PDB-3d0r: Crystal structure of calG3 from Micromonospora echinospora determ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d0r

タイトル

Crystal structure of calG3 from Micromonospora echinospora determined in space group P2(1)

要素

Protein CalG3

キーワード

TRANSFERASE / Calicheamicin synthesis / glycosyltransferase / enediyne antibiotic

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular glucuronidation / UDP-glycosyltransferase activity / glucosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / enzyme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural insights of the early glycosylation steps in calicheamicin biosynthesis.
著者: Zhang, C. / Bitto, E. / Goff, R.D. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Griffith, B.R. / Albermann, C. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.

履歴

登録	2008年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d0r.cif.gz	170.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d0r.ent.gz	132.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d0r_validation.pdf.gz	652 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d0r_full_validation.pdf.gz	656.8 KB	表示
XML形式データ	3d0r_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	3d0r_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d0qSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f7s-1 3d0q-d 3a6o-1 5bwr-d 7jj0-2 3weo-d 5teq-1 1kt8-d 2p6p-d 2a1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein CalG3

B: Protein CalG3

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.440, 97.677, 63.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein CalG3 分子量: 43012.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 株: LL6600 / 遺伝子: calG3 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KND7
#2: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS STRUCTURE WAS SUBMITTED AS CASP7 TARGET T0333.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (10 mg/mL protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.010 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (25% PEG 1500). Cryoprotected in FOMBLIN MW2500, VAPOR ...詳細: Protein solution (10 mg/mL protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.010 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (25% PEG 1500). Cryoprotected in FOMBLIN MW2500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.010 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (25% PEG 1500). Cryoprotected in FOMBLIN MW2500, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月26日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 68513 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.265 / Net I/σ(I): 25.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.68-1.74	3.9	0.496	2.426	3443	0.898	43.6
1.74-1.81	5.1	0.396		4770	0.936	60.3
1.81-1.89	6.1	0.323		5884	0.942	74.6
1.89-1.99	6.7	0.255		7008	1.005	88.1
1.99-2.12	7.3	0.185		7734	1.076	97.8
2.12-2.28	7.7	0.14		7916	1.24	99.9
2.28-2.51	7.8	0.096		7938	1.251	100
2.51-2.87	7.8	0.059		7952	1.297	100
2.87-3.62	7.6	0.042		7880	1.861	99.1
3.62-50	7.6	0.029		7988	1.431	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.496 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.378

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	38.76 Å
Translation	3 Å	38.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3D0Q

3d0q

解像度: 1.9→38.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.162 / SU B: 6.284 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2745	5.112 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.162	53699	98.032 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.171 Å²	0 Å²	-1.934 Å²
2-	-	-1.774 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.561 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5754	0	13	579	6346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.969	8111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.61	5	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.32	22.49	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.578	15	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.414	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.988	3	3902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.006	6	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.629	10	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.825	14	1960

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.275	176	0.185	3299	4004	86.788
1.949-2.003	0.256	186	0.179	3486	3944	93.103
2.003-2.061	0.201	182	0.165	3538	3832	97.077
2.061-2.124	0.241	171	0.162	3543	3737	99.385
2.124-2.194	0.237	198	0.158	3393	3593	99.944
2.194-2.27	0.207	183	0.165	3293	3476	100
2.27-2.356	0.224	185	0.165	3181	3366	100
2.356-2.452	0.219	153	0.159	3078	3231	100
2.452-2.561	0.228	162	0.164	2936	3098	100
2.561-2.686	0.221	150	0.166	2821	2971	100
2.686-2.831	0.212	155	0.164	2692	2848	99.965
2.831-3.002	0.238	119	0.161	2552	2680	99.664
3.002-3.209	0.21	136	0.163	2355	2507	99.362
3.209-3.465	0.215	105	0.158	2218	2350	98.851
3.465-3.795	0.216	115	0.153	2028	2173	98.619
3.795-4.241	0.155	103	0.134	1823	1947	98.921
4.241-4.893	0.167	85	0.138	1651	1738	99.885
4.893-5.984	0.201	93	0.169	1375	1469	99.932
5.984-8.425	0.236	65	0.181	1086	1154	99.74
8.425-62.994	0.25	23	0.169	606	659	95.448

