PDB-4o4l: Tubulin-Peloruside A-Epothilone A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4l

タイトル

Tubulin-Peloruside A-Epothilone A complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / PELORUSIDE A / EPOTHILONE A / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside a.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4l.cif.gz	931.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4l.ent.gz	769.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4o4l_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o4l_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4o4l_validation.xml.gz	85.1 KB	表示
CIF形式データ	4o4l_validation.cif.gz	115.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4o4hC 4o4iC 4o4jC 404jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zi7-d 5xag-d 6lsn-d 6d88-d 6y4m-d 6s9e-d 4i50-d 7dae-d 5xkf-d 6o61-d 4o2a-d 5zxh-d 5gon-d 6gf3-d 7daf-d 6ses-d 5ov7-d 6fii-d 5xlz-d 5lp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.400, 156.330, 180.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

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非ポリマー , 8種, 577分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-POU / Peloruside A / (1R,3R,4S,7S,9S,11S,13R,14R,15R)-4,11,13,14-tetrahydroxy-7-[(2Z,4R)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-3,9,15-trimethoxy-12,12-dimethyl-6,17-dioxabicyclo[11.3.1]heptadecan-5-one 分子量: 548.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₈O₁₁
#10: 化合物	ChemComp-EP / EPOTHILONE A / エポチロンA 分子量: 493.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₉NO₆S
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97976
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射	モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→59.1 Å / Num. obs: 149698 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 4.112 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DA+		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 404J

