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- PDB-5n1b: hPAD4 crystal complex with AFM-14a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n1b
タイトルhPAD4 crystal complex with AFM-14a
要素Protein-arginine deiminase type-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity ...histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8FW / Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Beaumont, E. / Kerry, P. / Thompson, P. / Muth, A. / Subramanian, V. / Nagar, M. / Srinath, H. / Clancy, K. / Parelkar, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM079357, GM110394, and GM118112 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Development of a Selective Inhibitor of Protein Arginine Deiminase 2.
著者: Muth, A. / Subramanian, V. / Beaumont, E. / Nagar, M. / Kerry, P. / McEwan, P. / Srinath, H. / Clancy, K. / Parelkar, S. / Thompson, P.R.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6139
ポリマ－74,8181
非ポリマー7958
水3,261181
1
A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,22518
ポリマ－149,6352
非ポリマー1,59016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area51520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.580, 60.600, 115.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV


分子量: 74817.742 Da / 分子数: 1 / 変異: G55S, V82A, G112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PAD4, PADI5, PDI5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-8FW / ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-4-(ethanimidoylamino)butyl]-3-oxidanylidene-isoindole-4-carboxamide


分子量: 402.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M imidazole pH7.5, 0.2mM LiSO4, 8-11% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→42.72 Å / Num. obs: 38373 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.93 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2884 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→42.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 17.143 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28357 949 5.2 %RANDOM
Rwork0.22202 ---
obs0.22521 17336 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.127 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.91 Å20 Å2-3.05 Å2
2--12.13 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→42.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4938 0 45 181 5164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.9776943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.021310971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6135625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08324.529223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45715869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8561526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6422.6022509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6422.6022508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8693.8943131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8693.8953132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4872.7452603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4872.7452604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5874.053813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.88146.50822039
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.88146.50822040
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 89 -
Rwork0.248 1193 -
obs--92.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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