PDB-4n25: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (250 uM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n25

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (250 uM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.931 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n25.cif.gz	279.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n25.ent.gz	221.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n25_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n25_full_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示
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CIF形式データ	4n25_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n25	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n2h-1 4n2m-1 4n2d-1 4n24-1 4n2f-1 4n20-1 6f91-1 4n2k-1 6qnz-d 1d01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.276, 51.536, 75.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.560, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

-
非ポリマー , 5種, 522分子

#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: vertical focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→36.603 Å / Num. obs: 54984 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	最高解像度: 1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 1.931→36.603 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.8439 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	2748	5 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.1811	54984	96.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.39 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.9 Å² / B_iso mean: 29.911 Å² / B_iso min: 8.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.9525 Å²	0 Å²	-4.697 Å²
2-	-	8.5017 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5493 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.931→36.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4980	0	33	513	5526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.221	7104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	905
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.313	1879

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.931-2.0001	0.2838	235	0.2403	4258	4493	79
2.0001-2.0802	0.2661	256	0.2076	4963	5219	93
2.0802-2.1749	0.2739	270	0.1876	5214	5484	97
2.1749-2.2895	0.2304	274	0.1825	5271	5545	98
2.2895-2.4329	0.2296	281	0.1778	5325	5606	99
2.4329-2.6207	0.2426	283	0.1798	5354	5637	99
2.6207-2.8844	0.2364	283	0.1885	5386	5669	100
2.8844-3.3015	0.2255	286	0.1794	5431	5717	100
3.3015-4.1586	0.1999	286	0.159	5449	5735	100
4.1586-36.6091	0.188	294	0.1741	5585	5879	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7229	-0.7252	0.1183	0.6734	-0.1446	0.4646	0.1857	0.0284	-0.0863	-0.1125	-0.0673	0.1078	-0.0721	0.0382	0.002	0.1948	0.0405	-0.0173	0.1591	-0.0362	0.1841	118.1124	14.8125	143.0264
2	0.1363	-0.0366	-0.0018	0.1614	-0.1991	0.3122	0.2334	0.0694	-0.2701	0.0092	-0.0853	0.1168	-0.1167	-0.2946	0.0349	0.1571	0.3189	-0.11	-0.0844	-0.133	0.3118	105.6571	13.7005	136.4988
3	0.2301	0.1704	-0.0535	0.1741	-0.2062	-0.0393	-0.0218	-0.1271	0.2296	0.0105	-0.1213	-0.1081	-0.0137	-0.0432	-0.0077	0.1236	0.0157	-0.0145	0.1768	-0.0043	0.1809	147.489	7.4437	161.9317
4	0.5155	0.1404	-0.1449	0.5461	-0.198	0.3134	-0.2061	-0.5966	-0.5244	0.2555	0.0832	-0.083	0.0131	0.1929	-0.1018	0.1628	0.0922	0.0181	0.4216	0.0881	0.2603	143.4982	-3.0881	169.3009
5	0.1421	0.0671	0.0592	0.1002	-0.2014	0.0137	0.0654	-0.5566	-0.4554	0.0159	-0.0065	0.0842	0.0464	-0.1187	0.039	0.1627	-0.0265	-0.0035	0.2733	0.0302	0.1611	138.599	-6.8599	161.0405
6	0.2175	0.008	0.3658	-0.003	0.0288	0.4202	-0.0126	-0.0479	-0.076	0.0001	0.0062	-0.0182	0.0338	-0.0099	0	0.1204	0.0079	0.0095	0.1528	0.0068	0.1454	152.8065	-2.0852	162.6072
7	0.2995	-0.0874	0.0061	0.206	-0.0908	0.3161	-0.0961	-0.3569	-0.1707	0.0337	0.1418	0.4214	0.1631	-0.4423	0.0103	0.2844	0.0075	-0.0118	0.2021	-0.0068	0.1761	180.4276	-6.2494	183.7908
8	0.5231	-0.1476	0.3918	0.0251	0.0295	0.7074	0.2089	-0.345	0.1175	-0.1044	-0.1298	-0.0994	0.0205	-0.2068	-0.0676	0.17	-0.0209	-0.0195	0.2557	0.0772	0.2176	168.635	-3.258	171.1602
9	0.2313	0.178	-0.1972	0.1357	-0.1498	0.1746	-0.076	-0.05	-0.0759	0.0393	-0.0695	-0.0576	0.2176	0.1092	-0.1225	0.5075	0.1507	-0.2905	0.6203	-0.1899	0.78	173.9603	-17.5966	169.0019
10	2	2.0001	2	2.0001	1.9999	2	-2.1875	-2.3523	-3.3814	-1.7713	2.1981	2.5307	2.8379	0.0453	0.01	1.1754	-0.0548	0.2001	0.8683	0.5559	1.1098	170.551	-20.9128	170.1281
11	0.2882	0.1756	0.3918	0.2474	0.2829	0.618	0.0324	0.0383	-0.0967	0.1604	0.167	0.1709	-0.0542	-0.0484	0.2539	0.3509	-0.0567	0.1295	0.5711	0.1623	0.427	165.8277	-8.8981	170.9776
12	0.2786	-0.0556	-0.1281	0.0254	0.0484	0.0671	0.03	0.037	0.0487	-0.0145	-0.0132	0.0136	0.0105	-0.0412	0	0.1175	0.0071	0.008	0.0922	0.0227	0.1223	179.1127	-2.5059	157.5897
13	0.1849	0.1248	0.1536	0.231	-0.056	0.27	-0.0759	-0.1154	-0.0261	-0.0106	0.0104	0.0251	-0.0966	0.0418	-0.0009	0.1672	0.0119	-0.0044	0.1437	-0.011	0.1296	199.5798	5.0847	169.1754
14	0.0039	0.0057	-0.0201	0.0095	-0.0198	0.0165	-0.0003	-0.1947	-0.1097	0.0804	0.0432	-0.2587	0.1708	0.085	0.0007	0.1898	0.0342	0.0006	0.1509	0.0027	0.1678	207.6565	-11.146	176.6819
15	0.5371	0.0961	0.2076	-0.0132	0.2492	0.5618	0.0022	0.0545	-0.0028	0.0201	0.0286	0.006	0.0422	0.0577	0.0039	0.1488	0.0128	0.0129	0.1074	-0.0059	0.1285	195.7395	-1.1447	164.1239
16	0.26	-0.1345	0.0694	0.1717	-0.0366	0.1083	-0.0383	-0.1873	-0.005	0.0148	0.1193	-0.0066	0.0158	0.0643	0.0364	0.1582	0.0066	0.0011	0.1242	-0.0043	0.1211	196.938	0.2101	178.7143
17	0.1123	0.1289	0.0079	0.0623	-0.039	-0.0255	-0.0321	0.097	0.0999	-0.0365	-0.0381	-0.0067	0.1238	0.0159	-0.0005	0.1551	0.035	0.006	0.187	0.009	0.1718	170.0773	4.9578	166.3771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:159)	A	113 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:375)	A	375
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 387:402)	A	387 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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