PDB-4o4v: Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4v

タイトル

Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomerase Tvag_497370 (Ile-45 variant)

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Lara-Gonzalez, S. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
著者: Lara-Gonzalez, S. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4v.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4v.ent.gz	121.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o4v_validation.pdf.gz	400.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o4v_full_validation.pdf.gz	400.2 KB	表示
XML形式データ	4o4v_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	4o4v_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4wC 4o50C 4o52C 4o53C 4o54C 4o57C 3qsr C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o54-1 6nxw-1 4wje-2 6nlh-4 1tpu-d 4o50-1 1tpc-d 5i3i-1 4poc-d 1su5-d 1r2t-d 4o53-1 4unl-d 4o4w-1 6jox-d 6nee-d 1r2r-1 1r2s-1 6oog-1 7tim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.220, 56.750, 107.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 27502.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_497370 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star rossetaII / 参照: UniProt: A2EGX9, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Sodium cacodylate, 18% PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.23→23.064 Å / Num. all: 84500 / Num. obs: 84500 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.17 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.23-1.3	5.6	0.489	1.1	68709	12290	0.489	100
1.3-1.38	5.6	0.339	1.7	65290	11574	0.339	100
1.38-1.47	5.7	0.239	2.5	62040	10927	0.239	100
1.47-1.59	5.7	0.164	3.8	58275	10208	0.164	100
1.59-1.74	5.7	0.103	5.9	54011	9398	0.103	100
1.74-1.94	5.8	0.101	5.7	49294	8533	0.101	100
1.94-2.25	5.8	0.081	7.4	43935	7598	0.081	100
2.25-2.75	5.8	0.063	9.5	37191	6443	0.063	100
2.75-3.89	5.4	0.059	10.1	26875	4971	0.059	98.4
3.89-23.064	4.5	0.053	11.3	11486	2558	0.053	88.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 34 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.06 Å
Translation	2.5 Å	23.06 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	dev_1396	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.23→23.064 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.07 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1564	2000	2.37 %	random
R_work	0.1455	-	-	-
obs	0.1457	84422	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.02 Å² / B_iso mean: 13.1018 Å² / B_iso min: 5.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→23.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1865	0	2	281	2148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.476	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.444	692

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.23-1.2608	0.1825	141	0.1715	5829	5970	100
1.2608-1.2948	0.1692	143	0.1593	5877	6020	100
1.2948-1.3329	0.1774	141	0.1506	5798	5939	100
1.3329-1.376	0.1716	142	0.1475	5871	6013	100
1.376-1.4251	0.1655	143	0.1459	5871	6014	100
1.4251-1.4822	0.1521	142	0.1358	5868	6010	100
1.4822-1.5496	0.1426	142	0.1294	5859	6001	100
1.5496-1.6313	0.137	143	0.1247	5909	6052	100
1.6313-1.7335	0.1325	143	0.1267	5871	6014	100
1.7335-1.8673	0.1539	144	0.1334	5929	6073	100
1.8673-2.0551	0.1484	144	0.136	5943	6087	100
2.0551-2.3522	0.1385	145	0.1319	5967	6112	100
2.3522-2.9625	0.1671	146	0.1494	6026	6172	100
2.9625-23.068	0.1662	141	0.1663	5804	5945	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3034	-0.0181	0.1179	0.1424	0.1741	0.5129	-0.0287	0.0063	0.0031	-0.0418	-0.0412	0.008	-0.0759	-0.0645	-0.2526	0.069	-0.004	0.0127	0.0852	-0.0157	0.0812	-14.7067	24.3553	-15.2222
2	0.3226	-0.0562	0.5835	0.1621	-0.5418	2.3273	-0.1162	-0.0857	0.1721	0.0389	-0.0396	0.1283	-0.2898	-0.115	-0.0575	0.0621	0.0076	-0.0151	0.1269	-0.0452	0.1006	-25.1111	30.806	-14.8701
3	0.4395	-0.2878	0.1324	0.2462	-0.1353	0.1593	0.134	0.2415	-0.1056	-0.2599	-0.1348	0.0633	0.0162	-0.1587	0.0264	0.0886	-0.0042	0.0062	0.1896	-0.0454	0.1392	-25.317	17.8901	-25.6511
4	0.0078	-0.0472	-0.0367	0.3068	0.3579	0.9019	-0.0316	0.0069	-0.0179	0.0655	-0.0305	-0.0048	0.0869	-0.0917	0.2413	0.074	-0.0164	0.0147	0.0862	-0.0192	0.0734	-16.8133	21.5281	-3.9076
5	0.4024	-0.3725	0.1124	0.7298	0.019	0.8685	-0.0413	-0.0305	-0.0025	0.1183	0.0024	-0.1017	0.0625	0.0578	-0.0034	0.0949	0.0005	0.0083	0.0845	-0.005	0.0882	-3.8414	18.5692	-4.8061
6	0.6599	0.2038	-0.1826	0.4104	0.2083	0.8294	-0.0399	0.0018	-0.0865	0.0773	0.0041	-0.0995	0.1346	0.0729	0.0591	0.0844	0.0099	0.0171	0.0718	0.0034	0.0974	1.237	14.809	-14.2463
7	0.1144	0.145	-0.1754	0.4288	0.0684	0.6133	-0.0686	0.0565	-0.0036	-0.0072	0.142	-0.1312	-0.0056	0.0238	0.0078	0.0926	0.0045	0.0206	0.0872	0	0.1114	1.7699	14.9255	-23.6828
8	0.5457	-0.0328	-0.042	0.2905	0.4393	0.6641	-0.0331	0.0785	0.0342	0.0049	-0.0141	0.005	0.0152	0.0085	-0.0284	0.0644	-0.0076	0.0211	0.0777	-0.0053	0.0776	-7.5133	14.5212	-22.6421
9	0.6196	-0.2055	0.0262	0.4383	0.157	0.8221	-0.0069	0.092	0.0622	-0.0364	-0.0695	-0.0243	-0.0351	-0.0892	-0.1468	0.0765	-0.0018	0.0094	0.0958	-0.0109	0.0841	-13.0963	21.1661	-24.8374
10	0.1083	-0.1993	-0.0351	0.5364	-0.0545	0.1786	0.0256	0.1262	-0.1389	-0.279	-0.1159	-0.0275	0.0838	-0.0114	-0.0046	0.0989	-0.0048	0.018	0.1428	-0.0354	0.097	-16.0685	14.3964	-30.598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:17 AND NOT (ELEMENT H))	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 18:28 AND NOT (ELEMENT H))	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 29:35 AND NOT (ELEMENT H))	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 36:87 AND NOT (ELEMENT H))	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 88:119 AND NOT (ELEMENT H))	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 120:170 AND NOT (ELEMENT H))	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 171:197 AND NOT (ELEMENT H))	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 198:218 AND NOT (ELEMENT H))	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 219:246 AND NOT (ELEMENT H))	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 247:251 AND NOT (ELEMENT H))	A

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