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- PDB-4nea: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nea
タイトル1.90 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-free Cys289
要素Betaine aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / Rossmann fold / NAD+ / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Betaine-aldehyde dehydrogenase / Betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of betaine aldehyde dehydrogenase from Staphylococcus aureus.
著者: Halavaty, A.S. / Rich, R.L. / Chen, C. / Joo, J.C. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Myszka, D.G. / Duban, M. / Shuvalova, L. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,99324
ポリマ－229,7144
非ポリマー3,27920
水35,8321989
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29810 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area60390 Å2
手法PISA
2
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
C: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,49712
ポリマ－114,8572
非ポリマー1,64010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12250 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA
3
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
D: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,49712
ポリマ－114,8572
非ポリマー1,64010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.728, 142.073, 163.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Betaine aldehyde dehydrogenase / betB


分子量: 57428.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: PMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic
参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0H2X0S3*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 2 mM NAD+, crystallization condition: JCSG+ Suite #G9 (0.1 M potassium thiocyonate, 30% w/v PEG2000 MME), VAPOR ...詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 2 mM NAD+, crystallization condition: JCSG+ Suite #G9 (0.1 M potassium thiocyonate, 30% w/v PEG2000 MME), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 155760 / Num. obs: 155760 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 7884 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MPB

