PDB-4n2d: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D123N, 0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2d

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D123N, 0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2d.cif.gz	273.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2d.ent.gz	216.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n20-1 4n2h-1 4n24-1 4n2f-1 4n2m-1 4n25-1 4n2k-1 6qnz-d 4n22-1 6f91-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.190, 51.820, 75.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.660, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78672.016 Da / 分子数: 1 / 変異: D123N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→36.248 Å / Num. obs: 52659 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	最高解像度: 2 Å / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 2→36.248 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.837 / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	2627	4.99 %
R_work	0.1779	-	-
obs	0.1801	52659	88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.848 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.17 Å² / B_iso mean: 31.8151 Å² / B_iso min: 10.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2593 Å²	0 Å²	-0.2286 Å²
2-	-	0.7909 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4684 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4941	0	26	277	5244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5197
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.312	7095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	791
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.137	1874

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0714	0.2448	122	0.1892	2258	2380	24
2.0714-2.1544	0.2401	207	0.2011	3993	4200	42
2.1544-2.2524	0.2581	243	0.207	4651	4894	49
2.2524-2.3711	0.2354	252	0.2067	4844	5096	51
2.3711-2.5197	0.2765	255	0.2213	4838	5093	51
2.5197-2.7142	0.2763	258	0.221	4893	5151	51
2.7142-2.9872	0.2303	256	0.2141	4888	5144	51
2.9872-3.4191	0.2508	258	0.2023	4912	5170	52
3.4191-4.3066	0.2056	329	0.1538	6110	6439	64
4.3066-36.2538	0.1933	447	0.1485	8645	9092	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3599	-2.3002	2.0599	2.4891	-0.7158	5.4261	0.1554	0.119	0.0546	-0.172	-0.0725	0.1076	-0.2736	-0.0361	-0.0607	0.1364	0.0055	-0.007	0.0574	-0.0471	0.1576	158.949	9.1831	-3.2931
2	4.9781	-1.0428	0.8602	4.0001	-0.0044	1.6764	0.5192	0.1029	-0.3237	-0.1478	-0.2203	0.7245	-0.1952	-0.3601	-0.2344	0.281	0.1461	-0.1718	0.1557	-0.1095	0.3525	146.8345	7.6991	-9.0487
3	8.2131	-0.6543	1.9772	0.3323	0.1547	0.6276	-0.0242	-0.1115	0.7038	-0.0446	-0.046	-0.1337	0.0059	-0.0665	0.0707	0.1771	0.0169	0.0007	0.1708	-0.0141	0.2033	187.5089	2.8463	14.0887
4	3.3219	1.8915	-0.482	1.9108	0.9558	1.7555	0.3192	-2.0715	-0.7879	1.0909	-0.3043	-0.5737	0.3657	-0.0269	0.0118	0.1946	0.1287	0.0842	0.5544	0.0781	-0.0174	180.0231	-5.1806	22.6723
5	2.765	0.1809	0.6411	1.5855	-0.0983	1.3448	-0.0084	-0.8855	-0.7688	0.2715	0.0607	0.0608	0.0943	-0.0753	-0.0072	0.2174	-0.0197	-0.0063	0.3065	0.0716	0.2076	178.2466	-12.6323	15.7951
6	3.7834	-0.2428	1.7579	0.0269	0.0997	1.2515	0.0137	-0.1341	-0.231	0.0177	0.0476	0.0221	0.0945	-0.0613	-0.0756	0.1691	-0.0138	0.0176	0.1317	0.029	0.1518	193.6345	-7.957	16.2672
7	6.7485	0.1788	0.7916	5.615	0.7898	6.5239	-0.0603	-0.6081	-0.3904	0.2829	-0.0215	0.5072	0.3571	-0.4577	0.0495	0.2328	0.063	0.0284	0.2436	0.0467	0.0977	221.1317	-12.0417	37.2343
8	7.2058	-6.4981	4.6109	6.8741	-4.0127	4.3148	0.0941	-0.8545	-0.1547	-0.2443	0.0772	0.0168	0.257	-0.2849	-0.0996	0.1389	-0.0177	0.0079	0.225	0.0203	0.2548	209.5103	-9.1809	24.7017
9	1.9757	-1.146	3.5113	1.7328	-3.3759	7.9202	-0.7915	0.0412	-1.5904	0.3805	0.7819	-0.2974	1.4714	0.8869	-0.0496	0.7262	0.258	0.0072	0.5526	-0.129	0.6764	214.3959	-23.057	22.4622
10	0.7015	0.3546	-0.0441	0.5424	0.8397	2.0485	0.0687	0.0797	0.1575	-0.2224	-0.2009	0.1393	-0.4053	-0.0872	0.1156	0.8719	0.2207	0.1984	0.5654	0.4252	1.7933	209.755	-25.886	24.7352
11	3.9388	-1.8784	0.5758	1.4797	-0.4152	0.1042	-0.9061	-0.8416	-1.5173	1.066	0.4249	0.9628	0.5771	-0.5989	0.2577	0.3995	-0.0163	0.1922	0.5878	0.2277	0.5348	206.6391	-15.3357	26.1909
12	3.6816	-1.5023	-0.3485	0.9347	0.3573	0.8203	0.0256	0.1656	-0.0353	-0.0774	-0.0518	0.0773	-0.0464	-0.0495	0.044	0.173	-0.0027	0.0059	0.1264	0.0303	0.1308	219.8141	-8.6536	11.1584
13	6.8737	-1.5822	2.1019	1.2812	-0.7525	2.1618	-0.0276	0.0272	0.1678	0.0632	0.0034	-0.0528	-0.2132	0.1216	-0.0249	0.1581	0.0005	-0.0066	0.0975	-0.0024	0.0985	240.2375	-0.7894	22.7667
14	5.1718	7.0015	-6.1303	9.3943	-8.2574	7.2869	-0.1215	-0.3166	-0.5035	-0.012	0.0577	-0.3675	0.4007	0.1137	0.123	0.2182	0.0712	-0.0377	0.2293	-0.0121	0.1754	247.9575	-17.279	30.2821
15	1.9106	-0.0096	0.1907	0.9093	0.0999	1.941	-0.0448	0.0708	-0.0306	0.0038	0.0791	-0.0216	0.0775	0.1045	-0.0144	0.1143	-0.0225	0.0052	0.0846	-0.0069	0.1042	236.3506	-6.8001	17.7475
16	2.1426	-1.2379	-0.0323	5.8763	-1.1532	2.1638	-0.1145	-0.3793	0.0134	0.1237	0.2379	0.1053	-0.0417	-0.0023	-0.0914	0.1526	0.0082	-0.0127	0.1921	-0.0159	0.0649	237.5697	-5.7015	32.2826
17	4.2836	-2.1234	3.5843	3.4303	-2.7706	4.0553	-0.0024	0.1543	0.4532	-0.2416	-0.1938	-0.2778	0.32	0.0187	0.1777	0.1663	0.0131	0.0401	0.1809	0.014	0.16	210.5614	-0.8161	20.1338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:193)	A	172 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:376)	A	375 - 376
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 386:402)	A	386 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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