PDB-4mop: Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 3-fluorinated galactose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mop

タイトル

Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 3-fluorinated galactose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mop.cif.gz	926.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mop.ent.gz	770.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mop	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mofC 4mogC 4mohC 4moiC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mooC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4c-d 3lsk-d 3k4l-1 4mol-d 4moo-1 4mof-1 4mor-d 2igk-1 1tzl-2 2f6c-1 3k4n-1 3k4b-1 3lsm-1 3bg7-1 2igk-2 2ign-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

289 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.971, 102.980, 137.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70558.070 Da / 分子数: 4 / 変異: V546C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#3: 糖

ChemComp-2H5 / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-galactopyranose / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-galactose / 3-deoxy-3-fluoro-D-galactose / 3-deoxy-3-fluoro-galactose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

-
非ポリマー , 4種, 1184分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9191 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月3日詳細: Oxford Danfysik/SESO two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射	モノクロメーター: ACCEL fixed-exit double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.23 Å / Num. all: 123398 / Num. obs: 123398 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 14.212 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	984	0.8 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.194	122372	99.5 %	-
all	-	122372	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.87 Å²	0 Å²	-0.8 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18132	0	341	1174	19647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	18957
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.967	25771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	3	31153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.099	5	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.09	24.477	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.55	15	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.58	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	20920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	72	-
R_work	0.29	8799	-
obs	-	-	99.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0901	-0.0999	-0.5947	1.2517	-0.0663	0.3416	0.0782	0.1871	0.0428	-0.0834	-0.0418	0.0492	-0.0495	-0.1145	-0.0364	0.0454	0.026	-0.002	0.0957	0.0193	0.0071	-23.9444	24.2882	-68.9378
2	0.8378	0.1084	-0.0229	0.5262	0.1552	0.7607	-0.0306	0.1005	-0.1954	-0.0546	0.0399	0.0244	0.0701	-0.0304	-0.0094	0.0368	-0.0014	-0.0057	0.0242	-0.0207	0.0526	-21.68	15.521	-64.6385
3	2.8112	2.382	-0.2625	4.2382	-0.4708	1.1097	0.0077	0.0325	0.1937	0.0137	0.1485	0.097	-0.103	0.0948	-0.1561	0.034	0.026	0.0008	0.0729	-0.0368	0.0428	3.051	30.8932	-51.4761
4	1.1501	0.3468	0.5765	0.4663	0.5981	1.1934	0.0539	-0.0279	-0.2214	0.0388	0.019	0.0168	0.0821	-0.0901	-0.0729	0.0377	-0.0021	-0.0069	0.0323	0.028	0.071	-20.8518	8.4068	-60.1578
5	0.3944	-0.2641	0.381	0.571	-0.3399	0.4393	-0.0042	-0.1024	-0.0585	0.2253	0.0721	0.1019	-0.0517	-0.1767	-0.0678	0.1991	0.0223	0.0404	0.1523	0.0069	0.0227	-10.6051	35.7409	-11.2832
6	0.7603	0.294	0.4235	1.6755	0.5932	1.5235	0.054	-0.1087	-0.0375	0.2572	0.0031	-0.0562	0.0721	-0.0053	-0.0571	0.1519	0.038	-0.0179	0.1249	0.0272	0.0123	-2.4463	23.4864	-8.8317
7	3.3392	1.2686	-0.0165	2.4616	-0.213	0.9648	0.0681	-0.2247	0.1375	0.2343	0.0168	0.2927	0.0834	-0.1901	-0.085	0.2186	-0.0007	-0.0014	0.1916	0.0417	0.0476	-15.3852	5.3679	-20.8332
8	0.306	0.1628	0.3737	0.7667	0.4879	1.2569	0.0301	-0.0562	-0.0013	0.1421	0.0462	-0.1268	-0.0804	0.1134	-0.0763	0.1392	0.0163	-0.0148	0.107	-0.0053	0.029	3.1604	29.499	-15.606
9	0.4769	-0.2028	-0.1757	0.9895	0.3974	0.4418	0.0173	-0.2458	0.0217	0.3462	0.0403	0.138	-0.0382	-0.094	-0.0575	0.3003	0.0448	0.0605	0.2995	0.0772	0.124	-30.5275	27.6505	-7.1186
10	0.4132	-0.0285	0.0233	2.1123	0.456	0.7831	0.0248	-0.2671	0.0176	0.381	0.0549	0.2846	-0.0978	-0.1967	-0.0797	0.2562	0.0546	0.1556	0.3158	0.0556	0.1027	-40.5296	41.7181	-10.6853
11	3.3558	0.8896	0.3352	1.4384	-0.6927	0.7574	0.2295	-0.6611	-0.514	0.3492	-0.1321	0.0556	0.136	-0.1975	-0.0974	0.5348	-0.0731	0.1718	0.4799	0.2022	0.21	-40.5194	19.1245	3.2416
12	2.0689	0.4917	-0.8186	1.6493	-1.014	1.7031	-0.2387	0.0099	-0.2135	0.0499	0.2313	0.0698	0.0281	-0.2536	0.0074	0.1145	0.1296	0.0603	0.2138	0.0576	0.041	-39.7156	42.7018	-19.3627
13	5.3774	2.9202	0.6224	3.5626	0.5374	0.4435	-0.144	-0.3444	0.009	0.1965	0.0784	-0.2655	-0.0465	0.0033	0.0656	0.3119	0.087	0.022	0.2309	-0.0065	0.0831	-26.2115	59.3259	-16.4337
14	0.6928	0.4049	-0.2727	1.6306	-0.5909	0.8966	0.0128	-0.2001	-0.1078	0.3194	0.0852	0.3354	0.0534	-0.268	-0.098	0.221	0.0196	0.1261	0.3022	0.0752	0.1669	-46.2789	32.9212	-13.0318
15	1.0887	0.3119	0.6576	2.7721	-0.7051	0.7653	0.0275	0.1515	-0.1427	-0.244	0.0887	0.0657	0.1492	0.0417	-0.1162	0.0621	-0.0052	-0.0034	0.0922	-0.0063	0.0287	-25.2641	46.1625	-69.0294
16	0.7404	-0.0914	0.1144	0.7192	-0.3835	0.7752	-0.0431	0.0874	0.1438	-0.0286	0.0684	0.0873	-0.0355	-0.0491	-0.0253	0.0315	-0.007	-0.0021	0.033	0.0249	0.0506	-27.4891	52.9644	-59.6581
17	3.2367	1.9327	0.5586	6.5992	0.1852	1.2668	0.0127	-0.0445	-0.5297	-0.068	0.2145	0.2261	0.2693	-0.1737	-0.2272	0.0878	-0.0174	-0.0164	0.1998	0.1138	0.1853	-52.4114	35.1444	-50.9676
18	1.012	0.4004	-0.5643	0.8514	-0.6934	1.0955	0.0264	-0.0225	0.1046	0.0214	0.0372	0.0738	-0.0993	0.0038	-0.0636	0.0252	0.0113	0.0092	0.0425	0.0044	0.0291	-27.8467	58.5316	-54.7121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	122 - 358
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	359 - 478
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	479 - 618
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	45 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	174 - 393
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	394 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	462 - 618
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	45 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	132 - 255
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	256 - 339
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	340 - 384
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	385 - 461
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	462 - 618
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	45 - 116
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	117 - 380
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	381 - 460
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	461 - 618

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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