PDB-4n20: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n20

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.657 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4n20.ent.gz	230.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n20_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n20	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC 1wd8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n2h-1 4n2k-1 4n2d-1 4n2f-1 4n24-1 4n2m-1 4n25-1 4n22-1 3vyt-1 5wfn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	201.206, 51.863, 75.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.440, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.657→40.454 Å / Num. obs: 82845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	最高解像度: 1.657 Å / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WD8

1wd8

解像度: 1.657→40.454 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8682 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	2000	2.41 %
R_work	0.1719	-	-
obs	0.1726	82845	92.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.226 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.51 Å² / B_iso mean: 21.576 Å² / B_iso min: 4.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	-0 Å²	-0.4349 Å²
2-	-	1.0899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3699 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.657→40.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5037	0	30	767	5834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	7349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.098	1978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.657-1.7161	0.2281	112	0.2292	4520	4632	52
1.7161-1.7848	0.2564	167	0.2133	6755	6922	78
1.7848-1.866	0.2512	203	0.2015	8180	8383	94
1.866-1.9644	0.24	214	0.1941	8665	8879	100
1.9644-2.0875	0.2029	216	0.1745	8726	8942	100
2.0875-2.2486	0.2308	216	0.18	8724	8940	100
2.2486-2.4749	0.2108	217	0.171	8767	8984	100
2.4749-2.8329	0.2193	215	0.1782	8735	8950	100
2.8329-3.5689	0.1853	218	0.1586	8792	9010	100
3.5689-40.4657	0.1689	222	0.1526	8981	9203	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5789	-1.8256	1.7519	2.3991	-0.5849	5.181	0.1457	0.1108	0.0873	-0.2213	-0.0564	0.0954	-0.2878	0.0596	-0.0919	0.1446	0.0207	-0.0088	0.0828	-0.0399	0.1526	158.1495	13.2397	-3.2995
2	5.7588	-2.9524	1.608	5.3467	-1.3351	1.4422	0.3391	0.3901	-0.4362	-0.7788	-0.0557	0.463	0.089	-0.2019	-0.2265	0.2779	0.1148	-0.1334	0.1613	-0.0977	0.2234	145.8205	12.0459	-9.8895
3	5.2504	0.0499	1.4054	0.1651	-0.087	0.8123	-0.1138	-0.2885	0.55	-0.0026	-0.0186	-0.1017	-0.0743	-0.011	0.1273	0.091	0.0253	-0.0059	0.1237	-0.0118	0.1537	186.5881	6.9387	13.9677
4	4.0463	0.0379	-0.4645	2.9	0.3552	1.024	-0.1129	-1.4472	-0.3062	0.7204	-0.03	-0.277	0.1761	-0.2095	0.0526	0.1682	0.0436	0.0349	0.4794	0.056	0.0533	178.4687	-1.3117	22.5408
5	1.9486	0.4969	0.152	1.2233	-0.1251	1.7489	-0.039	-0.5777	-0.3256	0.1909	0.003	0.0425	0.1338	-0.0493	0.0524	0.1241	-0.0085	0.0173	0.2011	0.0294	0.1195	177.1985	-8.6037	16.3074
6	2.8399	-0.3005	1.5377	0.0611	-0.1305	1.2163	0.0203	-0.0946	-0.1791	0.0022	0.0342	0.0286	0.0871	-0.0744	-0.0597	0.0764	-0.0024	0.0189	0.0825	0.0031	0.1017	192.1913	-3.9016	15.9565
7	5.5169	-0.1879	0.1128	6.1397	0.559	5.1852	-0.016	-0.374	-0.2161	0.0411	-0.0841	0.3691	0.0494	-0.6275	0.0873	0.125	0.0265	0.0221	0.2069	0.0252	0.0954	220.222	-7.9907	37.3479
8	8.55	-5.8808	1.786	6.8795	-1.788	1.9037	-0.2462	-0.698	-0.0982	0.258	0.3408	0.1311	-0.1332	-0.2771	-0.0682	0.0823	0.0087	0.0094	0.1655	0.005	0.069	208.3279	-4.6017	24.6669
9	2.0029	-0.2327	2.2988	9.5762	-1.3801	7.3529	-0.0108	-0.2464	-2.06	-0.2745	0.4438	0.5359	1.767	0.7612	-0.4484	0.5256	0.0832	0.0176	0.2356	0.0205	0.5563	213.4132	-18.8336	22.3637
10	6.3023	6.3066	-5.1797	6.5975	-6.5519	1.9999	-0.2433	-0.3251	-0.156	-0.0136	-0.0629	0.4426	0.5714	-0.4894	0.2952	0.6182	0.0804	0.2057	0.7077	0.3412	1.5593	208.7207	-22.5717	26.2425
11	8.413	-1.2041	-1.0058	1.4971	-0.5714	0.4788	-0.5019	-1.064	-1.1596	0.7069	0.2449	-0.0236	0.6207	-0.1325	0.226	0.3275	0.0058	0.029	0.4888	0.1791	0.3705	205.8708	-11.0792	27.4993
12	2.9057	-0.9822	-0.3078	0.886	0.5948	1.2842	0.0117	0.117	-0.0103	-0.0953	-0.0227	0.0466	0.0613	-0.1069	0.0129	0.0758	-0.0102	0.0091	0.0577	0.0252	0.0652	218.7598	-4.2381	11.0475
13	4.7472	-0.7514	1.2962	0.9287	-0.2259	1.8436	-0.0968	0.03	0.1496	0.0224	0.0187	-0.0324	-0.1822	0.0995	0.0452	0.0931	-0.0046	0.0065	0.0181	0.0017	0.0429	238.8935	3.5225	22.6776
14	5.3652	5.7317	-4.6792	7.5439	-6.0523	4.8458	-0.1099	-0.2506	-0.4598	-0.0457	-0.0835	-0.4467	0.3054	0.3421	0.1619	0.1372	0.0519	-0.0244	0.124	0.0095	0.101	247.1587	-13.3084	30.4196
15	1.7164	0.007	0.4717	0.4681	-0.224	1.9093	-0.0489	0.1142	-0.0154	0.01	0.0549	-0.0122	0.0414	0.1675	-0.0035	0.0604	0.0005	0.0093	0.0357	-0.0197	0.0662	235.2644	-2.5368	17.8769
16	1.8959	-0.3247	-0.0041	5.039	-0.5432	1.6773	-0.0855	-0.2313	0.0038	0.0962	0.1077	0.1142	-0.0408	0.0137	-0.0192	0.0763	0.0168	0.0033	0.0927	-0.0117	0.0193	236.3347	-1.7612	32.2156
17	4.4282	-2.5918	3.2106	3.2368	-3.0732	3.4338	-0.0576	0.0911	0.1287	0.0072	0.0032	0.0468	0.0556	0.0363	0.023	0.0659	0.0161	0.0159	0.1086	-0.017	0.1277	209.3906	3.1985	19.5697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:193)	A	172 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:377)	A	375 - 377
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 384:402)	A	384 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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