404j

解像度: 2.2→59.1 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	7515	5.02 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.188	149671	99.9 %
all	-	149869	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17498	0	283	561	18342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	18560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	25291
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.431	7032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2251	0.3746	256	0.3885	4592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2251-2.2513	0.374	231	0.3425	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2513-2.2787	0.3847	271	0.3255	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2787-2.3076	0.3543	227	0.316	4713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.3379	0.3466	258	0.3076	4674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.37	0.3073	227	0.2969	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4038	0.322	258	0.2874	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.4397	0.3249	283	0.276	4723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4397-2.4778	0.2929	252	0.263	4677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4778-2.5184	0.3271	276	0.2644	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5619	0.3154	245	0.245	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5619-2.6085	0.2639	252	0.2292	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6085-2.6586	0.2957	228	0.2344	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6586-2.7129	0.2958	233	0.2262	4711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7129-2.7719	0.2927	268	0.2173	4685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7719-2.8364	0.2422	247	0.2102	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9073	0.2684	245	0.2048	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-2.9859	0.2426	238	0.1991	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9859-3.0738	0.2451	238	0.1896	4737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0738-3.173	0.2128	254	0.1819	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.173-3.2864	0.2298	227	0.1928	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2864-3.4179	0.2365	272	0.1838	4762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4179-3.5735	0.2154	251	0.1756	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5735-3.7618	0.1978	261	0.1631	4770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7618-3.9975	0.1858	257	0.1542	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9975-4.306	0.183	230	0.1477	4785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.306-4.7392	0.1599	255	0.1381	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7392-5.4246	0.1969	250	0.1529	4800	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4246-6.8328	0.2244	250	0.1844	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8328-59.1372	0.1987	275	0.178	5057	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9175	-0.4543	-0.756	3.7795	-0.4867	1.589	0.2086	0.0329	0.45	-0.1646	0.0324	-0.3818	-0.8015	0.0977	-0.2358	0.7182	-0.033	0.1078	0.4221	-0.1208	0.4419	28.1395	98.4393	54.6697
2	1.7338	0.0217	-0.1102	2.4085	1.054	2.5931	0.0044	0.2105	-0.0493	-0.4095	0.2762	-0.3584	-0.4049	0.3939	-0.259	0.4019	-0.0599	0.0859	0.4108	-0.1603	0.3751	34.4067	83.02	48.3955
3	1.4025	-0.9041	-0.8077	2.7529	0.6692	2.5417	0.0547	-0.0338	0.0299	0.2428	0.0634	-0.1457	-0.0175	0.0885	-0.1046	0.3529	0.0626	-0.0131	0.3267	-0.0949	0.3246	24.1637	79.9781	62.684
4	1.1878	1.3721	-0.4205	2.4537	0.5386	5.0469	0.0079	-0.0802	-0.0492	0.2604	-0.1581	0.9387	0.1535	-0.7524	0.1282	0.4189	0.0373	0.1153	0.4591	-0.1534	0.4318	9.4697	83.0385	71.8071
5	1.9959	0.1102	0.3816	1.6496	-0.6403	1.3945	-0.1942	-0.1728	0.3457	0.7334	0.3147	0.3454	-0.1795	-0.3964	-0.0009	0.6298	0.1263	0.0374	0.4456	-0.165	0.3813	16.8205	89.0644	80.6082
6	2.4235	0.0229	0.572	2.3559	0.1262	2.11	0.019	-0.0079	0.0379	0.3077	-0.0585	0.1444	0.1127	0.1395	0.04	0.5019	0.0791	0.03	0.396	-0.1365	0.289	17.8147	88.7695	73.6637
7	0.5737	-0.0453	-0.0393	2.8211	0.9319	1.7539	-0.1071	0.0129	-0.2213	0.7509	0.1393	0.1071	0.6352	0.111	-0.046	0.3882	0.0727	-0.0101	0.3805	-0.1105	0.3586	22.9543	68.7414	66.5167
8	1.7866	-0.1061	0.9084	2.4744	1.8539	4.2937	-0.018	-0.0123	-0.1265	0.5022	0.3579	-0.3893	0.5164	0.7085	-0.2524	0.4335	0.1466	-0.1088	0.3278	-0.1016	0.413	33.2756	61.544	62.0279
9	1.2684	-0.0973	-0.2172	0.8533	0.6621	1.8176	0.0151	0.0757	0.2187	-0.1366	-0.066	0.1008	-0.3397	-0.1577	-0.0817	0.2331	0.0188	-0.0054	0.2391	-0.0938	0.2837	16.9239	59.0484	25.9655
10	0.6861	0.5171	0.6845	0.9432	0.1243	1.5311	-0.1291	-0.4013	-0.037	0.7201	0.2506	0.5906	-0.0823	-0.6584	0.4453	0.0132	-0.0842	-0.0205	-0.0238	-0.2641	-0.0066	15.6862	49.7508	38.4297
