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- PDB-5w75: Crystal Structure of Reconstructed Bacterial Elongation Factor No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w75
タイトルCrystal Structure of Reconstructed Bacterial Elongation Factor Node 168
要素Elongation factor Tu
キーワードTRANSLATION / ancestral gene reconstruction / thermostability / EF-Tu / ASR
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor Tu
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural and Dynamics Comparison of Thermostability in Ancient, Modern, and Consensus Elongation Factor Tus.
著者: Okafor, C.D. / Pathak, M.C. / Fagan, C.E. / Bauer, N.C. / Cole, M.F. / Gaucher, E.A. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu
B: Elongation factor Tu
C: Elongation factor Tu
D: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,92837
ポリマ－174,6714
非ポリマー5,25733
水11,746652
1
A: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3275
ポリマ－43,6681
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,05410
ポリマ－43,6681
非ポリマー1,3869
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,39611
ポリマ－43,6681
非ポリマー1,72810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,15011
ポリマ－43,6681
非ポリマー1,48210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.417, 173.420, 208.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 43667.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (strain ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E) (バクテリア)
株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: tuf, CTN_0991 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9K884
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 681分子

#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.35 M ammonium sulfate and 0.1 M HEPES pH 7.5 / Temp details: 23 degrees C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 145229 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.651 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 858145
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.385.60.47136411.202193.5
2.38-2.485.60.368140091.263195.7
2.48-2.595.60.299142521.324197.8
2.59-2.735.70.222144751.49198.9
2.73-2.95.90.168145941.683199.5
2.9-3.126.10.121146531.866199.8
3.12-3.446.20.091146932.3199.8
3.44-3.936.20.073147812.281199.8
3.93-4.956.10.066148651.595199.8
4.95-406.10.046152661.324199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.298→29.705 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 1995 1.38 %
Rwork0.1937 --
obs0.1941 144724 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.83 Å2 / Biso mean: 46.221 Å2 / Biso min: 22.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.298→29.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12060 0 313 652 13025
Biso mean--70.54 50.57 -
残基数----1543
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.456 Å / Origin y: 2.954 Å / Origin z: -46.801 Å
111213212223313233
T0.3083 Å20.0001 Å20.0013 Å2-0.2731 Å20.0066 Å2--0.275 Å2
L0.2068 °2-0.0287 °2-0.085 °2-0.0223 °20.069 °2--0.0909 °2
S-0.0064 Å °0.045 Å °-0.0008 Å °0.0042 Å °-0.0144 Å °-0.0018 Å °0.011 Å °-0.0106 Å °0.0217 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 395
2X-RAY DIFFRACTION1B9 - 395
3X-RAY DIFFRACTION1C9 - 395
4X-RAY DIFFRACTION1D9 - 395
5X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
6X-RAY DIFFRACTION1A504 - 556
7X-RAY DIFFRACTION1B401 - 402
8X-RAY DIFFRACTION1B511 - 540
9X-RAY DIFFRACTION1C401 - 402
10X-RAY DIFFRACTION1C502 - 551
11X-RAY DIFFRACTION1D401 - 402
12X-RAY DIFFRACTION1D513 - 567
13X-RAY DIFFRACTION1A403 - 404
14X-RAY DIFFRACTION1B403 - 408
15X-RAY DIFFRACTION1C403 - 408
16X-RAY DIFFRACTION1D403 - 409
17X-RAY DIFFRACTION1D410
18X-RAY DIFFRACTION1C409
19X-RAY DIFFRACTION1C410
20X-RAY DIFFRACTION1B409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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