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- PDB-4o4l: Tubulin-Peloruside A-Epothilone A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4l
タイトルTubulin-Peloruside A-Epothilone A complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / PELORUSIDE A / EPOTHILONE A / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EPOTHILONE A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Peloruside A / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / : 2014
タイトル: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside a.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,06122
ポリマ-261,6316
非ポリマー4,43016
10,106561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.400, 156.330, 180.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 577分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-POU / Peloruside A / (1R,3R,4S,7S,9S,11S,13R,14R,15R)-4,11,13,14-tetrahydroxy-7-[(2Z,4R)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-3,9,15-trimethoxy-12,12-dimethyl-6,17-dioxabicyclo[11.3.1]heptadecan-5-one


分子量: 548.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C27H48O11
#10: 化合物 ChemComp-EP / EPOTHILONE A / エポチロンA


分子量: 493.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C26H39NO6S
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.7
詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97976
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→59.1 Å / Num. obs: 149698 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 4.112 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DA+データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 404J
解像度: 2.2→59.1 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 7515 5.02 %
Rwork0.186 --
obs0.188 149671 99.9 %
all-149869 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17498 0 283 561 18342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83725291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4317032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.22510.37462560.38854592X-RAY DIFFRACTION98
2.2251-2.25130.3742310.34254694X-RAY DIFFRACTION100
2.2513-2.27870.38472710.32554648X-RAY DIFFRACTION100
2.2787-2.30760.35432270.3164713X-RAY DIFFRACTION100
2.3076-2.33790.34662580.30764674X-RAY DIFFRACTION100
2.3379-2.370.30732270.29694772X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40380.3222580.28744622X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.43970.32492830.2764723X-RAY DIFFRACTION100
2.4397-2.47780.29292520.2634677X-RAY DIFFRACTION100
2.4778-2.51840.32712760.26444636X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-2.56190.31542450.2454721X-RAY DIFFRACTION100
2.5619-2.60850.26392520.22924749X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.65860.29572280.23444714X-RAY DIFFRACTION100
2.6586-2.71290.29582330.22624711X-RAY DIFFRACTION100
2.7129-2.77190.29272680.21734685X-RAY DIFFRACTION100
2.7719-2.83640.24222470.21024726X-RAY DIFFRACTION100
2.8364-2.90730.26842450.20484739X-RAY DIFFRACTION100
2.9073-2.98590.24262380.19914756X-RAY DIFFRACTION100
2.9859-3.07380.24512380.18964737X-RAY DIFFRACTION100
3.0738-3.1730.21282540.18194735X-RAY DIFFRACTION100
3.173-3.28640.22982270.19284736X-RAY DIFFRACTION100
3.2864-3.41790.23652720.18384762X-RAY DIFFRACTION100
3.4179-3.57350.21542510.17564718X-RAY DIFFRACTION100
3.5735-3.76180.19782610.16314770X-RAY DIFFRACTION100
3.7618-3.99750.18582570.15424768X-RAY DIFFRACTION100
3.9975-4.3060.1832300.14774785X-RAY DIFFRACTION100
4.306-4.73920.15992550.13814851X-RAY DIFFRACTION100
4.7392-5.42460.19692500.15294800X-RAY DIFFRACTION100
5.4246-6.83280.22442500.18444885X-RAY DIFFRACTION100
6.8328-59.13720.19872750.1785057X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9175-0.4543-0.7563.7795-0.48671.5890.20860.03290.45-0.16460.0324-0.3818-0.80150.0977-0.23580.7182-0.0330.10780.4221-0.12080.441928.139598.439354.6697
21.73380.0217-0.11022.40851.0542.59310.00440.2105-0.0493-0.40950.2762-0.3584-0.40490.3939-0.2590.4019-0.05990.08590.4108-0.16030.375134.406783.0248.3955
31.4025-0.9041-0.80772.75290.66922.54170.0547-0.03380.02990.24280.0634-0.1457-0.01750.0885-0.10460.35290.0626-0.01310.3267-0.09490.324624.163779.978162.684
41.18781.3721-0.42052.45370.53865.04690.0079-0.0802-0.04920.2604-0.15810.93870.1535-0.75240.12820.41890.03730.11530.4591-0.15340.43189.469783.038571.8071
51.99590.11020.38161.6496-0.64031.3945-0.1942-0.17280.34570.73340.31470.3454-0.1795-0.3964-0.00090.62980.12630.03740.4456-0.1650.381316.820589.064480.6082
62.42350.02290.5722.35590.12622.110.019-0.00790.03790.3077-0.05850.14440.11270.13950.040.50190.07910.030.396-0.13650.28917.814788.769573.6637
70.5737-0.0453-0.03932.82110.93191.7539-0.10710.0129-0.22130.75090.13930.10710.63520.111-0.0460.38820.0727-0.01010.3805-0.11050.358622.954368.741466.5167
81.7866-0.10610.90842.47441.85394.2937-0.018-0.0123-0.12650.50220.3579-0.38930.51640.7085-0.25240.43350.1466-0.10880.3278-0.10160.41333.275661.54462.0279
91.2684-0.0973-0.21720.85330.66211.81760.01510.07570.2187-0.1366-0.0660.1008-0.3397-0.1577-0.08170.23310.0188-0.00540.2391-0.09380.283716.923959.048425.9655
