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- PDB-6n9a: Crystal Structure of Thermotoga maritima threonylcarbamoyladenosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9a
タイトルCrystal Structure of Thermotoga maritima threonylcarbamoyladenosine biosynthesis complex TsaB2D2E2 bound to ATP and carboxy-AMP
要素
  • (tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein ...) x 2
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Threonylcarbamoyl transfer complex / t6A biosynthesis / tRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / tRNA N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #200 / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain ...: / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #200 / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-KG4 / TRIETHYLENE GLYCOL / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Swairjo, M.A. / Stec, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM110588-05 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Conformational communication mediates the reset step in t6A biosynthesis.
著者: Luthra, A. / Paranagama, N. / Swinehart, W. / Bayooz, S. / Phan, P. / Quach, V. / Schiffer, J.M. / Stec, B. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2018年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
E: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,85510
ポリマ－78,1553
非ポリマー1,7007
水2,882160
1
B: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
E: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
ヘテロ分子

B: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
E: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,71020
ポリマ－156,3106
非ポリマー3,39914
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area16760 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area56710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.053, 124.053, 119.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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TRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein ... , 2種, 2分子 BE

#1: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 23461.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tsaB, TM_0874, Tmari_0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZX7
#3: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE


分子量: 18678.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1W7

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#2: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 36015.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tsaD, gcp, TM_0145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WXZ2, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase

-
非ポリマー , 8種, 167分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#6: 化合物 ChemComp-KG4 / 5'-O-[(R)-(carboxyoxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 391.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N5O9P
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 uL sample solution containing 3.1 mg/mL protein, 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl, 1 mM ATP and 0.1 mM MgCl2 with 2 uL reservoir solution containing 8% polyethylene glycol (PEG) 400, 100 mM ...詳細: 2 uL sample solution containing 3.1 mg/mL protein, 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl, 1 mM ATP and 0.1 mM MgCl2 with 2 uL reservoir solution containing 8% polyethylene glycol (PEG) 400, 100 mM KCl, 50 mM MES (pH 6.0) and 0.8 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→107.43 Å / Num. obs: 36821 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.542.61.88615410.1821.2812.2970.5584.2
2.54-2.593.92.12417830.2131.152.4320.50194.9
2.59-2.6461.96517880.2380.8412.1460.54299.1
2.64-2.698.81.55118400.5710.5421.6460.58199.5
2.69-2.759.71.33318220.6520.4441.4060.57499.9
2.75-2.8210.11.10118370.7580.361.1590.611100
2.82-2.8910.20.87818560.8050.2870.9240.655100
2.89-2.9610.30.75818590.8660.2460.7970.687100
2.96-3.0510.30.55718100.9230.180.5860.802100
3.05-3.1510.40.45218660.9380.1460.4760.892100
3.15-3.2610.40.35218390.9630.1140.371.052100
3.26-3.3910.40.30218430.9760.0980.3181.198100
3.39-3.5510.30.25118700.9830.0830.2651.381100
3.55-3.73100.18418760.9880.0610.1941.481100
3.73-3.979.70.15218470.9920.0520.1611.549100
3.97-4.279.10.11418770.9940.0410.1211.698100
4.27-4.718.60.08618660.9960.0320.0921.693100
4.71-5.398.80.08119170.9960.0290.0861.672100
5.39-6.799.30.07918840.9970.0280.0841.386100
6.79-107.438.90.0620000.9970.0210.0631.19499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A6A

2a6a


解像度: 2.5→42.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 23.429 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.243 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21438 1787 5.4 %RANDOM
Rwork0.12185 ---
obs0.12681 31308 89.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å2-0.83 Å2-0 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3---5.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→42.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 105 161 5756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0145696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0175383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7831.6787706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.771.64912596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9345699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73922.731271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.962151023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6911533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.026225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.647.3712805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.6437.3692804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.93311.073501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.93211.0733502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.3158.2892891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.3058.292891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.52312.1024206
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.05187.2476119
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.04787.2366111
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.686311078
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free47.744591
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded43.476511048
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 83 -
Rwork0.368 1500 -
obs--58.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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