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- PDB-4gbx: Crystal structure of an immune complex at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gbx
タイトルCrystal structure of an immune complex at pH 6.5
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 4
  • synthetic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune complex / peptide loading / peptide editing / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity ...MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell activation / cognition / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / early endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sethi, D.K. / Pos, W. / Wucherpfennig, K.W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the HLA-DM-HLA-DR1 Complex Defines Mechanisms for Rapid Peptide Selection.
著者: Pos, W. / Sethi, D.K. / Call, M.J. / Schulze, M.S. / Anders, A.K. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2012年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
E: synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8148
ポリマ－92,1515
非ポリマー6643
水1,00956
1
C: HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4473
ポリマ－45,2262
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
2
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
E: synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3675
ポリマ－46,9253
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.167, 126.032, 143.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

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HLA class II histocompatibility antigen, ... , 4種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain / MHC class II antigen DMA / Really interesting new gene 6 protein


分子量: 22992.891 Da / 分子数: 1 / 変異: D191N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: alpha chain, DMA, HLA-DM, HLA-DMA, MHC CLASS II MOLECULE, RING6
プラスミド: PEE14.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P28067
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain / MHC class II antigen DMB / Really interesting new gene 7 protein


分子量: 22233.170 Da / 分子数: 1 / 変異: S64C, D110N, / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: beta chain, DMB, HLA-DMB, MHC Class II molecule HLA-DM, RING7
プラスミド: pEE14.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P28068
#3: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 22111.936 Da / 分子数: 1 / 変異: C90V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: alpha chain, HLA-DR1, HLA-DRA, HLA-DRA1, MHC Class II molecule
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01903
#4: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR-1 / DR1


分子量: 23735.449 Da / 分子数: 1 / 変異: S59C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: beta chain, HLA-DR1, HLA-DRB1, MHC Class II molecule
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 60分子 E

