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Yorodumi- PDB-4my8: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4my8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor Q21 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2924 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Kavitha, M. / Cuny, G. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published / Year: 2013 Title: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor Q21 Authors: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Kavitha, M. / Cuny, G. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4my8.cif.gz | 515.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4my8.ent.gz | 424 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4my8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4my8_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4my8_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 4my8_validation.xml.gz | 50.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4my8_validation.cif.gz | 70.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3tsdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: IMPDH-delta-L-CBS / Mutation: replaced residues 92-220 with GG Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames / Gene: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 323 molecules
#2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-Q21 / ( #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.1 M di-sodium hydrogen phosphate pH 6.2, 10% w/v PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.292→50 Å / Num. all: 59534 / Num. obs: 59534 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 39.34 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.292→2.34 Å / Redundancy: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2462 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 79.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID ENTRY 3TSD Resolution: 2.2924→49.879 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2924→49.879 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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