PDB-4n2k: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (Q350A, 0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2k

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (Q350A, 0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2k.cif.gz	289.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2k.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2k_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2k_full_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示
XML形式データ	4n2k_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	4n2k_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n20-1 4n2h-1 4n2d-1 4n2f-1 4n24-1 4n2m-1 4n25-1 4n22-1 1qu2-d 5n1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.242, 51.940, 75.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78615.953 Da / 分子数: 1 / 変異: Q350A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→40.582 Å / Num. obs: 103006 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	最高解像度: 1.57 Å / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 1.57→40.582 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.8712 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	4877	5.01 %
R_work	0.1779	-	-
obs	0.1794	103006	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.077 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.21 Å² / B_iso mean: 26.3185 Å² / B_iso min: 7.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0304 Å²	0 Å²	-1.6626 Å²
2-	-	5.6937 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6633 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→40.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5000	0	32	711	5743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	7255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.796	1954

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.57-1.6261	0.3034	494	0.2718	9399	9893	93
1.6261-1.6912	0.26	499	0.2307	9597	10096	96
1.6912-1.7682	0.2541	512	0.2044	9715	10227	96
1.7682-1.8614	0.2154	514	0.1816	9647	10161	96
1.8614-1.978	0.2133	516	0.1752	9731	10247	97
1.978-2.1308	0.1994	510	0.1719	9805	10315	97
2.1308-2.3452	0.2048	523	0.1787	9851	10374	97
2.3452-2.6845	0.2207	523	0.1818	9912	10435	98
2.6845-3.3819	0.2074	531	0.1773	10001	10532	98
3.3819-40.5952	0.1852	539	0.1609	10187	10726	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8315	-1.4909	1.1842	1.7907	-0.1657	4.3068	0.1883	0.1244	0.0034	-0.2426	-0.0738	0.0984	-0.1735	0.0763	-0.0993	0.138	0.0114	-0.007	0.074	-0.0346	0.1298	138.8388	13.6174	69.9607
2	6.4759	-1.6379	2.3115	3.3699	-0.6875	1.9237	0.2885	0.3226	-0.2169	-0.4188	-0.1302	0.5003	-0.0715	-0.2156	-0.2024	0.2394	0.1025	-0.1112	0.1872	-0.0784	0.2546	126.6604	12.4413	63.7965
3	4.9859	-0.1656	1.5371	0.1952	-0.2271	0.5352	-0.1019	-0.2312	0.5512	-0.0133	-0.0618	-0.0993	-0.0139	-0.0697	0.1529	0.1324	0.0179	-0.0068	0.1669	-0.0125	0.1904	167.5879	7.3804	87.3399
4	3.3539	0.0831	0.2479	1.8132	-0.4208	1.8484	-0.0932	-1.4224	-0.2849	0.4117	0.0192	-0.1793	0.211	-0.1267	0.0475	0.1998	0.0255	-0.0011	0.4606	0.0448	0.1138	159.3802	-0.8687	95.8926
5	0.9608	0.4867	0.2113	1.0889	0.0981	1.0306	0.006	-0.7523	-0.4022	0.2034	-0.0048	0.0312	0.1842	-0.0585	0.0621	0.1597	-0.0119	0.0189	0.2655	0.0515	0.1408	157.911	-8.056	89.6245
6	2.5902	-0.1582	1.4618	0.0018	0.0121	1.0607	0.0235	-0.0618	-0.1315	0.0002	0.0235	0.0152	0.082	-0.0351	-0.0529	0.1154	0.0023	0.0114	0.126	0.0091	0.1404	173.8042	-3.4953	89.5111
7	5.8816	-0.0517	0.6753	4.7825	0.0393	5.1337	0.0101	-0.2989	-0.2313	0.0203	0.0425	0.4014	0.0828	-0.6097	-0.0341	0.1833	0.0322	0.0171	0.2348	0.0187	0.1393	201.3389	-7.633	110.8756
8	6.8119	-3.3921	1.1718	5.3616	-1.6403	2.9934	-0.3222	-0.7377	0.0582	0.3967	0.3678	-0.1416	-0.0031	-0.2657	0.0035	0.1129	0.0299	0.0028	0.1901	-0.0066	0.1153	189.0317	-4.1904	98.1469
9	4.536	0.0018	2.2984	5.206	-0.752	2.3293	-0.199	-0.3813	-1.5716	0.1927	0.4832	0.6172	1.4008	0.6184	-0.3221	0.7604	0.1132	0.125	0.306	0.0072	0.6534	194.2755	-18.8351	95.9777
10	3.6619	-2.4221	-1.9229	2.3028	0.681	2.3979	-0.7838	-1.1198	-1.0922	0.7827	0.334	0.2258	0.4122	0.0916	0.395	0.3127	-0.0105	0.0638	0.5117	0.1012	0.3892	186.9172	-10.8613	100.9767
11	2.4226	-0.938	-0.5704	0.9884	0.4536	0.7621	-0.0042	0.095	0.0045	-0.0947	-0.018	0.0684	0.0229	-0.0893	0.0285	0.1295	-0.0004	0.0001	0.1178	0.024	0.1143	199.8367	-3.8167	84.4552
12	4.3688	-0.8696	1.177	0.6352	-0.3061	1.6764	-0.1169	0.0455	0.1721	0.0342	0.0261	-0.0234	-0.1775	0.0682	0.039	0.1378	-0.0028	0.0004	0.0808	0.0002	0.096	220.1643	3.9211	96.0709
13	5.0658	4.2783	-4.0346	5.0746	-4.4496	3.9476	-0.1249	-0.2664	-0.5655	-0.1008	-0.1272	-0.4169	0.3676	0.4202	0.178	0.146	0.0423	-0.0203	0.1422	0.0056	0.1338	228.389	-12.9622	103.7523
14	1.2889	-0.0386	0.2544	0.3912	-0.0259	1.2579	-0.0363	0.1113	-0.0205	-0.0103	0.0303	-0.0175	0.0479	0.1118	0.0055	0.0953	-0.0024	0.0081	0.0772	-0.0104	0.0847	216.518	-2.4337	91.2757
15	1.5152	-0.5147	0.0328	4.5265	-0.4809	1.3082	-0.039	-0.2025	0.0425	0.0607	0.0631	0.0898	-0.0631	0.0247	-0.0248	0.1197	0.017	-0.0006	0.1382	-0.0156	0.0597	217.623	-0.9124	105.7422
16	3.1557	-1.3991	2.2499	2.1572	-2.17	2.4945	-0.0679	0.1281	0.1612	0.0222	-0.0653	-0.0285	0.1388	0.0917	0.1308	0.143	0.0468	0.0192	0.1624	-0.0277	0.1736	190.6422	3.7003	93.4542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:193)	A	172 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:375)	A	370 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 384:402)	A	384 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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