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- PDB-4o2b: Tubulin-Colchicine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o2b
タイトルTubulin-Colchicine complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / COLCHICINE / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Chem-LOC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Prota, A.E. / Franck, D. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Novel Microtubule-Destabilizing Drug BAL27862 Binds to the Colchicine Site of Tubulin with Distinct Effects on Microtubule Organization.
著者: Prota, A.E. / Danel, F. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,92240
ポリマ－261,6316
非ポリマー5,29134
水11,277626
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.310, 157.010, 180.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS CONTAINED IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICALLY RELEVANT TUBULIN-TTL-COMPLEX IS FORMED BY THE CHAINS A, B AND F. BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 660分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.7
詳細: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
放射モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR ...モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR (M2) TO VERTICALLY AND HORIZONTALLY FOCUS THE BEAM AT THE SAMPLE POSITION (WITH 2:1 HORIZONTAL DEMAGNIFICATION)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.7 Å / Num. obs: 149841 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.943 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DA+データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 4I4T

4i4t


解像度: 2.3→62.7 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1790 1.36 %
Rwork0.182 --
obs0.183 131603 100 %
all-150282 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17107 0 336 626 18069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65124550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3426787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36220.34751360.27149854X-RAY DIFFRACTION100
2.3622-2.43170.291370.25319902X-RAY DIFFRACTION100
2.4317-2.51020.26611350.23479884X-RAY DIFFRACTION100
2.5102-2.59990.28071370.22569914X-RAY DIFFRACTION100
2.5999-2.7040.28491360.22859878X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.82710.29761380.21389940X-RAY DIFFRACTION100
2.8271-2.97610.22281360.20189927X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.16260.23471380.19349952X-RAY DIFFRACTION100
3.1626-3.40680.19011380.18699982X-RAY DIFFRACTION100
3.4068-3.74960.18721370.16999985X-RAY DIFFRACTION100
3.7496-4.2920.19971390.154810052X-RAY DIFFRACTION100
4.292-5.4070.17461390.145610132X-RAY DIFFRACTION100
5.407-62.74860.18841440.176810411X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9713-0.1387-0.2392.54470.73952.30730.08040.08160.1637-0.34960.2169-0.3688-0.5790.3584-0.1940.4508-0.10180.11220.3949-0.16630.412631.526787.831351.8331
20.6957-0.3358-0.10561.95410.62292.16050.0385-0.05630.03380.30660.02680.0943-0.1849-0.0073-0.09320.40950.00970.05060.3672-0.13920.406719.12481.886966.0081
30.8188-0.14410.1712.32290.71211.6711-0.0416-0.14780.0750.68780.02040.3152-0.0990.07050.00570.53180.00480.1050.3697-0.10140.389618.920482.991373.5058
40.82120.2408-0.10121.32470.67561.7544-0.03340.0081-0.10850.36510.4078-0.42360.37110.8656-0.14170.36090.1311-0.07590.3857-0.17490.431832.868761.388760.5184
51.7741-0.25150.29590.72110.63541.38160.0106-0.1175-0.00060.21820.03950.0693-0.106-0.0738-0.03311.61280.29960.64951.10410.26651.117324.647763.871285.6124
61.9987-0.9245-0.60742.6348-0.2571.76690.16140.18170.3292-0.228-0.0276-0.0007-0.6798-0.0886-0.08880.40.02250.03580.3127-0.02260.347915.903369.681119.2592
70.6214-0.128-0.56441.38230.44870.98980.14150.2983-0.0406-0.4889-0.0182-0.164-0.3080.27-0.11850.3461-0.03220.05310.4757-0.12740.353528.879955.841514.4301
81.33390.0564-0.33072.25140.69282.2233-0.0534-0.06310.0231-0.10170.1196-0.1569-0.11610.2132-0.05440.18930.00970.02890.3077-0.1370.331224.220652.9225.9445
91.9041-0.5297-0.05640.7308-0.66691.0451-0.1135-0.2902-0.2085-0.01-0.14150.40980.2137-0.66740.13950.2572-0.08170.08150.5632-0.25730.45515.303750.489928.1961
101.0316-0.2884-0.25290.94190.99252.2940.0270.01420.1936-0.125-0.04650.0628-0.3566-0.2482-0.01460.28060.03230.03570.2953-0.12240.359710.431961.661835.844
