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- PDB-4nod: Distinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA pack... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nod
タイトルDistinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA packaging versus transcriptional activation
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / HMG / DNA bending / TFB2M / mtRNAP / BrU substitution to HSP1 / T19 / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.897 Å
データ登録者Ngo, H.B. / Lovely, G.A. / Phillips, R. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Distinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA packaging versus transcriptional activation.
著者: Ngo, H.B. / Lovely, G.A. / Phillips, R. / Chan, D.C.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: Transcription factor A, mitochondrial
C: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'
G: Transcription factor A, mitochondrial
H: Transcription factor A, mitochondrial
I: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'
L: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,55112
ポリマ－162,55112
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor A, mitochondrial
C: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6383
ポリマ－40,6383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
B: Transcription factor A, mitochondrial
E: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6383
ポリマ－40,6383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
3
G: Transcription factor A, mitochondrial
I: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6383
ポリマ－40,6383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
4
H: Transcription factor A, mitochondrial
K: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'
L: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6383
ポリマ－40,6383
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.372, 82.490, 104.222
Angle α, β, γ (deg.)79.86, 85.48, 84.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31G
41H
12C
22E
32I
42K
13D
23F
33J
43L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGAA44 - 23337 - 226
21SERSERARGARGBB44 - 23337 - 226
31SERSERARGARGGG44 - 23337 - 226
41SERSERARGARGHH44 - 23337 - 226
12DTDTDGDGCC1 - 221 - 22
22DTDTDGDGED1 - 221 - 22
32DTDTDGDGII1 - 221 - 22
42DTDTDGDGKJ1 - 221 - 22
13DCDCDADADE1 - 221 - 22
23DCDCDADAFF1 - 221 - 22
33DCDCDADAJK1 - 221 - 22
43DCDCDADALL1 - 221 - 22

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.970039, -0.19578, -0.143856), (-0.195589, -0.980562, 0.015606), (-0.144115, 0.012998, -0.989476)7.32416, 76.74743, -4.31803
3given(-0.968563, 0.21758, 0.120603), (0.201373, 0.401085, 0.893633), (0.146064, 0.889826, -0.432291)9.28099, -9.99275, 11.92094
4given(-0.999794, -0.01821, -0.008953), (0.015892, -0.428291, -0.903501), (0.012618, -0.903457, 0.428492)17.22186, 84.29516, -18.33994

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor A, mitochondrial / TFAM / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...TFAM / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 27067.166 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 43-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF6, TCF6L2, TFAM / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00059
#2: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*(BRU)P*TP*GP*G)-3'


分子量: 7006.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy Strand Promoter 1 (HSP1) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量: 6564.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy Strand Promoter 1 (HSP1) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG8000, 22% glycerol, 0.04 M potassium phosphate monobasic, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月7日 / 詳細: Rh coated mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.897→39 Å / Num. all: 40810 / Num. obs: 35526 / % possible obs: 50 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル最高解像度: 2.897 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TQ6

3tq6


解像度: 2.897→35.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 39.673 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26744 1783 5 %RANDOM
Rwork0.22108 ---
all0.267 ---
obs0.22345 33743 87.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.88 Å2-0.23 Å2-0.16 Å2
2--2.59 Å25 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.897→35.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 3577 0 0 9985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01610539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.65714907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9565756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15623.875320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.385151396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8221560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.717.5973036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.90611.383788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9918.9897503
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.69177.20917072
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A160218.17
12B160212.44
13G160216.1
14H160213.22
21C45912.14
22E45917.58
23I45913.72
24K45912.43
31D43413.8
32F43412.17
33J43412.11
34L43411.86
LS精密化 シェル解像度: 2.897→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 131 -
Rwork0.418 2505 -
obs--86.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.130.1803-0.4380.2583-0.61861.50570.0680.03470.01670.10350.0080.0336-0.2891-0.0701-0.0760.12220.03060.00380.14590.00430.0847-4.082553.1991-6.6398
20.2259-0.18750.42370.1592-0.35950.84380.0425-0.0148-0.0617-0.03150.03740.04450.1168-0.0988-0.07990.0722-0.03770.01520.1677-0.00830.0957-6.126125.29333.573
30.02580.0008-0.15230.1188-0.10581.03020.02650.005-0.02280.1061-0.1285-0.0243-0.29020.01620.1020.1618-0.04770.00570.2310.09620.0867-3.049655.4587-5.3409
40.29650.25150.09830.2460.17281.5517-0.05330.0166-0.0082-0.0414-0.0417-0.04720.1830.12040.0950.07580.08030.01310.17070.07490.1022-5.856522.89661.9589
50.32360.5129-0.90420.8259-1.44912.55060.1925-0.01180.03490.3638-0.01470.0946-0.62880.0127-0.17780.17930.06260.04640.2540.12040.1243-4.032354.5466-8.4342
60.2992-0.32580.60910.4177-0.73421.32530.07780.01730.0058-0.21530.01880.06190.3422-0.0237-0.09660.2741-0.0401-0.0270.21540.12570.1206-6.207623.87335.0634
70.14060.2331-0.28480.3951-0.47330.60060.0457-0.0357-0.00490.0782-0.0398-0.0354-0.07530.0477-0.00590.0922-0.0119-0.01130.0836-0.04490.102122.95935.919662.8852
80.0687-0.20390.23790.65-0.68850.83710.049-0.0049-0.014-0.19740.0369-0.01710.1763-0.0179-0.0860.1145-0.00570.00240.0622-0.04390.118920.94663.137233.2967
90.11350.3942-0.21691.7941-0.43710.8290.07150.07740.0490.20650.17230.1203-0.1703-0.1548-0.24380.11750.02240.04780.1126-0.00060.101622.7198.401464.4733
100.12450.14260.15861.1133-0.58310.83460.0309-0.0531-0.0268-0.1770.09060.03130.2316-0.1686-0.12160.182-0.0104-0.03790.1037-0.01760.082120.04860.811731.7523
110.28440.4547-0.48850.735-0.78410.84740.0809-0.01120.02430.1458-0.01970.0573-0.17030.0431-0.06120.1888-0.0146-0.04290.13540.01550.056923.03265.127664.869
120.308-0.45590.42890.6771-0.63710.61540.0619-0.044-0.0146-0.1240.01980.02780.1581-0.0396-0.08170.2466-0.035-0.0060.1368-0.01680.074320.9774.09831.2636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2B44 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7G44 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8H44 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 22
10X-RAY DIFFRACTION10K1 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11J1 - 22
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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