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3152	-2.2563	-0.1608	4.1571	-0.2943	1.1555	-0.1963	-0.2609	-0.1524	0.2981	0.1569	0.2264	-0.0816	-0.2085	0.0393	-0.1215	0.0193	-0.0229	-0.096	-0.0013	-0.1506	36.1318	23.9502	18.7785
2	1.033	-0.8099	-0.1654	2.1604	0.2302	1.1315	-0.0606	-0.0539	0.2164	0.0433	0.0106	-0.1113	-0.2665	-0.0623	0.05	-0.1163	-0.0036	-0.0472	-0.1419	0.0107	-0.1404	36.5697	31.5412	12.1106
3	6.6041	0.5898	4.6184	5.3163	0.5006	4.2988	0.1224	-0.9354	-0.1227	0.2584	-0.3532	1.0039	0.0986	-0.9722	0.2308	-0.0789	-0.0152	-0.0017	0.0481	-0.0547	0.0645	22.784	9.2903	-2.4312
4	2.7196	0.8993	0.9782	5.5399	1.1383	3.3252	-0.0683	0.0496	0.3285	-0.3688	-0.2678	0.78	-0.3191	-0.2818	0.336	-0.0737	0.0485	-0.0761	-0.1281	-0.0345	-0.0744	27.7675	21.755	-6.5088
5	5.8906	0.4881	4.8675	2.0668	0.7439	6.9024	-0.0221	0.4972	0.1241	-0.3714	-0.0265	-0.1301	-0.1203	0.6079	0.0486	-0.0676	0.0033	0.0626	-0.1529	0.0868	-0.0936	45.6381	22.9169	-4.5674
6	2.5396	-1.2203	0.4785	3.3409	-0.186	1.4399	0.0175	-0.0279	-0.2248	0.0437	0.0456	0.0192	0.3185	0.0048	-0.0632	-0.1605	0.01	0.0226	-0.1543	0.0029	-0.1816	51.8596	-6.8147	11.6391
7	2.0965	-0.2185	0.7121	1.3491	-0.4702	2.1913	-0.07	-0.1623	0.2209	0.1976	0.1002	-0.3941	-0.1076	0.1381	-0.0302	-0.179	-0.0172	-0.0201	-0.1557	0.0064	-0.0918	57.8631	8.3038	22.1535
8	3.6852	0.6243	-2.2225	1.8877	-3.1975	5.8061	0.0176	0.0792	-0.279	0.0249	0.0217	0.1326	0.4353	-0.3799	-0.0393	-0.0593	-0.0212	0.003	-0.0645	-0.0254	-0.1206	46.762	5.3924	41.2168
9	5.2231	-0.5079	-1.7583	2.2848	0.2468	5.6413	-0.2176	-0.0587	-0.6138	0.2717	-0.0928	-0.0385	0.674	0.1555	0.3104	-0.1	-0.0021	-0.0122	-0.1451	-0.0179	-0.0783	59.5231	2.0597	36.2587
10	2.1318	0.3444	2.2551	1.1554	-0.2401	7.7528	-0.2092	0.0527	0.2534	0.0715	-0.0972	-0.2358	-0.5724	0.5454	0.3064	-0.248	0.0011	0.0228	-0.1196	0.0084	0.0448	64.6292	12.547	23.0511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 68	20 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	69 - 210	91 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	211 - 275	233 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	276 - 338	298 - 360
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	339 - 375	361 - 397
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	-6 - 164	16 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	165 - 210	187 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	211 - 275	233 - 297
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	276 - 338	298 - 360
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	339 - 374	361 - 396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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