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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mw6 | ||||||
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タイトル | Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-(3-{[2-(benzyloxy)-5-chloro-3-(prop-2-en-1-yl)benzyl]amino}propyl)-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1476) | ||||||
要素 | Methionyl-tRNA synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT OF ISOMORPHOUS STRUCTURE / 解像度: 2.558 Å | ||||||
データ登録者 | Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014 タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness. 著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mw6.cif.gz | 439 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mw6.ent.gz | 360.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mw6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mw6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4mvwC 4mvxC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw7C 4mw9C 4mwbC 4mwcC 4mwdC 4mweC 4eg8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 5種, 354分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-MET / | #5: 化合物 | ChemComp-2EE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 6.0-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月20日 |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 10.0 sec, detector distance 480.00 mm |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.143 / 数: 401411 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 62498 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rsym value: 0.143 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.952 / Rsym value: 0.732 / % possible all: 97.5 |
Cell measurement | Reflection used: 401411 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT OF ISOMORPHOUS STRUCTURE 開始モデル: PDB ENTRY 4EG8 解像度: 2.558→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 16.433 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.31 Å2 / Biso mean: 45.4211 Å2 / Biso min: 14.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.558→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.558→2.624 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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