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- PDB-4ofy: Crystal Structure of the Complex of SYG-1 D1-D2 and SYG-2 D1-D4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofy
タイトルCrystal Structure of the Complex of SYG-1 D1-D2 and SYG-2 D1-D4
要素
  • Protein SYG-1, isoform b
  • Protein SYG-2
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Synaptogenesis / Protein Binding / N-linked Glycosylation / Membrane / Extracellular / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / branching morphogenesis of a nerve / collateral sprouting / protein localization to synapse / actin filament bundle assembly / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane ...Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / branching morphogenesis of a nerve / collateral sprouting / protein localization to synapse / actin filament bundle assembly / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / cell-cell adhesion / synapse organization / cell-cell junction / cell-cell signaling / axon / synapse / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / Synaptogenesis protein syg-1 / Synaptogenesis protein syg-2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ozkan, E. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis.
著者: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SYG-1, isoform b
B: Protein SYG-1, isoform b
C: Protein SYG-1, isoform b
D: Protein SYG-2
E: Protein SYG-2
F: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,77231
ポリマ－227,9986
非ポリマー6,77525
水00
1
A: Protein SYG-1, isoform b
D: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,18410
ポリマ－75,9992
非ポリマー2,1848
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein SYG-1, isoform b
E: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,18410
ポリマ－75,9992
非ポリマー2,1848
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein SYG-1, isoform b
F: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,40511
ポリマ－75,9992
非ポリマー2,4069
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)286.786, 116.144, 98.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Protein SYG-1, isoform b


分子量: 29085.717 Da / 分子数: 3 / 断片: D1-D2, UNP residues 19-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_K02E10.8, K02E10.8, syg-1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: B1Q236
#2: タンパク質 Protein SYG-2


分子量: 46913.484 Da / 分子数: 3 / 断片: D1-D4, UNP residues 20-430 / Mutation: N391C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C26G2.1, CELE_C26G2.1, syg-2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q9U3P2
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 16% PEG 3,350, 0.2 M Triammonium citrate, 0.1 M MES pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.0088 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月5日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 44725 / Num. obs: 44580 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 90.89 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entries 4OF3, 4OFP

4of3

4ofp


解像度: 3.3→41.061 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / 位相誤差: 39.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3059 2262 5.07 %Random
Rwork0.2594 ---
all0.2619 46764 --
obs0.2619 44580 95.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→41.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14415 0 401 0 14816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90420703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2795445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.36010.41341070.37391971X-RAY DIFFRACTION71
3.3601-3.43830.42021010.34122296X-RAY DIFFRACTION83
3.4383-3.52420.37591130.32352423X-RAY DIFFRACTION87
3.5242-3.61940.38051320.31782578X-RAY DIFFRACTION93
3.6194-3.72590.34581390.32482641X-RAY DIFFRACTION97
3.7259-3.8460.39231500.30652710X-RAY DIFFRACTION98
3.846-3.98340.35711600.28222753X-RAY DIFFRACTION100
3.9834-4.14270.33821390.25332772X-RAY DIFFRACTION100
4.1427-4.33110.29371500.23542747X-RAY DIFFRACTION100
4.3311-4.55920.30551540.22712765X-RAY DIFFRACTION100
4.5592-4.84440.28551420.22182778X-RAY DIFFRACTION100
4.8444-5.21770.26911560.21082752X-RAY DIFFRACTION100
5.2177-5.74160.23951330.23712803X-RAY DIFFRACTION100
5.7416-6.56950.3051860.25892742X-RAY DIFFRACTION100
6.5695-8.26570.28441360.25182809X-RAY DIFFRACTION100
8.2657-41.06420.27071640.25462778X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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