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万見
- PDB-4n1d: Nodal/BMP2 chimera NB250 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1d
タイトルNodal/BMP2 chimera NB250
要素Nodal/BMP2 chimera protein
キーワードCytokine / Signaling Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


floor plate morphogenesis / left lung morphogenesis / epiblast cell-extraembryonic ectoderm cell signaling / negative regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / negative regulation of cell development / type I activin receptor binding / polarity specification of proximal/distal axis / neural fold formation / axial mesodermal cell fate specification / embryonic process involved in female pregnancy ...floor plate morphogenesis / left lung morphogenesis / epiblast cell-extraembryonic ectoderm cell signaling / negative regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / negative regulation of cell development / type I activin receptor binding / polarity specification of proximal/distal axis / neural fold formation / axial mesodermal cell fate specification / embryonic process involved in female pregnancy / Regulation of signaling by NODAL / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / mesendoderm development / nodal signaling pathway / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / morphogen activity / enzyme activator complex / regulation of gastrulation / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / formation of anatomical boundary / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / trophectodermal cellular morphogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatase activity / cell migration involved in gastrulation / maternal process involved in parturition / mesenchyme development / ameloblast differentiation / aortic valve development / telencephalon regionalization / primitive streak formation / regulation of stem cell population maintenance / maternal placenta development / negative regulation of trophoblast cell migration / heart induction / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of cartilage development / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lung vasculature development / pericardium development / BMP receptor complex / positive regulation of cell-cell adhesion / proteoglycan metabolic process / co-receptor binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / cellular response to BMP stimulus / cardiac muscle cell differentiation / Signaling by BMP / embryonic pattern specification / astrocyte differentiation / Signaling by NODAL / vasculature development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of ossification / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / positive regulation of osteoblast proliferation / endodermal cell differentiation / heart looping / odontogenesis of dentin-containing tooth / germ cell development / : / inner ear development / negative regulation of cell cycle / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment
類似検索 - 分子機能
: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. ...: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Nodal homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.912 Å
データ登録者Esquivies, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Designer Nodal/BMP2 Chimeras Mimic Nodal Signaling, Promote Chondrogenesis, and Reveal a BMP2-like Structure.
著者: Esquivies, L. / Blackler, A. / Peran, M. / Rodriguez-Esteban, C. / Izpisua Belmonte, J.C. / Booker, E. / Gray, P.C. / Ahn, C. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodal/BMP2 chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5851
ポリマ－13,5851
非ポリマー00
水1,29772
1
A: Nodal/BMP2 chimera protein

A: Nodal/BMP2 chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1692
ポリマ－27,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.570, 95.570, 97.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-252-

HOH

21A-267-

HOH

詳細Dimer generated by the operations: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Nodal/BMP2 chimera protein / BMP-2 / Bone morphogenetic protein 2A / BMP-2A


分子量: 13584.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2, BMP2A, Nodal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12643, UniProt: Q96S42
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M NaCl, 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月27日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.912→31.548 Å / Num. obs: 13316 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 41.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.91-2.027.40.3422.31350118210.34294.3
2.02-2.1410.30.2373.31895118450.237100
2.14-2.29100.1574.91722117220.157100
2.29-2.4710.20.17.71626616010.1100
2.47-2.710.20.06711.31515814890.067100
2.7-3.029.90.04317.11344313520.043100
3.02-3.4910.20.02726.31215611930.027100
3.49-4.289.90.01738.41031010400.017100
4.28-6.059.70.01542.176377870.015100
6.05-31.5489.20.01540.942824660.01599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.912→31.548 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2039 1328 9.97 %random
Rwork0.1754 ---
obs0.1784 13314 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 43.1648 Å2 / Biso min: 24.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.912→31.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 0 72 924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1361192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.981329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.912-1.98850.2261370.19091226136392
1.9885-2.0790.211530.180813291482100
2.079-2.18860.21471610.181312931454100
2.1886-2.32570.21991370.171613441481100
2.3257-2.50520.20521270.18113571484100
2.5052-2.75720.2421480.178813431491100
2.7572-3.15580.20291540.17513351489100
3.1558-3.97480.17821460.164213641510100
3.9748-31.55220.20581650.178813951560100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4131-4.48131.31553.45370.11414.2830.70371.26651.1698-0.663-0.6546-0.7249-0.5758-0.26250.0440.49760.02810.15570.36760.13260.401-8.2518-22.7055-13.4475
28.7415-0.58230.38723.94290.95592.68610.292-0.4140.38670.3280.0967-1.1056-0.09970.7709-0.32070.3115-0.03180.04930.3541-0.07310.41745.8878-38.0431-9.8317
38.6917-8.8799-6.19099.39065.86676.18940.2858-0.03950.8487-0.38270.1717-0.6417-0.54280.063-0.4520.3760.00610.07590.2970.01490.3232-5.5108-28.055-12.5681
46.2733-4.2641-2.83348.20667.50588.32420.65460.17990.5821-0.55150.0002-0.2044-1.28290.0912-0.71650.56120.11830.16010.35250.05050.486-20.1226-13.6401-4.7348
59.55457.4252-6.97185.7572-5.3945.1323-0.08941.26680.8054-1.43760.13720.5811-0.0552-1.0843-0.12450.58340.0943-0.030.5770.02130.3495-24.3682-20.8025-6.6805
66.3158-1.3734-3.62263.9795-2.26878.15450.71840.21321.4934-0.0625-0.068-0.1724-1.33630.2927-0.59230.4579-0.00280.15340.3338-0.02860.4491-22.3346-12.17764.463
78.1125-5.7805-6.66644.29114.83045.6324-0.04450.3138-0.1553-0.530.0888-0.1007-0.2821-0.18530.10660.31280.0513-0.00960.37430.00340.2422-15.2063-25.3933-4.9201
89.8005-6.68380.43466.07670.23430.5460.2320.0459-0.1754-0.1087-0.0209-0.04140.13210.0797-0.17050.30780.00620.0260.2848-0.03530.2897-3.0915-42.2527-9.4209
94.8392-5.0982.95275.552-2.76929.1305-0.1045-0.4659-0.0460.61320.08820.02930.22650.1845-0.04640.3326-0.0227-0.00070.3186-0.03720.33212.3743-48.6655-5.2054
103.1273-4.9767-1.48488.40293.19482.23670.12960.0951-0.2306-0.0409-0.16290.4684-0.0692-0.34140.02160.2953-0.00380.04340.31870.00250.2268-13.5036-30.2317-6.9732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 36 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 44 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 45 through 52 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 58 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 78 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 79 through 84 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 85 through 93 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 94 through 104 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 105 through 115 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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