurotolysin B, C-terminal / Pleurotolysin B C-terminal domain / Fungal MACPF-like domain / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Pleurotolysin B
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kondos, S.C. / Law, R.H.P. / Whisstock, J.C. / Dunstone, M.A.
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2015
タイトル: Conformational changes during pore formation by the perforin-related protein pleurotolysin.
著者: Natalya Lukoyanova / Stephanie C Kondos / Irene Farabella / Ruby H P Law / Cyril F Reboul / Tom T Caradoc-Davies / Bradley A Spicer / Oded Kleifeld / Daouda A K Traore / Susan M Ekkel / Ilia ...著者: Natalya Lukoyanova / Stephanie C Kondos / Irene Farabella / Ruby H P Law / Cyril F Reboul / Tom T Caradoc-Davies / Bradley A Spicer / Oded Kleifeld / Daouda A K Traore / Susan M Ekkel / Ilia Voskoboinik / Joseph A Trapani / Tamas Hatfaludi / Katherine Oliver / Eileen M Hotze / Rodney K Tweten / James C Whisstock / Maya Topf / Helen R Saibil / Michelle A Dunstone /
要旨: Membrane attack complex/perforin-like (MACPF) proteins comprise the largest superfamily of pore-forming proteins, playing crucial roles in immunity and pathogenesis. Soluble monomers assemble into ...Membrane attack complex/perforin-like (MACPF) proteins comprise the largest superfamily of pore-forming proteins, playing crucial roles in immunity and pathogenesis. Soluble monomers assemble into large transmembrane pores via conformational transitions that remain to be structurally and mechanistically characterised. Here we present an 11 Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the two-part, fungal toxin Pleurotolysin (Ply), together with crystal structures of both components (the lipid binding PlyA protein and the pore-forming MACPF component PlyB). These data reveal a 13-fold pore 80 Å in diameter and 100 Å in height, with each subunit comprised of a PlyB molecule atop a membrane bound dimer of PlyA. The resolution of the EM map, together with biophysical and computational experiments, allowed confident assignment of subdomains in a MACPF pore assembly. The major conformational changes in PlyB are a ∼70° opening of the bent and distorted central β-sheet of the MACPF domain, accompanied by extrusion and refolding of two α-helical regions into transmembrane β-hairpins (TMH1 and TMH2). We determined the structures of three different disulphide bond-trapped prepore intermediates. Analysis of these data by molecular modelling and flexible fitting allows us to generate a potential trajectory of β-sheet unbending. The results suggest that MACPF conformational change is triggered through disruption of the interface between a conserved helix-turn-helix motif and the top of TMH2. Following their release we propose that the transmembrane regions assemble into β-hairpins via top down zippering of backbone hydrogen bonds to form the membrane-inserted β-barrel. The intermediate structures of the MACPF domain during refolding into the β-barrel pore establish a structural paradigm for the transition from soluble monomer to pore, which may be conserved across the whole superfamily. The TMH2 region is critical for the release of both TMH clusters, suggesting why this region is targeted by endogenous inhibitors of MACPF function.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleurotolysin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,65610
ポリマ－52,1591
非ポリマー4979
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.181, 71.181, 174.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Pleurotolysin B


分子量: 52159.473 Da / 分子数: 1 / 断片: TMH1-lock, UNP residues 49-523 / 変異: Y166C, G266C, C487A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: mPlyB, plyB / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS codon plus / 参照: UniProt: Q5W9E8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sullfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月18日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→174.68 Å / Num. all: 28792 / Num. obs: 28792 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceGUIデータ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OEJ

4oej


解像度: 2.15→61.644 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 1456 5.07 %random
Rwork0.2072 ---
all0.2091 28729 --
obs0.2091 28729 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→61.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 22 174 3726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8214928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2191322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1501-2.22690.33781380.27082689
2.2269-2.31610.29441370.28142683
2.3161-2.42150.2991430.24232683
2.4215-2.54910.29781600.24072679
2.5491-2.70890.29271400.23742673
2.7089-2.9180.27041470.22122707
2.918-3.21160.29731240.21352746
3.2116-3.67630.22091670.18812709
3.6763-4.63160.19981650.1672757
4.6316-61.66970.20571350.20052947
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08640.67670.36153.0611.60590.8378-0.6064-0.04360.27370.3206-0.0317-0.257-1.21540.49180.3610.8358-0.2775-0.46940.4020.03140.605323.82541.835320.0438
22.44170.33870.8125.5103-0.15373.2335-0.42620.16840.18950.02070.1354-0.0495-0.6524-0.2390.29970.33440.0549-0.13260.2654-0.06880.28269.624730.56813.2207
31.4877-0.18391.54123.14040.35044.1416-0.283-0.1260.22280.17980.1297-0.3966-0.19680.17090.13020.24460.0159-0.03260.1935-0.0090.245515.427924.488414.9739
42.6115-0.87950.78252.08691.36873.59960.1214-0.2718-0.1902-0.060.0590.06831.3337-0.345-0.17150.6114-0.1047-0.05010.21820.02160.291912.22522.846711.3658
52.3545-1.60431.47592.24150.58882.94890.2221-0.4972-0.1803-0.075-0.24180.06291.1485-0.2788-0.03480.6079-0.11470.00430.314-0.00370.302613.77174.34148.6634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 63:100)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 101:181)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 184:410)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 411:487)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 488:519)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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