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Yorodumi- PDB-4ncx: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ncx | ||||||
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Title | Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum 3D7 | ||||||
Components | Proline--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Prolyl-tRNA synthetase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2017 Title: Biochemical and Structural Characterization of Selective Allosteric Inhibitors of the Plasmodium falciparum Drug Target, Prolyl-tRNA-synthetase. Authors: Hewitt, S.N. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. ...Authors: Hewitt, S.N. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Fairlamb, A.H. / Gray, D.W. / Read, K.D. / Lehane, A.M. / Kirk, K. / Myler, P.J. / Wernimont, A. / Walpole, C. / Stacy, R. / Barrett, L.K. / Gilbert, I.H. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ncx.cif.gz | 383.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ncx.ent.gz | 311.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ncx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ncx_validation.pdf.gz | 447.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ncx_full_validation.pdf.gz | 451.9 KB | Display | |
Data in XML | 4ncx_validation.xml.gz | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ncx_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4q15C 4wi1C 5ifuC 4hvcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN |
-Components
#1: Protein | Mass: 58986.496 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terimus residues 249-746 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) / Strain: 3D7 / Gene: proRS, PFL0670c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus(b2): 0.1M each MES, Imidazole, pH 6.5, 0.09M each NaF, NaBr, NaI, 30% ethylene glycol, PEG-8000 and 5mM L-Proline, 5mM ATP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 16, 2013 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 97461 / Num. obs: 96638 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 32.393 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4HVC Resolution: 1.85→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2034 / WRfactor Rwork: 0.1651 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8632 / SU B: 5.092 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / SU Rfree: 0.1139 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.71 Å2 / Biso mean: 33.037 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→46.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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