4mpb


解像度: 1.9→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.309 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 7781 5 %RANDOM
Rwork0.13965 ---
obs0.14204 147576 97.85 %-
all-147576 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.568 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å2-0 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15543 0 192 1989 17724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01917270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9823561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85337670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32752218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95125.506781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.349153034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6051577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0220073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023844
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 584 -
Rwork0.192 10983 -
obs-7781 99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77020.6686-0.65398.1609-3.495.6303-0.00330.1184-0.294-0.36990.0096-0.0311-0.04160.1329-0.00640.13870.0102-0.01440.0967-0.06630.06335.4963-14.3079-51.8361
20.6578-0.1765-0.20260.57750.0640.40990.04150.10720.0144-0.0798-0.0358-0.0633-0.0457-0.0127-0.00580.04480.01010.00330.0422-0.00080.00847.33663.9888-49.2799
30.3752-0.11-0.0990.39640.23910.50440.0110.02960.0288-0.00270.0107-0.07660.00630.0264-0.02170.0317-0.00630.00530.0068-0.00070.01739.49878.3989-37.8017
40.5742-0.1427-0.06050.4884-0.03591.04430.0028-0.005-0.08030.00640.0431-0.07010.08040.1076-0.0460.04290.0207-0.00540.0203-0.01970.073421.4568-22.078-37.0167
50.7207-0.1370.17020.95070.02550.5143-0.0377-0.0929-0.05220.1040.032-0.01730.0514-0.01010.00580.0310.0086-0.00280.01330.00390.01568.7542-14.1005-23.9786
60.5222-0.26590.02860.95010.48330.8448-0.0368-0.03090.01560.1121-0.12620.1476-0.0017-0.17890.16310.0736-0.00550.00140.058-0.02510.067-4.409525.5519-16.8503
70.9604-0.31230.19250.87110.00630.56480.03490.1703-0.0814-0.1445-0.06410.08090.0483-0.11560.02920.0438-0.0084-0.02510.1038-0.04860.0513-38.3749-9.3996-46.9445
81.2433-0.73960.83610.9216-0.5270.8394-0.00420.1192-0.0036-0.0421-0.03360.0052-0.0611-0.02090.03780.02040.0144-0.00970.0633-0.00920.0083-22.57791.7875-44.9113
90.431-0.03590.05090.23110.09260.3844-0.00690.0532-0.08570.0016-0.01370.0621-0.016-0.05970.02050.0191-0.0086-0.00120.03-0.01360.0309-30.8469-6.3179-32.7921
100.7194-0.0586-0.23180.93020.25530.85310.02860.13920.1059-0.0306-0.010.1508-0.1541-0.1934-0.01860.08160.0626-0.00320.07670.03180.0728-43.442223.6519-37.1185
110.4452-0.1487-0.08281.37220.01750.5219-0.0004-0.01430.0770.08610.03390.0187-0.0942-0.0294-0.03350.05560.02170.00020.0127-0.00380.0169-28.306217.9994-24.9435
120.49630.2488-0.46460.84390.01560.5216-0.0498-0.16-0.13290.1646-0.0445-0.15220.10530.16520.09430.10970.0118-0.00010.08510.02410.0821-12.9215-19.7071-9.0384
1313.54215.68971.664220.5355-17.259824.90060.1498-0.76660.23561.17730.18590.7581-1.031-0.3709-0.33570.23450.0583-0.03180.1765-0.03740.088715.175122.288615.2472
140.37110.17820.10640.7930.38960.43350.0016-0.075-0.00720.14560.0145-0.10570.01630.0398-0.01610.07390.0062-0.04040.0444-0.00110.024310.4148.3759-2.4847
150.7649-0.39540.00421.2554-0.02960.1578-0.0151-0.00990.07230.05240.0029-0.2169-0.03860.01490.01220.0675-0.003-0.02190.0487-0.02350.051814.025517.3985-17.7248
160.4240.03530.11210.7767-0.02321.4078-0.0062-0.02630.08450.03620.0039-0.0629-0.19710.11390.00230.1004-0.0172-0.03260.0225-0.02480.066811.234939.6265-11.9036
170.5089-0.11030.03621.14990.20840.3279-0.01580.02110.0523-0.031-0.00730.0167-0.0643-0.0240.02310.0458-0.0006-0.01490.0205-0.00910.0175-0.483125.1642-22.8316
180.3213-0.2011-0.19290.62450.17541.1706-0.0450.0229-0.0637-0.04870.01430.0830.1295-0.0470.03060.0544-0.0083-0.0220.03770.00650.06754.2039-17.5921-30.5717
190.5430.081-0.02810.5828-0.35890.94530.0075-0.1706-0.00080.11080.00490.0199-0.0544-0.0986-0.01230.09030.00670.01830.1046-0.00010.0039-26.34430.04856.5343
200.3248-0.05740.13740.2389-0.2080.6999-0.0072-0.1094-0.02330.05050.01060.0105-0.0189-0.0685-0.00340.06460.01290.01130.05130.00280.0083-26.03443.7725-4.4984
211.0879-0.191-0.0160.862-0.26591.3061-0.0221-0.0667-0.07380.08410.02270.15130.1014-0.1874-0.00060.0449-0.00110.02280.06660.01090.0334-37.9154-2.863-10.8661
220.4615-0.1444-0.23820.57170.29381.3888-0.0003-0.1344-0.2120.06640.01020.00580.361-0.1149-0.00990.1874-0.04730.00090.06630.0810.1316-26.3946-30.568-1.1995
230.5099-0.10350.15370.4359-0.20580.67350.0105-0.013-0.1312-0.0295-0.0047-0.00820.1481-0.0032-0.00580.0658-0.00320.00060.00590.00710.0461-18.2187-19.3167-15.9086
240.99380.28630.07680.44430.37750.3612-0.03620.13380.1069-0.13190.01510.0143-0.1332-0.03040.02110.13810.01190.00080.0783-0.00440.0927-25.26920.4812-32.6593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-23 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3A130 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4A258 - 401
5X-RAY DIFFRACTION5A402 - 472
6X-RAY DIFFRACTION6A473 - 496
7X-RAY DIFFRACTION7B-3 - 66
8X-RAY DIFFRACTION8B67 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9B130 - 257
10X-RAY DIFFRACTION10B258 - 401
11X-RAY DIFFRACTION11B402 - 474
12X-RAY DIFFRACTION12B475 - 496
13X-RAY DIFFRACTION13C0 - 5
14X-RAY DIFFRACTION14C6 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15C212 - 273
16X-RAY DIFFRACTION16C274 - 401
17X-RAY DIFFRACTION17C402 - 474
18X-RAY DIFFRACTION18C475 - 496
19X-RAY DIFFRACTION19D-5 - 129
20X-RAY DIFFRACTION20D130 - 212
21X-RAY DIFFRACTION21D213 - 257
22X-RAY DIFFRACTION22D258 - 401
23X-RAY DIFFRACTION23D402 - 474
24X-RAY DIFFRACTION24D475 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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