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- PDB-4o5l: Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5l
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092
要素
  • Fab F045-092 heavy chain
  • Fab F045-092 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Fragment antigen binding / Immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ig-like domain-containing protein / Immunoglobulin lambda constant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5045 Å
データ登録者Lee, P.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Receptor mimicry by antibody F045-092 facilitates universal binding to the H3 subtype of influenza virus.
著者: Lee, P.S. / Ohshima, N. / Stanfield, R.L. / Yu, W. / Iba, Y. / Okuno, Y. / Kurosawa, Y. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code ..._entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab F045-092 light chain
H: Fab F045-092 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8953
ポリマ－49,8002
非ポリマー951
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.515, 77.278, 81.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab F045-092 light chain / Ig lambda chain C region DOT / Ig lambda chain C region NEWM / Ig lambda-3 chain C regions


分子量: 24108.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOY3
#2: 抗体 Fab F045-092 heavy chain


分子量: 25691.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8K008
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30% PEG 600, 0.1 M phosphate-citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月17日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 67979 / Num. obs: 67979 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7FAB

7fab


解像度: 1.5045→43.638 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 3430 5.05 %
Rwork0.1745 --
obs0.1761 67979 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5045→43.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 5 457 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.264872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1941280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5045-1.5260.31161140.2861851X-RAY DIFFRACTION68
1.526-1.54880.3021390.26062309X-RAY DIFFRACTION84
1.5488-1.5730.24851340.23772430X-RAY DIFFRACTION89
1.573-1.59870.23221310.22942571X-RAY DIFFRACTION94
1.5987-1.62630.25691570.21872722X-RAY DIFFRACTION99
1.6263-1.65590.26511200.20722760X-RAY DIFFRACTION100
1.6559-1.68770.24381690.20132711X-RAY DIFFRACTION100
1.6877-1.72220.24951570.19532730X-RAY DIFFRACTION100
1.7222-1.75960.25191610.19522750X-RAY DIFFRACTION100
1.7596-1.80060.22631370.19172758X-RAY DIFFRACTION100
1.8006-1.84560.23561490.18882719X-RAY DIFFRACTION98
1.8456-1.89550.21571540.17862739X-RAY DIFFRACTION100
1.8955-1.95130.19041400.18042740X-RAY DIFFRACTION100
1.9513-2.01430.23381520.18382770X-RAY DIFFRACTION100
2.0143-2.08630.24351270.17362792X-RAY DIFFRACTION100
2.0863-2.16980.21391430.17382754X-RAY DIFFRACTION99
2.1698-2.26850.21021610.17212723X-RAY DIFFRACTION98
2.2685-2.38810.22361130.17542814X-RAY DIFFRACTION100
2.3881-2.53770.21161640.18112760X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.73360.20811410.18432801X-RAY DIFFRACTION100
2.7336-3.00870.1971330.18052795X-RAY DIFFRACTION99
3.0087-3.44390.20451440.17272813X-RAY DIFFRACTION99
3.4439-4.33830.17871550.15262811X-RAY DIFFRACTION98
4.3383-43.65680.16661350.14772926X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92330.51830.67721.40231.41554.21090.0239-0.05350.038-0.0249-0.11740.0309-0.1163-0.16630.0850.10190.00430.0030.11440.01360.1122-15.33792.8073.9277
21.9023-0.11630.2223.1889-0.84064.4311-0.0225-0.04220.13990.2291-0.2109-0.0659-0.40720.07420.19740.1764-0.0158-0.02950.1342-0.00790.1592-20.936841.59862.8973
31.3281-0.42910.67733.1087-0.05112.1611-0.09040.0490.0668-0.058-0.0167-0.064-0.19060.09750.09760.13750.0038-0.01380.15930.00890.0992-16.61954.7764-17.4893
43.45340.4907-0.07141.8370.33512.7759-0.0617-0.32080.1076-0.0657-0.0322-0.2499-0.17090.53080.07070.1365-0.0036-0.00150.26220.00010.1984-12.268239.0896-10.7028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain L and resid 1:108
2X-RAY DIFFRACTION2chain L and resid 109:300
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 114:300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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