PDB-4ncx: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ncx

タイトル

Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum 3D7

要素

Proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Prolyl-tRNA synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2017
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Selective Allosteric Inhibitors of the Plasmodium falciparum Drug Target, Prolyl-tRNA-synthetase.
著者: Hewitt, S.N. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. / ...

履歴

登録	2013年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ncx.cif.gz	383.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ncx.ent.gz	311.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ncx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ncx_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ncx_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	4ncx_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	4ncx_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q15C 4wi1C 5ifuC 4hvcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ifu-d 4wi1-d 4twa-d 5xil-1 6aa0-1 7k7y-4 4bq7-d 1o7a-4 5zcg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PlfaA.18681.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Proline--tRNA ligase

B: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.960, 91.380, 110.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.480, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1130- HOH

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS 分子量: 58986.496 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terimus residues 249-746 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus(b2): 0.1M each MES, Imidazole, pH 6.5, 0.09M each NaF, NaBr, NaI, 30% ethylene glycol, PEG-8000 and 5mM L-Proline, 5mM ATP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 97461 / Num. obs: 96638 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.393 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.85-1.9		0.491	3.11	32554	7094	99.2
1.9-1.95		0.336	4.53	31847	6942	99.5
1.95-2.01		0.268	5.53	30889	6719	99.3
2.01-2.07		0.207	7.18	30465	6641	99.4
2.07-2.14		0.168	8.72	29109	6345	99.3
2.14-2.21		0.134	10.68	28275	6152	99.4
2.21-2.29		0.108	12.95	27131	5933	99.3
2.29-2.39		0.093	14.61	26220	5722	99.4
2.39-2.49		0.081	16.93	25378	5531	99.4
2.49-2.62		0.065	20.17	23979	5248	99.6
2.62-2.76		0.057	23.02	22737	5009	99.4
2.76-2.93		0.048	26.71	21480	4731	99.3
2.93-3.13		0.04	31.69	19943	4451	98.9
3.13-3.38		0.034	36.81	18217	4133	99.1
3.38-3.7		0.031	40.99	16491	3805	98.8
3.7-4.14		0.029	44.13	14831	3461	98.7
4.14-4.78		0.026	46.8	13109	3038	98.8
4.78-5.85		0.025	46.6	11157	2589	98.4
5.85-8.27		0.024	46.27	8602	2019	98.6
	8.27	0.021	48.57	4294	1075	92.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4HVC

4hvc

解像度: 1.85→46.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.2034 / WR_factor R_work: 0.1651 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8632 / SU B: 5.092 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / SU R_free: 0.1139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2064	4832	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.1709	96637	99.52 %	-
all	-	101469	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.71 Å² / B_iso mean: 33.037 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	-0 Å²	0.32 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7084	0	27	604	7715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	7425
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.944	10071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	16001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.708	24.754	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.711	15	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.676	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.44	1.898	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.437	1.897	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.243	2.826	4490

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	361	-
R_work	0.241	6727	-
all	-	7088	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5401	0.6178	1.0053	0.6196	-0.1053	1.4613	-0.2491	0.0219	0.3005	-0.105	0.1123	0.1671	-0.3425	-0.1034	0.1367	0.3254	-0.0212	-0.0102	0.1062	-0.0615	0.1708	1.988	35.4771	37.0682
2	0.7414	0.2276	0.0233	0.5472	0.2105	0.8842	0.0491	-0.0593	0.0517	0.0077	-0.0073	0.0587	-0.0652	-0.036	-0.0418	0.0619	-0.0227	-0.006	0.0534	-0.0081	0.0226	-4.0097	5.9969	21.0715
3	1.7176	1.1537	1.1631	1.6957	1.4099	2.0132	0.0946	-0.013	-0.1356	0.2216	0.0912	-0.2496	0.2051	0.0973	-0.1858	0.1245	0.0188	-0.019	0.086	-0.0571	0.0645	11.4057	23.2052	50.8271
4	4.5398	-0.1634	-0.2844	3.5226	1.1845	2.7642	0.284	0.1147	0.4533	-0.2104	-0.5195	0.6612	-0.2078	-0.7267	0.2355	0.055	0.0761	0.0178	0.253	-0.0978	0.2305	-27.6495	13.8766	31.6873
5	0.7136	0.0058	0.0249	0.6494	-0.0031	0.8888	0.0689	-0.0261	0.054	-0.036	-0.0434	-0.0319	-0.0485	0.1281	-0.0255	0.0612	-0.0371	-0.0064	0.0949	-0.0164	0.0348	16.7711	6.0852	11.4357
6	0.6454	0.0168	-0.2765	0.8876	0.29	0.6471	0.129	-0.162	0.1516	-0.0633	0.014	-0.1293	-0.1982	0.2399	-0.143	0.1133	-0.1126	0.0419	0.1305	-0.055	0.0693	25.4347	19.908	18.3179
7	2.2928	-0.724	-0.6044	2.1466	-0.8772	3.5137	-0.224	-0.1442	-0.5619	0.1409	-0.0283	0.2958	0.5122	-0.1916	0.2524	0.1242	-0.033	0.0959	0.0431	0.0173	0.1592	17.075	-20.2971	17.5394
8	1.4487	1.4281	-1.2318	2.8323	-1.1989	1.6791	0.0022	-0.2301	-0.1163	-0.1103	-0.0442	-0.4614	-0.0897	0.2496	0.042	0.0456	-0.0566	0.0328	0.1126	-0.0284	0.0988	40.7641	9.2737	6.421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	243 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	519 - 652
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	653 - 746
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	251 - 364
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	365 - 536
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	537 - 623
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	624 - 746

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関連情報:EMDBヘッダ

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