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- PDB-3b1t: Crystal structure of human peptidylarginine deiminase 4 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1t
タイトルCrystal structure of human peptidylarginine deiminase 4 in complex with o-Cl-amidine
要素Protein-arginine deiminase type-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nuclei / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity ...histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YCL / Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Causey, C.P. / Jones, J.E. / Slack, J.L. / Kamei, D. / Jones Jr, L.E. / Subramanian, V. / Knuckley, B. / Ebrahimi, P. / Chumanevich, A.A. / Luo, Y. ...Causey, C.P. / Jones, J.E. / Slack, J.L. / Kamei, D. / Jones Jr, L.E. / Subramanian, V. / Knuckley, B. / Ebrahimi, P. / Chumanevich, A.A. / Luo, Y. / Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Sato, M. / Hofseth, L.J. / Thompson, P.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Development of N-alpha-(2-Carboxyl)benzoyl-N(5)-(2-fluoro-1-iminoethyl)-l-ornithine Amide (o-F-amidine) and N-alpha-(2-Carboxyl)benzoyl-N(5)-(2-chloro-1-iminoethyl)-l-ornithine ...タイトル: The Development of N-alpha-(2-Carboxyl)benzoyl-N(5)-(2-fluoro-1-iminoethyl)-l-ornithine Amide (o-F-amidine) and N-alpha-(2-Carboxyl)benzoyl-N(5)-(2-chloro-1-iminoethyl)-l-ornithine Amide (o-Cl-amidine) As Second Generation Protein Arginine Deiminase (PAD) Inhibitors
著者: Causey, C.P. / Jones, J.E. / Slack, J.L. / Kamei, D. / Jones Jr, L.E. / Subramanian, V. / Knuckley, B. / Ebrahimi, P. / Chumanevich, A.A. / Luo, Y. / Hashimoto, H. / Sato, M. / Hofseth, L.J. / Thompson, P.R.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,80910
ポリマ－74,9661
非ポリマー8439
水2,774154
1
A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,61920
ポリマ－149,9322
非ポリマー1,68718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area50420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.787, 60.853, 114.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-4 / HL-60 PAD / Peptidylarginine deiminase IV / Protein-arginine deiminase type IV


分子量: 74965.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI4, PADI5, PDI5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM07, protein-arginine deiminase
#2: 化合物 ChemComp-YCL / 2-{[(2S)-1-amino-5-{[(1Z)-2-chloroethanimidoyl]amino}-1-oxopentan-2-yl]carbamoyl}benzoic acid / o-Cl-amidine


分子量: 354.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19ClN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細G55S, V82A AND G112A ARE NATURAL VARIANTS BASED ON REF 1 AND 4 OF DATABASE UNIPROT/SWISS-PROT ...G55S, V82A AND G112A ARE NATURAL VARIANTS BASED ON REF 1 AND 4 OF DATABASE UNIPROT/SWISS-PROT Q9UM07 (PADI4_HUMAN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 27393

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0085 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WDA

1wda


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 21.016 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2629 1367 5 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2138 27346 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å20 Å2-1.86 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4912 0 43 154 5109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9766876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.37938450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4555618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69724.57221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.07915858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2191525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02975
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 63 -
Rwork0.303 1480 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.4735 Å / Origin y: -0.1334 Å / Origin z: -1.1262 Å
111213212223313233
T0.0187 Å20.0031 Å2-0.018 Å2-0.2719 Å2-0.0731 Å2--0.0994 Å2
L1.3963 °2-0.0805 °21.6896 °2-0.2724 °2-0.382 °2--4.7812 °2
S-0.069 Å °-0.2305 Å °0.1263 Å °0.0008 Å °-0.0712 Å °0.1091 Å °0.0421 Å °-0.6034 Å °0.1402 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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