PDB-1r2t: CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r2t

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM / Closed loop conformation in the ligand-free state / Conformational heterogeneity / Tim-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / canonical glycolysis / gluconeogenesis / ubiquitin protein ligase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Closed conformation of the active site loop of rabbit muscle triosephosphate isomerase in the absence of substrate: evidence of conformational heterogeneity.
著者: Aparicio, R. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2003年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r2t.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r2t.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r2t_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r2t_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	1r2t_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	1r2t_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/1r2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r2rC 1r2sC 1htiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4unl-d 1r2s-1 2jk2-d 6nlh-4 1r2r-1 6nxw-1 6nlh-1 1tim-d 6nlh-3 2i9e-1 1sq7-d 4poc-d 6up8-d 1nf0-d 5i3g-1 4y96-1 6jox-d 4o4v-1 5i3g-2 4bi5-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.159, 72.035, 93.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	2	A	A	4 - 22	4 - 22
2	1	ARG	ARG	GLY	GLY	2	B	B	4 - 22	4 - 22
3	2	LEU	LEU	ALA	ALA	2	A	A	24 - 31	24 - 31
4	2	LEU	LEU	ALA	ALA	2	B	B	24 - 31	24 - 31
5	3	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	32	32
6	3	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	32	32
7	4	VAL	VAL	LEU	LEU	2	A	A	33 - 55	33 - 55
8	4	VAL	VAL	LEU	LEU	2	B	B	33 - 55	33 - 55
9	5	ASP	ASP	ASP	ASP	3	A	A	56	56
10	5	ASP	ASP	ASP	ASP	3	B	B	56	56
11	6	PRO	PRO	ILE	ILE	2	A	A	57 - 83	57 - 83
12	6	PRO	PRO	ILE	ILE	2	B	B	57 - 83	57 - 83
13	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	84	84
14	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	84	84
15	8	ASP	ASP	ARG	ARG	2	A	A	85 - 134	85 - 134
16	8	ASP	ASP	ARG	ARG	2	B	B	85 - 134	85 - 134
17	9	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	135	135
18	9	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	135	135
19	10	ALA	ALA	PHE	PHE	2	A	A	136 - 144	136 - 144
20	10	ALA	ALA	PHE	PHE	2	B	B	136 - 144	136 - 144
21	11	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	145	145
22	11	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	145	145
23	12	GLN	GLN	VAL	VAL	2	A	A	146 - 161	146 - 161
24	12	GLN	GLN	VAL	VAL	2	B	B	146 - 161	146 - 161
25	13	LEU	LEU	LEU	LEU	3	A	A	162	162
26	13	LEU	LEU	LEU	LEU	3	B	B	162	162
27	14	ALA	ALA	TRP	TRP	2	A	A	163 - 168	163 - 168
28	14	ALA	ALA	TRP	TRP	2	B	B	163 - 168	163 - 168
29	15	ALA	ALA	THR	THR	5	A	A	169 - 172	169 - 172
30	15	ALA	ALA	THR	THR	5	B	B	169 - 172	169 - 172
31	16	THR	THR	ALA	ALA	5	A	A	175 - 176	175 - 176
32	16	THR	THR	ALA	ALA	5	B	B	175 - 176	175 - 176
33	17	THR	THR	PRO	PRO	2	A	A	177 - 178	177 - 178
34	17	THR	THR	PRO	PRO	2	B	B	177 - 178	177 - 178
35	18	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	179	179
36	18	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	179	179
37	19	GLN	GLN	GLN	GLN	2	A	A	180 - 182	180 - 182
38	19	GLN	GLN	GLN	GLN	2	B	B	180 - 182	180 - 182
39	20	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	183	183
40	20	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	183	183
41	21	VAL	VAL	HIS	HIS	2	A	A	184 - 185	184 - 185
42	21	VAL	VAL	HIS	HIS	2	B	B	184 - 185	184 - 185
43	22	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	186	186
44	22	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	186	186
45	23	LYS	LYS	LEU	LEU	3	A	A	187 - 192	187 - 192
46	23	LYS	LYS	LEU	LEU	3	B	B	187 - 192	187 - 192
47	24	LYS	LYS	GLN	GLN	5	A	A	193 - 202	193 - 202
48	24	LYS	LYS	GLN	GLN	5	B	B	193 - 202	193 - 202
49	25	SER	SER	THR	THR	3	A	A	203 - 213	203 - 213
50	25	SER	SER	THR	THR	3	B	B	203 - 213	203 - 213
51	26	GLY	GLY	ALA	ALA	2	A	A	214 - 246	214 - 246
52	26	GLY	GLY	ALA	ALA	2	B	B	214 - 246	214 - 246

詳細

The asymmetric unit contains one physiologically active dimer formed by chains {A,B}

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM 分子量: 26658.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P00939, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.05 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	24 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
2	0.2 M		1	reservoir	MgCl2
3	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
4	1.1 M	DMSO	1	reservoir
5	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.31 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月7日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.31 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→15.65 Å / Num. all: 21372 / Num. obs: 20842 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.93 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.16
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2.83 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 1044 / % possible all: 99.7
反射	PLUS 最低解像度: 13.5 Å / R_merge(I) obs*: 0.107
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs*: 2.14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HTI

1hti

解像度: 2.25→15.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.964 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21999	1032	5 %	RANDOM
R_work	0.18218	-	-	-
all	0.18409	-	-	-
obs	0.18409	19784	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3731	0	0	335	4066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.946	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.684	5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	1.5	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.071	2	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.613	3	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.731	4.5	1237

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1663	tight positional	0.06	0.05
106	medium positional	0.53	0.5
1663	tight thermal	0.76	0.5
106	medium thermal	2.15	2

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.308 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.302	76
R_work	0.221	1417

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.636	-1.8382	0.0567	3.4047	-0.6351	0.6004	0.1777	0.2704	-0.5115	-0.3536	-0.2154	0.3754	0.0602	0.0432	0.0377	0.0732	0.0035	-0.0388	0.1052	-0.0676	0.0898	1.3392	19.0229	-8.6251
2	1.6683	-0.236	0.2604	2.4442	0.9084	1.9469	-0.1896	-0.2055	0.2521	0.1909	0.0506	0.1044	-0.2266	-0.201	0.139	0.1433	0.0486	-0.0326	0.1067	-0.0272	0.0696	-0.9931	48.5565	8.7683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 248	3 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 248	2 - 248

精密化

*PLUS

最低解像度: 13.5 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.1841 / R_factor R_free: 0.22 / R_factor R_work: 0.1822

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.309

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 2.3 Å

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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