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- PDB-4eg1: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with subs... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eg1 | ||||||
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Title | Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with substrate Methionine | ||||||
![]() | Methionyl-tRNA synthetase, putative | ||||||
![]() | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding / Rossmann Fold / tRNA binding ATP binding | ||||||
Function / homology | ![]() methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Distinct States of Methionyl-tRNA Synthetase Indicate Inhibitor Binding by Conformational Selection. Authors: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Yu, M. / Liu, J. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 432.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 354.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 473.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 486.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4eg3C ![]() 4eg4C ![]() 4eg5C ![]() 4eg6C ![]() 4eg7C ![]() 4eg8C ![]() 4egaC ![]() 3kflS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 61434.707 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 235-771 / Mutation: K452A, K453R, E454A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.0 to 2.3M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride and 0.1M sodium cacodylate pH 6.0 to 6.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K PH range: 6.0 to 6.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: VariMax HF (Osmic) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 42449 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 6.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 51.13 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3KFL Resolution: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 33.878 / SU ML: 0.296 / SU R Cruickshank DPI: 0.7873 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.787 / ESU R Free: 0.35 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.232 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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