11	2.3352	-0.9738	-0.2086	2.9345	-0.3728	1.6916	-0.0694	0.1041	0.335	-0.1152	0.1704	0.079	-0.3544	0.0261	-0.0809	0.3027	-0.083	-0.0014	0.3206	-0.0124	0.2913	14.8588	41.791	-13.0193
12	2.0466	-0.7434	0.0244	2.5928	-0.0749	2.2815	0.0381	0.2231	-0.0312	-0.3246	0.1349	-0.2539	-0.0926	0.2318	-0.1375	0.2393	-0.0879	0.0679	0.3312	-0.0729	0.3056	25.2579	30.084	-14.6326
13	0.775	-0.6796	-0.6551	4.4375	0.2852	2.1465	-0.0667	0.0906	-0.0314	0.0907	0.0156	0.2521	0.2019	0.1695	0.0131	0.2134	0.0089	0.013	0.2756	-0.0776	0.2699	20.9437	20.0869	-3.8184
14	2.2522	-0.8459	0.4194	1.3288	0.6744	2.5103	0.0408	0.0174	0.0054	-0.0007	-0.117	0.2277	0.0104	-0.4987	0.0569	0.2308	-0.0402	0.0293	0.3327	-0.0342	0.2763	4.104	28.0322	0.5709
15	2.6522	-0.4044	1.2999	1.693	-0.2115	2.3619	-0.0765	-0.3016	0.1068	-0.0189	0.0891	0.1895	0.1042	-0.5042	-0.038	0.2577	-0.0373	0.0486	0.3553	-0.0511	0.3188	1.8642	34.2772	8.8589
16	1.3009	-0.4771	-0.3029	1.3856	0.7743	1.4523	-0.0146	0.0595	-0.1509	0.2381	0.1333	-0.1163	0.3712	0.1167	-0.0916	0.3239	-0.0065	-0.0551	0.2409	-0.0615	0.3857	20.987	12.7851	2.6027
17	2.6347	-0.2669	-1.2421	5.4891	1.0097	2.2743	-0.0587	0.8359	0.1203	-0.2467	0.2062	0.3254	0.1152	-0.1083	-0.0665	0.4287	-0.1466	-0.0043	0.7005	-0.0887	0.2903	15.4728	10.7887	-41.1236
18	1.9981	-0.5926	-0.9643	2.9517	0.4062	2.8628	-0.1724	1.1578	-0.0615	-0.4347	0.3186	-0.5981	0.2046	0.4299	-0.1973	0.6092	-0.0687	0.1392	1.0016	-0.4103	0.5776	29.1007	1.994	-43.2421
19	1.7307	-0.1969	0.0078	0.5552	-0.8739	1.4821	-0.0135	0.2765	-0.5176	-0.078	0.1194	-0.1586	0.6883	0.1125	-0.0888	0.7318	-0.0294	0.0095	0.6143	-0.3345	0.6571	22.5769	-9.2229	-32.135
20	2.1004	0.6758	1.2037	1.8144	1.2522	1.1703	-0.1002	0.7596	-0.51	-0.0379	0.0715	0.3792	0.9414	-0.7426	0.0328	0.7709	-0.2943	0.0155	0.809	-0.2114	0.6036	7.2287	-8.5912	-38.2528
21	2.1317	0.8374	0.2014	1.0015	-0.3409	3.7436	0.0485	0.3354	0.0366	0.0369	0.2556	-0.293	0.0803	-0.1049	-0.3194	0.4057	-0.0451	0.0541	0.4608	-0.1968	0.4457	18.7661	5.7626	-23.2196
22	2.0789	0.078	0.4375	2.6883	0.8607	2.3651	0.208	0.5856	-0.5909	-0.0871	-0.0221	0.4924	1.0229	-0.9248	-0.24	0.6756	-0.3181	-0.0296	0.8528	-0.1209	0.5829	1.6253	-6.847	-26.3067
23	3.4787	0.5333	-0.6753	1.977	-0.1365	4.8498	0.0335	0.2616	0.0337	0.0871	0.0845	0.4158	-0.352	-1.0817	-0.1321	0.419	-0.0653	0.0254	0.6596	-0.0762	0.4482	2.4958	4.2994	-18.5376
24	0.3038	0.0321	0.098	0.4425	-0.1058	0.6739	0.0885	0.1687	-0.4544	-0.1235	0.2434	0.0479	0.9599	-0.332	0.9113	0.8215	-0.048	-0.057	0.2859	-0.3394	0.481	18.9409	-10.1609	-25.5837
25	4.3463	-0.5777	-2.42	2.2393	0.259	4.7622	-0.2736	-0.2503	-0.5795	0.4443	0.2058	-0.3351	0.7329	0.4877	0.0045	0.8925	0.0714	-0.1161	0.4449	-0.2147	0.8241	27.9563	-13.9233	-17.0002
26	1.7895	-1.9695	-0.427	2.82	0.604	0.3734	-0.1569	-0.2014	0.092	0.8642	0.3555	-0.1957	-0.1193	0.4641	0.0081	0.8959	-0.0307	-0.118	0.7046	-0.1936	0.5859	27.5903	92.2471	81.7489
27	0.2937	-0.2212	-0.1602	0.1793	0.0831	0.2741	-0.0779	0.0572	-0.0923	0.1366	0.5094	-0.3907	0.3263	0.7625	-0.5413	0.4698	0.0451	0.0519	0.6463	-0.2954	0.6637	43.5597	27.5623	3.4293
28	0.1759	-0.2186	-0.1123	0.3726	-1.0135	2.2939	-0.1808	-0.2309	-0.3579	0.1909	-0.08	-0.0699	0.5793	-0.0258	0.1935	1.095	-0.007	0.1014	0.7462	0.1034	0.6603	15.8394	54.1578	91.2051
29	0.3506	0.0403	0.0226	1.5442	-0.5614	1.2325	-0.2979	-0.2152	-0.7059	0.49	0.265	-0.4306	0.8751	0.0159	0.1225	1.675	0.0152	0.2281	1.0833	0.1315	1.2982	5.2889	41.794	100.6125
30	3.1103	-0.0815	-0.0137	1.3654	0.294	2.0275	-0.0191	-0.6247	-0.6576	0.6761	0.0034	0.036	0.5832	-0.2411	-0.0588	1.384	-0.1764	0.3467	0.9176	-0.01	0.7185	1.5758	55.9786	90.0531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 273 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 372 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 373 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 439 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 438 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 162 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 200 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 312 through 372 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 57 through 160 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 161 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 215 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 311 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 312 through 337 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 338 through 415 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 416 through 441 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 207 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 208 through 275 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 276 through 378 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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