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- PDB-4n2c: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (F221/222A, 10 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n2c
タイトルCrystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (F221/222A, 10 mM Ca2+)
要素Protein-arginine deiminase type-2
キーワードHYDROLASE / deiminase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / substantia nigra development ...negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / substantia nigra development / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear estrogen receptor binding / euchromatin / azurophil granule lumen / chromatin remodeling / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.022 Å
データ登録者Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7617
ポリマ－78,5211
非ポリマー2406
水64936
1
A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,52314
ポリマ－157,0422
非ポリマー48112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area51410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.930, 52.180, 75.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II


分子量: 78520.812 Da / 分子数: 1 / 変異: F221A,F222A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% MPD, 10% ethanol, 50 mM MES, pH 5.6, 20 mM magnesium chloride, 1 mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.2836 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月26日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→48.955 Å / Num. obs: 13566 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 35.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル最高解像度: 3.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25


解像度: 3.022→48.955 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8073 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 659 4.86 %
Rwork0.2453 --
obs0.2467 13566 88.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 5.711 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.32 Å2 / Biso mean: 36.3383 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0644 Å2-0 Å2-2.0613 Å2
2---1.2032 Å20 Å2
3---1.2676 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.022→48.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 0 6 36 5030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0215142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9597003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0141842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.022-3.25490.3135720.30311468154051
3.2549-3.58240.31131260.26512644277092
3.5824-4.10050.26761370.237129243061100
4.1005-5.16530.24371590.210329073066100
5.1653-48.96180.2771650.26122964312999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 203.5296 Å / Origin y: -0.3744 Å / Origin z: 15.4932 Å
111213212223313233
T0.2812 Å2-0.0324 Å20.0587 Å2-0.2408 Å20.0932 Å2--0.0414 Å2
L6.5232 °2-0.3747 °21.1305 °2-0.3637 °20.1389 °2--0.5198 °2
S0.0271 Å °-1.1014 Å °-0.0291 Å °0.0582 Å °-0.0122 Å °-0.0084 Å °-0.0259 Å °-0.1459 Å °-0.0154 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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