PDB-4odw: Unliganded Fab structure of lipid A-specific antibody A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4odw

タイトル

Unliganded Fab structure of lipid A-specific antibody A6

要素

A6 Fab (IgG2b kappa) light chain
A6 Fab (IgG2b) heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Carbohydrate binding

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Antibody Recognition of Lipid A: INSIGHTS TO POLYSPECIFICITY TOWARD SINGLE-STRANDED DNA.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.

履歴

登録	2014年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4odw.cif.gz	338.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4odw.ent.gz	277.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4odw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4odw_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4odw_full_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示
XML形式データ	4odw_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	4odw_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4odsC 4odtC 4oduC 4odvSC 4z8fC 4z95C 4ody PDB 未公開エントリ 4odz PDB 未公開エントリ 4oe0 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4why-4 6oed-1 4why-1 3qcv-2 3cvi-d 3u9u-2 6gc2-d 6dg2-1 2fjf-6 1nbv-d 4onf-d 6co3-d 1p7k-2 3cfe-2 5vh3-1 4m93-2 4uin-d 3cmo-1 5ihz-2 6hgu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: A6 Fab (IgG2b kappa) light chain

H: A6 Fab (IgG2b) heavy chain

B: A6 Fab (IgG2b kappa) light chain

A: A6 Fab (IgG2b) heavy chain

ヘテロ分子

95.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: A6 Fab (IgG2b kappa) light chain

H: A6 Fab (IgG2b) heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: A6 Fab (IgG2b kappa) light chain

A: A6 Fab (IgG2b) heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.129, 69.235, 69.066
Angle α, β, γ (deg.)	70.990, 72.390, 88.290
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	B
1	2	H
2	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	L	1 - 214
2	1	B	1 - 214
1	2	H	2 - 219
2	2	A	2 - 219

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	A6 Fab (IgG2b kappa) light chain 分子量: 23851.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体	A6 Fab (IgG2b) heavy chain 分子量: 23792.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 35% (w/v) PEG 1000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日 / 詳細: Vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→65.27 Å / Num. all: 36601 / Num. obs: 18489 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 0.842 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	2	0.472	1892	0.976	1	98.3
2.8-2.91	2	0.321	1827	0.954	1	98.2
2.91-3.04	2	0.214	1861	0.958	1	98.4
3.04-3.2	2	0.13	1860	0.918	1	98.8
3.2-3.4	2	0.088	1849	0.952	1	98.5
3.4-3.66	2	0.054	1856	0.88	1	98.6
3.66-4.03	2	0.04	1853	0.877	1	97.9
4.03-4.61	2	0.025	1835	0.672	1	97.7
4.61-5.81	2	0.024	1828	0.544	1	97.5
5.81-35	2	0.031	1828	0.675	1	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.72 Å	33.9 Å
Translation	2.72 Å	33.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Macromolecular	Crystallography Data Collector software (MxDC)	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ODV

4odv

解像度: 2.72→65.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / WR_factor R_free: 0.2528 / WR_factor R_work: 0.2276 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8051 / SU B: 40.862 / SU ML: 0.364 / SU R Cruickshank DPI: 0.4541 / SU R_free: 0.4822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2566	833	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2313	-	-	-
obs	0.2325	16440	86.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.39 Å² / B_iso mean: 53.3046 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	1.13 Å²	0.96 Å²
2-	-	4.59 Å²	0.69 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→65.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	8	16	6558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.957	9106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.149	3	14181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.863	5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.094	23.876	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.648	15	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.083	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.364	1.304	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.364	1.303	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.584	1.954	4229

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	L	10876	0.18
1	2	B	10876	0.18
2	1	H	10858	0.13
2	2	A	10858	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.716→2.786 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	30	-
R_work	0.318	496	-
all	-	526	-
obs	-	-	36.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1057	-1.1719	-5.5402	2.5531	1.994	7.9061	-0.2181	0.2749	-0.242	0.1722	-0.0617	0.3304	0.7832	-0.4278	0.2798	0.6253	-0.0952	-0.126	0.0371	0.0438	0.3803	-8.7539	-17.1494	-4.9234
2	1.8359	-0.5172	-2.1769	3.2879	1.9665	7.4033	0.2933	-0.0127	0.2897	0.2308	-0.2233	0.0204	0.0521	0.032	-0.07	0.1049	-0.0228	0.0144	0.0223	0.0255	0.369	-2.812	-0.308	-4.8967
3	0.9677	-0.299	-0.6416	1.9247	0.8337	8.6252	-0.0816	0.2504	0.2323	-0.1898	0.0429	0.0512	-0.8598	-0.265	0.0387	0.3394	-0.024	-0.0517	0.0757	0.0814	0.5345	-38.0657	42.8366	19.6875
4	1.5814	-0.0806	-0.7769	1.5822	-0.5031	8.4442	-0.0959	0.1413	0.1354	-0.3904	0.0144	0.1108	0.0691	0.0746	0.0815	0.1149	-0.0158	-0.0351	0.0165	0.0325	0.3734	-33.0601	28.7573	29.6754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	2 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	2 - 219

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