[日本語] English
万見
- PDB-4no0: Crystal structure of non-phosphorylated form of RQA_V phosphopept... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4no0
タイトルCrystal structure of non-phosphorylated form of RQA_V phosphopeptide bound to HLA-A2 in complex with LILRB1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
  • Lymphocyte-specific protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / Nonphosphorylated peptide / peptide-MHC complex / MHC / LILRB1 / post translational modification / peptide conformation / tumor immunology / tumor antigen / neoepitope / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / immune response-regulating signaling pathway / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / dendritic cell differentiation / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to interleukin-7 / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-10 production / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / negative regulation of calcium ion transport / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / negative regulation of type II interferon production / TAP binding / negative regulation of cell cycle / negative regulation of tumor necrosis factor production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell proliferation involved in immune response / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of defense response to virus by host / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / SH2 domain binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / response to virus / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / receptor internalization / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte-specific protein / Caldesmon/lymphocyte specific protein / Caldesmon / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Lymphocyte-specific protein / Caldesmon/lymphocyte specific protein / Caldesmon / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Lymphocyte-specific protein 1 / Beta-2-microglobulin / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mohammed, F. / Stones, D.H. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2017
タイトル: The antigenic identity of human class I MHC phosphopeptides is critically dependent upon phosphorylation status.
著者: Mohammed, F. / Stones, D.H. / Zarling, A.L. / Willcox, C.R. / Shabanowitz, J. / Cummings, K.L. / Hunt, D.F. / Cobbold, M. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Lymphocyte-specific protein 1
D: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8115
ポリマ－66,7494
非ポリマー621
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.300, 117.300, 96.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2 / Class I histocompatibility antigen A*0201


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 25-300) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / LIR-1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / ...LIR-1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / Immunoglobulin-like transcript 2 / ILT-2 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 7 / MIR-7


分子量: 21747.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ILT2, LILRB1, LIR1, MIR7 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8NHL6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Lymphocyte-specific protein 1 / 47 kDa actin-binding protein / 52 kDa phosphoprotein / pp52 / Lymphocyte-specific antigen WP34


分子量: 1302.520 Da / 分子数: 1 / 断片: peptide (UNP residues 249-260) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33241

-
非ポリマー , 2種, 49分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細IN LEUKOCYTE IMMUNOGLOBULIN-LIKE RECEPTOR 1, L68P, I142T, AND S155I ARE NATURAL VARIANTS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.4, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.325 Å / Num. obs: 21132 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 36 % / Biso Wilson estimate: 47.502 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 33.28
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.80.8166.22786012171199.5
2.8-2.90.628.02686281861199.4
2.9-30.5319.13609601652199.3
3-3.30.30215.161399613782198.9
3.3-3.50.18924.08688211857199.4
3.5-40.11537.731175653187198.6
4-50.07259.261161343173198.4
5-60.06265.18520651428199.3
6-100.05472.87565351575199.4
10-29.3250.04293.4914553446193.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P7Q

1p7q


解像度: 2.7→29.325 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / WRfactor Rfree: 0.2545 / WRfactor Rwork: 0.2236 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7445 / SU B: 15.83 / SU ML: 0.315 / SU R Cruickshank DPI: 0.6386 / SU Rfree: 0.4092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.639 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3094 1080 5.1 %RANDOM
Rwork0.2688 ---
obs0.2709 20054 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.38 Å2 / Biso mean: 54.8343 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4680 0 4 48 4732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9346410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.355574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68123.407226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20915691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2871532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213707
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 79 -
Rwork0.436 1463 -
all-1542 -
obs--99.68 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る