111.8627-0.17360.34921.20370.24271.8072-0.0584-0.19270.14560.2601-0.04570.1449-0.112-0.5870.06190.3420.04270.07220.5071-0.17130.41176.291460.256544.7656
120.6352-0.9872-0.43151.41.47272.023-0.03370.0609-0.20210.6076-0.32940.73110.5961-0.32110.08130.3182-0.02330.07110.3038-0.10320.364315.396441.757834.0399
130.2710.1206-0.02682.03721.23842.6175-0.069-0.1418-0.16170.55710.164-0.06590.66980.7176-0.0510.30750.029-0.02780.3505-0.06370.346425.816537.918131.2318
140.51540.38020.01392.16720.56470.1612-0.3413-0.1857-0.1718-0.3058-0.2926-0.1414-0.1891-0.07130.05140.26450.03420.03270.3937-0.16750.488216.978265.984543.403
151.3268-0.3593-0.13492.11120.18291.82820.00510.15780.1498-0.23680.0685-0.0741-0.17170.1006-0.0580.2317-0.06240.03860.3021-0.03130.255220.315532.6553-12.0475
160.84-0.4227-0.07021.40950.99221.6115-0.0155-0.03610.08210.1062-0.07840.10820.0865-0.22490.06690.2268-0.06730.04750.2687-0.03710.28977.72625.79283.0776
172.3634-0.161-0.22031.3961-0.10541.3999-0.07510.97970.2427-0.43360.18540.12080.0628-0.452-0.08310.5807-0.12770.0480.8593-0.01050.316717.2099.3848-44.3045
181.6490.1794-0.56461.6520.16182.4308-0.18680.558-0.1584-0.36430.2094-0.22850.3553-0.0065-0.11910.4868-0.07460.06660.5134-0.19270.339221.1714-2.3677-33.7389
191.6340.0295-0.70081.34660.10712.4113-0.19060.3123-0.25450.02760.19170.15760.4407-0.3580.06110.4297-0.1080.04210.3829-0.1130.3159.1722-4.2645-21.3534
201.7784-0.1378-1.00391.27890.34011.6363-0.0712-0.0495-0.60590.04790.0696-0.2370.47510.457-0.27480.69360.09650.08820.5055-0.2520.591130.5865-16.5238-24.1263
211.3314-0.00970.26022.13210.49110.24410.14110.08110.32370.07950.0917-0.22070.0625-0.0021-0.02020.4322-0.04730.03230.292-0.12260.387913.64618.646-19.9579
221.8988-0.6578-0.10091.08710.38930.62570.0367-0.30840.16770.7470.2388-0.63010.22641.0692-0.12711.1186-0.0517-0.00590.656-0.18480.556827.712492.180982.0169
230.3514-0.1637-0.37880.08690.05170.335-0.0988-0.02930.00850.34560.4265-0.3610.55280.69330.06150.36950.09010.02570.6327-0.26490.583542.742228.5834.7647
241.66190.6648-0.88842.0986-0.15350.8007-0.42440.7037-0.5521-0.09240.025-0.16851.4112-0.49690.19711.1134-0.20490.18640.6788-0.16590.58866.230354.076969.7951
251.02710.0782-0.21131.38770.10892.0489-0.0948-0.8668-0.6790.4015-0.2711-0.76120.46731.44140.11690.72770.2021-0.0571.0470.25680.714314.014258.077104.7039
262.32040.5246-2.0640.91410.06131.95-0.48350.0634-0.61850.04980.2339-0.05161.0589-0.0371-0.08040.95760.02260.15760.40740.05690.5641-2.014353.251293.2293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:180 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 181:311 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 312:401 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 402:436 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 437:439 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 1:88 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 89:127 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 128:197 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 198:223 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 224:295 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 296:373 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 374:401 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 402:438 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 503:503 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 1:197 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 198:440 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 1:88 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 89:295 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 296:401 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 402:441 )
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 503:503 )
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 6:46 )
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 47:141 )
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 1:66 )
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN F AND RESID 67:198 )
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN F AND RESID 199:378 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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