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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3bg7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, L537G mutant | ||||||
Components | Pyranose oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / L537G MUTANT / ROSSMANFOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Trametes multicolor (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Norberg, P. / Tan, T.C. / Divne, C. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2009Title: Improving thermostability and catalytic activity of pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor by rational and semi-rational design Authors: Spadiut, O. / Leitner, C. / Salaheddin, C. / Varga, B. / Vertessy, B.G. / Tan, T.C. / Divne, C. / Haltrich, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3bg7.cif.gz | 937.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3bg7.ent.gz | 779 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3bg7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3bg7_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3bg7_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 3bg7_validation.xml.gz | 185.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3bg7_validation.cif.gz | 253.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3bg6C ![]() 3blyC ![]() 2igoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 69357.688 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: L537G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trametes multicolor (fungus) / Gene: p2o / Plasmid: pET21(d+) / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.67 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 12-14(w/v)% monomethylether PEG 2000, 0.1M Mes, 50mM MgCl2, 25% glycerol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.042 Å |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2006 / Details: MIRRORS |
| Radiation | Monochromator: BENT GERMANIUM CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING MIRRORS Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.042 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→40 Å / Num. all: 321136 / Num. obs: 321136 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 39548 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 94 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: PDB ENTRY 2IGO Resolution: 2.1→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.44 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 31.659 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→29.72 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Trametes multicolor (fungus)
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