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Yorodumi- PDB-4mwd: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mwd | ||||||
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Title | Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1433) and ATP analog AMPPCP | ||||||
Components | Methionyl-tRNA synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.253 Å | ||||||
Authors | Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
Citation | Journal: Plos Negl Trop Dis / Year: 2014 Title: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness. Authors: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mwd.cif.gz | 448 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mwd.ent.gz | 362.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mwd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mwd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mwd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4mwd_validation.xml.gz | 43.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4mwd_validation.cif.gz | 63.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mvwC 4mvxC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw6C 4mw7C 4mw9C 4mwbC 4mwcC 4mweC 4eg8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 61538.684 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 237-773 / Mutation: K456A, K457R, E458A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Gene: Tb10.70.6470 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase |
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-Non-polymers , 7 types, 534 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MET / | #6: Chemical | ChemComp-43E / | #7: Chemical | ChemComp-ACP / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH range: 6.0-6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.253→39.967 Å / Num. all: 91992 / Num. obs: 91992 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.8 % / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4EG8 Resolution: 2.253→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.356 / SU ML: 0.118 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.27 Å2 / Biso mean: 38.6552 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.253→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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