#5: タンパク質・ペプチド synthetic peptide


分子量: 1077.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 6% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 27300 / Num. obs: 27191 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-33.70.875199.9
3-3.123.70.63199.8
3.12-3.273.70.368199.9
3.27-3.443.70.2161100
3.44-3.653.70.1341100
3.65-3.943.60.098199.9
3.94-4.333.60.0591100
4.33-4.963.60.049199.7
4.96-6.243.50.055199
6.24-403.40.029197.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1065精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→36.991 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1227 5 %
Rwork0.1979 --
obs0.2004 24550 99.57 %
all-27300 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.3169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→36.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6088 0 42 56 6186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2958612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.832269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.12010.35131410.31132517X-RAY DIFFRACTION100
3.1201-3.26210.28621460.26672563X-RAY DIFFRACTION100
3.2621-3.43390.28971280.22292562X-RAY DIFFRACTION100
3.4339-3.64890.29631060.20362594X-RAY DIFFRACTION100
3.6489-3.93030.27891370.21012578X-RAY DIFFRACTION100
3.9303-4.32530.22911290.17722593X-RAY DIFFRACTION100
4.3253-4.94990.1971370.14922609X-RAY DIFFRACTION100
4.9499-6.23150.23381430.19062616X-RAY DIFFRACTION99
6.2315-36.99360.25081600.2032691X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4725-0.2209-0.3280.5339-0.37220.8619-0.3064-0.24210.61890.64830.18790.5803-0.6608-0.1190.07841.21160.4933-0.13320.5822-0.1951.1091-57.358812.020813.284
20.3075-0.55950.52431.0192-0.98981.05740.00180.16670.10250.24480.26890.279-0.2337-0.1609-0.29831.33060.5559-0.0861.1434-0.39191.1682-65.105613.439817.8295
30.2073-0.6830.40442.4148-1.39750.80460.84270.15330.30610.94830.60940.0189-0.25740.288-0.62491.20460.3685-0.13841.025-0.24981.4391-65.201619.063824.1041
40.8457-0.47540.09681.37310.13560.4192-0.241-0.29360.73390.1909-0.06640.3924-0.5062-0.8202-0.01260.57960.3421-0.00940.6914-0.1340.8283-60.02251.394712.3894
53.41441.44191.19571.8614-0.6081.39950.1956-1.03950.122-0.1969-0.0565-0.1459-0.3135-0.59490.11670.71540.11560.28930.7623-0.26390.6381-67.1955-12.391624.9462
61.25241.23350.78851.9660.77491.0504-0.8988-0.65520.22880.62020.25570.1076-0.588-0.22410.17610.65010.33450.05270.7613-0.03810.7371-60.29482.204118.6938
71.06970.23251.08631.30330.04932.9484-0.083-0.88450.46080.231-0.02640.20590.3392-1.237-0.04170.46960.17330.13980.7771-0.1410.6018-59.3138-10.281727.7109
80.27230.1959-0.19030.1652-0.13240.1243-0.2651-0.17840.59880.5183-0.0031-0.6361-0.32580.06240.14541.26950.2829-0.2910.6486-0.19161.0294-54.37112.92368.3687
9-0.0020.0723-0.04390.4145-0.30010.2154-0.3596-0.16521.03520.3039-0.3223-0.2263-0.9072-0.10070.45231.96970.0252-0.4970.2154-0.21331.2188-49.433420.395510.6683
103.49642.15290.07611.3276-0.01291.3990.10350.31680.27120.14080.16840.1451-1.4216-0.2006-0.03811.2550.137-0.02560.60310.08390.8826-50.305612.52280.2704
111.17921.370.28961.72750.84031.84710.0090.68970.50310.13070.2321-0.7991-0.2887-0.1896-0.56761.6598-0.0686-0.16230.86740.34031.3601-50.389116.7006-6.4171
120.0777-0.02430.03410.0064-0.00740.0125-0.2534-0.06230.90831.17730.1043-0.2525-0.01260.11770.41151.72510.31250.11470.6481-0.01021.6807-55.098126.36212.8083
130.35070.3109-0.71791.0186-0.4261.5522-0.213-0.49820.43470.6664-0.10780.4134-0.48180.03150.37610.81630.2248-0.12520.7798-0.38360.7087-43.2496-4.758239.1748
140.9142-0.69280.61341.0021-0.39070.94530.02640.04810.4191-0.2956-0.0162-0.0983-0.38820.552-0.06111.001-0.0418-0.13460.7272-0.28490.8485-37.97241.750538.4501
151.20291.35020.1244.3848-0.45073.9058-0.6581-0.37440.4666-0.15460.21160.5171-0.06380.4861-0.0070.76420.17150.19530.5219-0.45290.8625-49.41723.302728.311
163.44190.14640.87291.81621.25252.2543-0.3802-0.53050.1350.7585-0.0196-0.1319-0.47440.3269-0.29491.16210.2788-0.10170.7797-0.54110.521-36.2669-6.080645.1304
171.4239-0.86530.83631.6215-0.31561.4604-0.2831-0.57980.67190.57040.0112-0.00470.01210.0782-0.17751.39660.4061-0.18970.931-0.71020.8619-41.61713.995945.934
180.21820.3184-0.62291.9953-0.12852.0287-0.17160.27240.4560.02450.07860.0578-0.1329-0.23940.12780.29480.0206-0.0330.31990.03520.4582-46.2275-13.1716-1.6973
190.5846-0.29141.17780.1616-0.64652.6534-0.3106-0.07530.9729-0.5635-0.19970.2486-0.8805-0.10210.22450.8852-0.19-0.18750.1910.00831.2346-45.9742-1.27853.6464
201.7120.0209-0.79691.16190.27421.7948-0.07080.14110.3090.03440.06840.06670.0601-0.09370.01440.21230.0099-0.04560.39510.03760.3028-49.7612-23.95343.0823
211.9140.2316-1.02851.71591.97736.53550.1351-0.1906-0.25860.37730.0375-0.07580.8634-0.6821-0.1210.3875-0.11140.04570.46710.04670.3856-54.905-33.290513.5626
222.62491.42221.84872.05191.84962.19650.03560.23690.17720.187-0.02570.023-0.06160.23-0.00070.2816-0.04310.02750.3870.03190.3361-40.7443-20.3999-8.458
231.6752-0.6405-0.21690.27450.0722.9536-0.02170.36740.3858-0.0847-0.0354-0.2038-0.37990.24690.06390.3345-0.1337-0.00290.39670.06120.4444-33.3798-14.4841-2.334
242.35820.26530.02571.13241.04982.3923-0.1694-0.2569-0.00440.6530.1783-0.11590.33220.6716-0.02850.44580.1141-0.03710.4369-0.07250.3847-30.1004-24.368926.4315
252.3628-0.60230.02681.1996-1.38531.8222-0.40750.1375-0.12050.2034-0.1106-0.2699-0.4061-0.1190.58980.378-0.1606-0.06890.77890.08150.7923-41.1958-9.1352-16.2979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 12 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 38 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 55 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 70 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 131 through 142 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 143 through 162 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 163 through 202 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 3 through 14 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 15 through 28 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 29 through 38 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 39 through 65 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 66 through 91 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 92 through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 120 through 143 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 144 through 157 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 158 through 177 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 178 through 193 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 3 through 45 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 46 through 58 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 59 through 154 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 155 through 182 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid -5 through 32 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 33 through 122 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 123 through 190 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 84 through 93 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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