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- PDB-4mxw: Structure of heterotrimeric lymphotoxin LTa1b2 bound to lymphotox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mxw
タイトルStructure of heterotrimeric lymphotoxin LTa1b2 bound to lymphotoxin beta receptor LTbR and anti-LTa Fab
要素
  • Lymphotoxin-alpha
  • Lymphotoxin-beta
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3
  • anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
  • anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / TNF / Tumor Necrosis Factor / TNFR Receptor / lymphotoxin beta receptor / lymphotoxin alpha / Lymphoid development / Tumor immunity / Auto-immunity / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hematopoietic or lymphoid organ development / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / myeloid dendritic cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / skin development / humoral immune response ...hematopoietic or lymphoid organ development / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / myeloid dendritic cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / skin development / humoral immune response / lymph node development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / response to nutrient / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell signaling / gene expression / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lymphotoxin-beta / Tumour necrosis factor receptor 3 / Tumour necrosis factor receptor 3, N-terminal / Lymphotoxin-alpha / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. ...Lymphotoxin-beta / Tumour necrosis factor receptor 3 / Tumour necrosis factor receptor 3, N-terminal / Lymphotoxin-alpha / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphotoxin-alpha / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3 / Lymphotoxin-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sudhamsu, J. / Yin, J.P. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Dimerization of LT beta R by LT alpha 1 beta 2 is necessary and sufficient for signal transduction.
著者: Sudhamsu, J. / Yin, J. / Chiang, E.Y. / Starovasnik, M.A. / Grogan, J.L. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3
X: Lymphotoxin-alpha
Y: Lymphotoxin-beta
Z: Lymphotoxin-beta
A: Lymphotoxin-alpha
B: Lymphotoxin-beta
D: Lymphotoxin-beta
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3
W: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
H: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
V: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain
L: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,33112
ポリマ－259,33112
非ポリマー00
水00
1
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3
X: Lymphotoxin-alpha
Y: Lymphotoxin-beta
Z: Lymphotoxin-beta
W: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
V: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6666
ポリマ－129,6666
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lymphotoxin-alpha
B: Lymphotoxin-beta
D: Lymphotoxin-beta
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3
H: anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain
L: anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6666
ポリマ－129,6666
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.201, 52.428, 253.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 3 / Lymphotoxin-beta receptor / Tumor necrosis factor C receptor / Tumor necrosis factor receptor 2- ...Lymphotoxin-beta receptor / Tumor necrosis factor C receptor / Tumor necrosis factor receptor 2-related protein / Tumor necrosis factor receptor type III / TNF-RIII / TNFR-III


分子量: 21367.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTBR, D12S370, TNFCR, TNFR3, TNFRSF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P36941
#2: タンパク質 Lymphotoxin-alpha / LT-alpha / TNF-beta / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 1


分子量: 17313.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA, TNFB, TNFSF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01374
#3: タンパク質
Lymphotoxin-beta / LT-beta / Tumor necrosis factor C / TNF-C / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 3


分子量: 22514.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTB, TNFC, TNFSF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06643
#4: 抗体 anti-Lymphotoxin alpha antibody heavy chain / anti-LT-alpha antibody heavy chain


分子量: 22890.713 Da / 分子数: 2 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 anti-Lymphotoxin alpha antibody light chain / anti-LT-alpha antibody light chain


分子量: 23065.541 Da / 分子数: 2 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 15% PEG6000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.701 Å / Num. all: 32265 / Num. obs: 32265 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 %
反射 シェル最高解像度: 3.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1TNR AND 1FVE

1tnr

1fve


解像度: 3.6→49.701 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 2 / 位相誤差: 30.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1614 5 %RANDOM
Rwork0.2307 ---
obs0.234 32265 99.33 %-
all-32265 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14217 0 0 0 14217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01314611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58119851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0375191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.7060.40661340.31242541X-RAY DIFFRACTION99
3.706-3.82560.36031320.29372514X-RAY DIFFRACTION100
3.8256-3.96220.32161320.27422516X-RAY DIFFRACTION99
3.9622-4.12080.31631360.25392549X-RAY DIFFRACTION100
4.1208-4.30820.29651340.21412551X-RAY DIFFRACTION100
4.3082-4.53520.2131320.19872520X-RAY DIFFRACTION100
4.5352-4.81920.29431350.19232552X-RAY DIFFRACTION100
4.8192-5.19090.28011340.19322558X-RAY DIFFRACTION100
5.1909-5.71260.26091350.2052567X-RAY DIFFRACTION100
5.7126-6.53760.35211360.22212573X-RAY DIFFRACTION99
6.5376-8.23070.2981360.23882564X-RAY DIFFRACTION99
8.2307-49.70540.27761380.23882646X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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