100.68610.51710.68450.94320.12431.5311-0.1291-0.4013-0.0370.72010.25060.5906-0.0823-0.65840.44530.0132-0.0842-0.0205-0.0238-0.2641-0.006615.686249.750838.4297
112.3352-0.9738-0.20862.9345-0.37281.6916-0.06940.10410.335-0.11520.17040.079-0.35440.0261-0.08090.3027-0.083-0.00140.3206-0.01240.291314.858841.791-13.0193
122.0466-0.74340.02442.5928-0.07492.28150.03810.2231-0.0312-0.32460.1349-0.2539-0.09260.2318-0.13750.2393-0.08790.06790.3312-0.07290.305625.257930.084-14.6326
130.775-0.6796-0.65514.43750.28522.1465-0.06670.0906-0.03140.09070.01560.25210.20190.16950.01310.21340.00890.0130.2756-0.07760.269920.943720.0869-3.8184
142.2522-0.84590.41941.32880.67442.51030.04080.01740.0054-0.0007-0.1170.22770.0104-0.49870.05690.2308-0.04020.02930.3327-0.03420.27634.10428.03220.5709
152.6522-0.40441.29991.693-0.21152.3619-0.0765-0.30160.1068-0.01890.08910.18950.1042-0.5042-0.0380.2577-0.03730.04860.3553-0.05110.31881.864234.27728.8589
161.3009-0.4771-0.30291.38560.77431.4523-0.01460.0595-0.15090.23810.1333-0.11630.37120.1167-0.09160.3239-0.0065-0.05510.2409-0.06150.385720.98712.78512.6027
172.6347-0.2669-1.24215.48911.00972.2743-0.05870.83590.1203-0.24670.20620.32540.1152-0.1083-0.06650.4287-0.1466-0.00430.7005-0.08870.290315.472810.7887-41.1236
181.9981-0.5926-0.96432.95170.40622.8628-0.17241.1578-0.0615-0.43470.3186-0.59810.20460.4299-0.19730.6092-0.06870.13921.0016-0.41030.577629.10071.994-43.2421
191.7307-0.19690.00780.5552-0.87391.4821-0.01350.2765-0.5176-0.0780.1194-0.15860.68830.1125-0.08880.7318-0.02940.00950.6143-0.33450.657122.5769-9.2229-32.135
202.10040.67581.20371.81441.25221.1703-0.10020.7596-0.51-0.03790.07150.37920.9414-0.74260.03280.7709-0.29430.01550.809-0.21140.60367.2287-8.5912-38.2528
212.13170.83740.20141.0015-0.34093.74360.04850.33540.03660.03690.2556-0.2930.0803-0.1049-0.31940.4057-0.04510.05410.4608-0.19680.445718.76615.7626-23.2196
222.07890.0780.43752.68830.86072.36510.2080.5856-0.5909-0.0871-0.02210.49241.0229-0.9248-0.240.6756-0.3181-0.02960.8528-0.12090.58291.6253-6.847-26.3067
233.47870.5333-0.67531.977-0.13654.84980.03350.26160.03370.08710.08450.4158-0.352-1.0817-0.13210.419-0.06530.02540.6596-0.07620.44822.49584.2994-18.5376
240.30380.03210.0980.4425-0.10580.67390.08850.1687-0.4544-0.12350.24340.04790.9599-0.3320.91130.8215-0.048-0.0570.2859-0.33940.48118.9409-10.1609-25.5837
254.3463-0.5777-2.422.23930.2594.7622-0.2736-0.2503-0.57950.44430.2058-0.33510.73290.48770.00450.89250.0714-0.11610.4449-0.21470.824127.9563-13.9233-17.0002
261.7895-1.9695-0.4272.820.6040.3734-0.1569-0.20140.0920.86420.3555-0.1957-0.11930.46410.00810.8959-0.0307-0.1180.7046-0.19360.585927.590392.247181.7489
270.2937-0.2212-0.16020.17930.08310.2741-0.07790.0572-0.09230.13660.5094-0.39070.32630.7625-0.54130.46980.04510.05190.6463-0.29540.663743.559727.56233.4293
280.1759-0.2186-0.11230.3726-1.01352.2939-0.1808-0.2309-0.35790.1909-0.08-0.06990.5793-0.02580.19351.095-0.0070.10140.74620.10340.660315.839454.157891.2051
290.35060.04030.02261.5442-0.56141.2325-0.2979-0.2152-0.70590.490.265-0.43060.87510.01590.12251.6750.01520.22811.08330.13151.29825.288941.794100.6125
303.1103-0.0815-0.01371.36540.2942.0275-0.0191-0.6247-0.65760.67610.00340.0360.5832-0.2411-0.05881.384-0.17640.34670.9176-0.010.71851.575855.978690.0531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 311 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 312 through 338 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 339 through 372 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 373 through 401 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 402 through 439 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 311 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 312 through 438 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 73 through 161 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 162 through 199 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 200 through 311 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 312 through 372 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 373 through 440 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 56 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 57 through 160 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 161 through 214 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 215 through 238 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 269 through 311 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 312 through 337 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 338 through 415 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 416 through 441 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 6 through 46 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 47 through 143 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 1 through 207 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 208 through 275 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 276 through 378 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る