PDB-4wed: Crystal structure of ABC transporter substrate-binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wed

タイトル

Crystal structure of ABC transporter substrate-binding protein from Sinorhizobium meliloti

要素

ABC transporter, periplasmic solute-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter substrate-binding protein / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation transport / nickel cation binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Otwinowski, Z. / Bacal, P. / Cymborowski, M.T. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hammonds, J. / Ahmed, M. / Bonanno, J. / Seidel, R. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter substrate-binding protein from Sinorhizobium meliloti
著者: Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Minor, W.

履歴

登録	2014年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wed.cif.gz	203.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wed.ent.gz	161.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wed_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wed_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	4wed_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	4wed_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wed	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ov8-d 4oej-d 6rxp-d 6mb9-2 4oer-2 5y7z-1 3odj-2 4wgi-d 3t66-d 5w75-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-021011

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ABC transporter, periplasmic solute-binding protein

ヘテロ分子

58.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.327, 57.327, 132.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	ABC transporter, periplasmic solute-binding protein 分子量: 58027.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: SMa1651 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92YH7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	There was an additional tag present in the crystallization setup, but it was likely cleaved by the ...There was an additional tag present in the crystallization setup, but it was likely cleaved by the chymotrypsin present. The sequence was MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQS

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 ul of 18 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition # 18 (0.2 M Sodium Formate, 20% ...詳細: 0.2 ul of 18 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition # 18 (0.2 M Sodium Formate, 20% (w/v) PEG 3350 ) and equilibrated against 2.0 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 18 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition # 18 (0.2 M Sodium Formate, 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07819 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日 / 詳細: Bimorph K-B pair

放射

モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 19751 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.175 / Net I/av σ(I): 24.51 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 86540

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	3.6	0.777	794	0.662	0.47	0.913	0.89	74.3
2.39-2.43	3.8	0.638	854	0.695	0.382	0.748	0.964	85.8
2.43-2.48	3.9	0.519	985	0.821	0.299	0.602	0.949	96.3
2.48-2.53	4.5	0.458	971	0.883	0.241	0.518	0.967	99.1
2.53-2.59	4.5	0.368	1031	0.916	0.194	0.417	0.973	99.2
2.59-2.65	4.5	0.315	1008	0.952	0.166	0.356	0.972	99.4
2.65-2.71	4.5	0.271	1021	0.956	0.142	0.306	1.028	99.6
2.71-2.79	4.5	0.21	974	0.975	0.111	0.238	1.112	99.6
2.79-2.87	4.5	0.169	1045	0.979	0.089	0.191	1.201	99.3
2.87-2.96	4.6	0.14	973	0.987	0.074	0.158	1.28	99.6
2.96-3.07	4.5	0.115	1014	0.989	0.061	0.13	1.315	99.5
3.07-3.19	4.5	0.096	1037	0.992	0.051	0.109	1.451	99.7
3.19-3.33	4.5	0.08	987	0.994	0.042	0.09	1.489	99.8
3.33-3.51	4.5	0.068	1010	0.995	0.036	0.077	1.413	99.8
3.51-3.73	4.5	0.058	1000	0.996	0.031	0.065	1.368	99.8
3.73-4.02	4.4	0.052	1020	0.997	0.028	0.059	1.305	99.6
4.02-4.42	4.4	0.046	1012	0.997	0.025	0.053	1.207	99.7
4.42-5.06	4.4	0.045	996	0.997	0.024	0.052	1.191	99.8
5.06-6.37	4.3	0.043	1025	0.997	0.023	0.049	1.09	100
6.37-50	4.2	0.038	994	0.998	0.021	0.043	1.084	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
直接法		位相決定
MLPHARE		位相決定
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→49.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.1741 / FOM work R set: 0.8026 / SU B: 18.319 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.383 / SU R_free: 0.2455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2294	899	4.6 %	RANDOM
R_work	0.1641	18838	-	-
obs	0.1667	-	97.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.22 Å² / B_iso mean: 72.611 Å² / B_iso min: 43.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→49.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3609	0	10	101	3720
B_iso mean	-	-	65.35	66.62	-
残基数	-	-	-	-	483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.541	1.961	5076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	7828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.672	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.379	24.11	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.457	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.54	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.55	3.811	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.551	3.813	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.72	5.716	2409

