+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o7a | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human beta-Hexosaminidase B | |||||||||
![]() | BETA-HEXOSAMINIDASE BETA CHAIN | |||||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / HEXOSAMINIDASE / LYSOSOMAL / SPHINGOLIPID DEGRADATION / SANDHOFF DISEASE / BA8-BARREL / GLYCOSIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / Keratan sulfate degradation / beta-N-acetylhexosaminidase activity / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / penetration of zona pellucida / male courtship behavior ...beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / Keratan sulfate degradation / beta-N-acetylhexosaminidase activity / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / penetration of zona pellucida / male courtship behavior / cortical granule / glycosaminoglycan metabolic process / acetylglucosaminyltransferase activity / astrocyte cell migration / N-glycan processing / maintenance of location in cell / hyaluronan catabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / phospholipid biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / lipid storage / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / azurophil granule / lysosome organization / oogenesis / neuromuscular process controlling balance / single fertilization / myelination / lysosomal lumen / acrosomal vesicle / skeletal system development / locomotory behavior / beta-N-acetylglucosaminidase activity / sensory perception of sound / neuron cellular homeostasis / intracellular calcium ion homeostasis / azurophil granule lumen / regulation of cell shape / lysosome / Neutrophil degranulation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maier, T. / Strater, N. / Schuette, C. / Klingenstein, R. / Sandhoff, K. / Saenger, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Human Beta-Hexosaminidase B Provides New Insights Into Sandhoff Disease 著者: Maier, T. / Strater, N. / Schuette, C. / Klingenstein, R. / Sandhoff, K. / Saenger, W. #1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2001 タイトル: Complete Analysis of the Glycosylation and Disulfide Bond Pattern of Human Beta-Hexosaminidase B by Maldi-Ms 著者: Schuette, C.G. / Weissgerber, J. / Sandhoff, K. #2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1990 タイトル: Synthesis of a Human Lysosomal Enzyme, Beta-Hexosaminidase B, Using the Baculaovirus Expression System 著者: Boose, J.A. / Tifft, C.J. / Proia, R.L. / Myerowitz, R. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 636 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 526.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 58925.711 Da / 分子数: 6 / 断片: 42-556 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RECOMBINANTLY EXPRESSED FRAGMENT COMPOSED OF RESIDUES 42-556, N-TERMINUS OF MATURE HUMAN ENZYME IS BETWEEN RESIDUE 48 - 50 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P07686, beta-N-acetylhexosaminidase |
---|
-糖 , 3種, 18分子 


#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-GDL / #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 2種, 2341分子 


#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | BETA-HEXOSAMINIDASE IS RESPONSIBLE FOR THE DEGRADATION OF GM2 GANGLIOSIDES, AND A VARIETY OF OTHER ...BETA-HEXOSAMINI |
---|---|
Has protein modification | Y |
配列の詳細 | EXPRESSED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 42-TO 556 OF THE PRECURSOR PROTEIN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML HEXB IN 10MM SODIUM CITRATE, 100 MM NACL, PH6.0 RESERVOIR SOLUTION: 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, 16% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 10%(V/V) ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML HEXB IN 10MM SODIUM CITRATE, 100 MM NACL, PH6.0 RESERVOIR SOLUTION: 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, 16% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 10%(V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 180325 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 1930354 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6122 Å2 / ksol: 0.340616 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|