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- PDB-4odh: Crystal structure of human Fab CAP256-VRC26.UCA, a potent V1V2-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4odh
タイトルCrystal structure of human Fab CAP256-VRC26.UCA, a potent V1V2-directed HIV-1 neutralizing antibody
要素
  • CAP256-VRC26.UCA heavy chain
  • CAP256-VRC26.UCA light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 / V1V2 / CAP256 / VRC26
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Gorman, J. / Doria-Rose, N.A. / Schramm, C.A. / Moore, P.L. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. / Morris, L. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Developmental pathway for potent V1V2-directed HIV-neutralizing antibodies.
著者: Nicole A Doria-Rose / Chaim A Schramm / Jason Gorman / Penny L Moore / Jinal N Bhiman / Brandon J DeKosky / Michael J Ernandes / Ivelin S Georgiev / Helen J Kim / Marie Pancera / Ryan P ...著者: Nicole A Doria-Rose / Chaim A Schramm / Jason Gorman / Penny L Moore / Jinal N Bhiman / Brandon J DeKosky / Michael J Ernandes / Ivelin S Georgiev / Helen J Kim / Marie Pancera / Ryan P Staupe / Han R Altae-Tran / Robert T Bailer / Ema T Crooks / Albert Cupo / Aliaksandr Druz / Nigel J Garrett / Kam H Hoi / Rui Kong / Mark K Louder / Nancy S Longo / Krisha McKee / Molati Nonyane / Sijy O'Dell / Ryan S Roark / Rebecca S Rudicell / Stephen D Schmidt / Daniel J Sheward / Cinque Soto / Constantinos Kurt Wibmer / Yongping Yang / Zhenhai Zhang / / James C Mullikin / James M Binley / Rogier W Sanders / Ian A Wilson / John P Moore / Andrew B Ward / George Georgiou / Carolyn Williamson / Salim S Abdool Karim / Lynn Morris / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / John R Mascola /
要旨: Antibodies capable of neutralizing HIV-1 often target variable regions 1 and 2 (V1V2) of the HIV-1 envelope, but the mechanism of their elicitation has been unclear. Here we define the developmental ...Antibodies capable of neutralizing HIV-1 often target variable regions 1 and 2 (V1V2) of the HIV-1 envelope, but the mechanism of their elicitation has been unclear. Here we define the developmental pathway by which such antibodies are generated and acquire the requisite molecular characteristics for neutralization. Twelve somatically related neutralizing antibodies (CAP256-VRC26.01-12) were isolated from donor CAP256 (from the Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA)); each antibody contained the protruding tyrosine-sulphated, anionic antigen-binding loop (complementarity-determining region (CDR) H3) characteristic of this category of antibodies. Their unmutated ancestor emerged between weeks 30-38 post-infection with a 35-residue CDR H3, and neutralized the virus that superinfected this individual 15 weeks after initial infection. Improved neutralization breadth and potency occurred by week 59 with modest affinity maturation, and was preceded by extensive diversification of the virus population. HIV-1 V1V2-directed neutralizing antibodies can thus develop relatively rapidly through initial selection of B cells with a long CDR H3, and limited subsequent somatic hypermutation. These data provide important insights relevant to HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CAP256-VRC26.UCA light chain
H: CAP256-VRC26.UCA heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5992
ポリマ－49,5992
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.456, 81.194, 69.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CAP256-VRC26.UCA light chain


分子量: 22788.156 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CAP256-VRC26.UCA heavy chain


分子量: 26810.764 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, cryoprotectant: 20% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.894→50 Å / Num. all: 7503 / Num. obs: 7503 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.894-32.20.3681.8182.8
3-3.12186.4
3.12-3.27186.3
3.27-3.44187.5
3.44-3.65188.9
3.65-3.94186.7
3.94-4.33186.3
4.33-4.96185.7
4.96-6.24184.7
6.24-50181.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U2S

3u2s


解像度: 2.894→33.144 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 376 5.01 %
Rwork0.224 --
obs0.2251 7500 84.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.894→33.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 0 17 3218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6031154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.894-3.31220.3521200.28582292X-RAY DIFFRACTION83
3.3122-4.17170.26161300.23482446X-RAY DIFFRACTION88
4.1717-33.14580.19951260.19462386X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0057-0.0437-0.0486-0.0417-0.13710.19640.08390.0363-0.12390.0316-0.02920.09320.02160.055900.3302-0.0005-0.04780.31040.0350.315527.0888-17.6802123.0713
20.02960.04050.02290.00460.03480.0183-0.14420.0835-0.15230.01990.0618-0.15480.1168-0.1321-00.4446-0.04910.04690.39690.02040.400121.4812-14.0316129.1604
30.0271-0.0525-0.150.09690.0890.0784-0.01080.07910.10990.08690.0058-0.05270.0768-0.02200.2690.01660.01910.33890.00710.36695.9215-2.4386140.041
4-0.0168-0.0601-0.0804-0.038-0.049-0.03040.08490.1099-0.2870.00750.1527-0.37210.0014-0.125800.33060.1618-0.21310.39770.7776-0.591326.861310.9849118.5115
50.127-0.08850.18070.1206-0.14740.1520.04050.0738-0.16230.0459-0.0517-0.0162-0.2441-0.011700.42990.00910.01940.33040.07540.287427.25571.0269111.895
60.05990.00440.05460.01730.04320.03320.1504-0.01340.18430.01810.0454-0.03720.17450.071200.2889-0.0147-0.02270.37170.07080.491110.51199.4434142.8319
70.1365-0.035-0.05030.11190.0605-0.0040.0140.1321-0.07820.15030.0192-0.41430.0147-0.095700.3836-0.0329-0.01850.3924-0.01010.531614.712610.2291148.248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain L and ( resid 2 through 90 )L2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain L and ( resid 91 through 113 )L91 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and ( resid 114 through 210 )L114 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and ( resid 2 through 17 )H2 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain H and ( resid 18 through 109 )H18 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain H and ( resid 110 through 145 )H110 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and ( resid 146 through 215 )H146 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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