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	65	-
R_work	0.25	1124	-
all	-	1189	-
obs	-	-	77.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5194	-0.8062	-0.3203	3.5319	-0.3692	2.3857	-0.1957	0.0647	-0.2347	0.3127	-0.1008	-0.4303	0.2602	0.3433	0.2964	0.1221	-0.0204	-0.0792	0.1108	0.0527	0.5059	-0.781	0.746	-5.177
2	2.6523	0.1505	-2.5822	12.2593	0.068	6.3294	-0.1696	0.6095	0.4335	0.1661	0.3028	-1.6924	0.0868	0.8718	-0.1332	0.0479	-0.0855	-0.1668	0.7171	0.258	0.9648	11.109	15.394	-9.022
3	3.0617	-0.1108	0.0666	6.3271	0.9245	4.1693	0.0622	0.2111	0.7274	-0.0137	-0.3202	-0.9155	-0.4595	0.5256	0.258	0.1434	-0.1642	-0.1334	0.2364	0.2329	0.744	3.096	23.864	-9.653
4	5.1028	1.6616	-2.1683	2.8193	-2.5345	4.0453	0.2664	0.1315	0.883	0.4064	-0.1239	-0.2223	-0.8228	-0.0605	-0.1425	0.4195	-0.0484	-0.1245	0.0574	0.0622	0.7003	-11.396	29.674	-2.975
5	7.0323	-0.9854	-1.774	7.2308	-2.4438	4.2754	-0.1564	-0.5482	-0.2256	0.1728	0.1256	0.5507	0.2457	-0.0959	0.0309	0.2314	0.1293	-0.1207	0.2249	-0.0831	0.3603	-34.604	19.893	15.712
6	3.3215	-0.841	-1.1599	6.7958	1.3303	2.2138	0.0758	0.1154	0.0502	-0.0877	-0.0708	-0.1384	-0.5441	-0.1345	-0.0049	0.2888	0.0261	-0.1609	0.0955	0.0128	0.377	-22.437	22.662	-0.339
7	2.7035	-1.1462	-2.3823	0.803	1.4071	6.7926	-0.0021	0.0237	0.2247	-0.0349	-0.0104	0.0492	0.0483	-0.4891	0.0126	0.1745	0.0375	-0.1506	0.1546	-0.0848	0.4408	-39.631	26.694	14.424
8	10.3128	0.1421	1.9497	2.2666	0.9913	6.7044	-0.0391	-0.2243	-0.1886	0.1429	0.2483	-0.3099	-0.0992	1.0905	-0.2093	0.1223	0.0366	-0.125	0.3209	-0.1646	0.4349	-23.098	28.536	17.476
9	5.3048	-1.8591	0.6028	4.4659	0.6545	0.2746	-0.3235	-0.4636	-0.1232	0.2942	0.2556	0.111	-0.0203	-0.0396	0.0679	0.2865	0.0344	-0.1384	0.1981	0.0241	0.4992	-19.529	11.254	9.649
10	6.5064	-1.5989	1.4054	6.189	-0.0452	4.8867	-0.3306	-0.4809	-1.1711	0.2739	0.177	0.3309	-0.0467	0.0398	0.1536	0.251	-0.0882	0.0085	0.1105	0.0627	0.6011	-25.006	2.932	8.59
11	3.2731	-0.3315	-1.5291	0.7777	-0.1236	3.42	-0.0141	0.043	0.0271	0.1411	-0.2085	-0.0807	-0.3041	-0.2589	0.2226	0.1602	-0.0009	-0.1552	0.0954	-0.0006	0.5086	-21.827	17.58	-1.462
12	4.2157	-0.5649	-3.1066	2.5204	-3.5846	9.1672	0.1496	0.3522	0.609	0.1981	-0.2553	-0.3834	-0.5095	0.2293	0.1058	0.2106	-0.1593	-0.111	0.2655	0.1128	0.6052	-3.909	20.287	-12.503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 206
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	207 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 277
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	278 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	302 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	331 - 367
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	368 - 414
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	415 - 441
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	442 - 472
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	473 - 506
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	507 - 525

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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